尹耕云（1814年－1877年），字瞻甫，号杏农，江苏省淮安府桃源县（现泗阳）三义坝人。清朝政治人物、进士出身。
尹耕云十四岁时父亲去世，之后在私塾教书，二十岁时补博士弟子员。当时大学士祁隽藻在江苏视学，看中尹耕云的品行学识，于道光二十九年（1849年）科选拔贡，本省乡试中举人。道光三十年（1850年）举进士，授礼部主事，由于他在道光帝的殡葬大典中表现出色，被礼部侍郎曾国藩看中，提拔为礼部郎中。咸丰五年（1855年）任实录馆主事，后加道台衔。咸丰初年，太平天国北伐军攻入直隶，尹耕云应参赞僧格林沁檄召，加入惠亲王幕府，为镇压太平军出谋划策。咸丰八年（1858年），被授为湖广道监察御史。次年，增署给事中。曾反对清廷避战。随后他改入河南团练毛昶熙幕下帮办军务。同治元年（1862年），随僧格林沁进攻金楼寨起义军大获全胜，以道员任用。后因功劳卓著，同治十三年（1874年），补授河陕汝道台。光绪三年（1877年），河南大旱，他上书提出七条救荒措施。但因积劳成疾，死于任内，享年六十四岁。
尹耕云善于书法文学，著有《大学绪言》、《周易辑说》、《心白日斋集》、《豫军纪略》。存有写意山水轴《满城风雨近重阳》，为同治二年（1868）作。
