音乐生理学（德语：Musikphysiologie），是在音乐家医学和系统音乐学的科学学科背景下，那些以应用为导向的身体治疗和心理技术等领域的总称。它为预防和治疗音乐家的身心疾病，以及记录音乐制作中的心理与生理过程，提供了理论和实践的基础。
音乐生理学的核心，是在于教学和研究制作音乐的生理基础，以及典型音乐家疾病的预防。后者既包括记录音乐家受伤疼痛的原因，也包括研究如何预防制作音乐——比如练习、演奏和教学——时所产生的疼痛。在其实用学科中，音乐生理学有助于提高自我感知能力以及与人体工程学和经济相关的运动方式的优化。
克里斯托夫·瓦格纳（Christoph Wagner）是一名医生和音乐家，被认为是德语地区音乐生理学的先驱。1974年，他被聘为音乐生理学教授，并于1979年在汉诺威音乐与戏剧学院成立了第一个“音乐生理学研究所”，将音乐家医学和音乐教育结合在一起。该研究所由埃卡特·阿尔滕米尔（Eckart Altenmüller）接手。1974年，钢琴家兼呼吸老师Hilde Langer-Rühl（1911–1990）在维也纳音乐与表演艺术大学为乐器演奏者开设了呼吸、声音和运动训练课程。现在，该主题已整合到许多音乐学院的教学和研究中。另外，还有针对音乐家和音乐老师的特别培训课程。
1994年成立了“德国音乐生理学和音乐家医学学会”，1998年成立了“瑞士音乐医学学会”（SMM），2009年成立了“奥地利音乐医学学会”（ÖGfMM）。
