桓胤（？－407年），字茂远，谯国龙亢（今安徽怀远）人。东晋官员，祖父是东晋车骑将军桓冲。因为是桓氏子弟，亦为桓玄所爱，故此桓玄掌权和篡位时都获授高官。桓玄败后因祖父故而获免死，但后来却卷入殷仲文谋反的事件，被诛杀。
桓胤年轻已有高尚节操，在当时与琅邪王氏的王谧及太原王氏的王绥齐名。桓胤继承父亲桓嗣的爵位丰城县公，虽然出身当时权重华贵的门阀，但自己却以恬静谦退见称。
桓胤初拜秘书丞，多次升迁后至中书郎、秘书监。桓胤因受堂叔父桓玄钦敬和疼爱，故于元兴二年（403年）以桓胤为中书令。同年桓玄篡位称帝，改桓胤为吏部尚书，但至次年三月刘裕就举义兵讨伐桓玄，桓玄兵败从建康西走江陵，桓胤亦跟随。直至桓玄于五月败死，桓胤才向晋廷归降。
义熙元年（405年），刘毅等人攻下桓谦、桓振等人控制的江陵，迎回晋安帝，下诏大赦，独桓氏不赦，但特因桓冲忠于晋室，故特免桓胤之死，流放到新安郡。
义熙三年（407年），时任东阳太守的殷仲文感到不得志，待薄了江州刺史何无忌，故此何无忌就向刘裕说：“桓胤、殷仲文是心腹之患，南燕对比起来不足为忧呀。”视消灭他们比对付当时南侵的南燕更重要。当年闰二月，刘裕府将骆冰因谋反而被杀，其父骆球与殷仲文、殷叔文等皆被指谋反而被诛杀，而桓胤亦被指是殷仲文阴谋拥立的桓玄继承者而被杀害。
