生物模型数据库

✍ dations ◷ 2025-05-10 06:08:08 #系统生物学,分子生物学,蛋白质,遗传学,生物资讯数据库,自由科学软件,免费

BioModels Database是一个完全免费的,用来存储描述生化反应的数学模型的数据库。同时也提供很多其他功能,例如反应模拟、提取子模型等。

BioModels Database是一个免费的生物模型在线数据库。数据库中主要存储数量型生物化学模型。所有的模型都是在相关的科学文章中发表过的并且经过了同行评审。

所有BioModels Database中的模型都是已经发表在各种学术刊物上的,并且被验证人员用模拟软件模拟验证过的. 模型中所涉及的生化物质和反应也被尽量链接到参考数据库中的相关条目,方便用户快速获得详细信息。

生物学家可以将描述生化反应的数学模型以SBML和CellML两种格式上传到数据库中。当模型上传后,系统会自动校验模型,并生成更多的数据格式供科研人员下载使用:SBML, CellML, XPP, SciLab, BioPAX和一些图形格式, 如GIF, SVG和applet。模型也可通过Web服务查询获取。

当前BioModels Database得到很多期刊的支持。当一个生化模型的科研人员在发表关于生化模型的学术文章前,这些期刊会推荐作者将模型存在BioModels Database里。当文章发表时,读者便可以直接从BioModels Database中下载模型。目前,支持BioModels Database的期刊包括自然出版集团(Nature Publishing Group)的Molecular Systems Biology、PLoS的所有期刊、BioMed Central的所有期刊和Royal Society of Chemistry的所有期刊.

BioModels Database由以下机构合作开发:位于英国剑桥的欧洲生物信息研究所(EBI)的运算神经生物学组(Computational Neurobiology Group); 美国加利福尼亚Keck Graduate Institute的SBML组和日本Systems Biology Institute以及 JWS Online, Stellenbosch University, ZA。

目前BioModels Database主要由欧洲生物信息研究所的BioModels.net团队负责维护。

BioModels Database的研发得到以下组织的资助:欧洲分子生物实验室(European Molecular Biology Laboratory)和美国National Institute of General Medical Sciences.

相关

  • 底土底土(Subsoil)是一个国家领陆和领海的地下部分。底土是领土的一部分,主权国家在这些底土中有绝对主权。主权国家在底土中除了能够开发底土的一切资源,任意运用这些自然资源外,还
  • 燃素燃素说(英语:Phlogiston theory),是一个已被取代的化学理论,起源于17世纪。这个理论假设,任何物质在燃烧时,都会释放出一种名叫燃素(Phlogiston)的成分。这个学说被安托万-洛朗·德·
  • 和平期间罕见军事强国有实力编制普通国家有实力编制团(英语:Regiment)是现代军队的一个单位,在中国人民解放军编制中通常包括两千至三千名左右的士兵,欧美国家的编制一般则在两千
  • 杨飞云杨飞云(1954年-),内蒙古包头人,汉族,中华人民共和国美术家,中央美术学院教授,全国人民代表大会内蒙古地区代表。师从靳尚谊、詹建俊。毕业于中央美术学院油画专业。2008年起担任全
  • 堪萨斯内战堪萨斯内战(英语:Bleeding Kansas)或译血溅堪萨斯、流血的堪萨斯,是1854年至1858年之间一系列围绕奴隶制的冲突。这场冲突发生在当时未建制的堪萨斯领地和临近的密苏里州,起因是
  • 苏共中央苏联主题苏联共产党中央委员会(俄语:Центральный комитет Коммунистической партии Советского Союза, ЦК КПС
  • 盘羊O. cervina Desmarest O. montanaCuvier大角羊(学名Ovis canadensis)是北美和西伯利亚地区的三种山地羊之一,另两种分别为白大角羊(Ovis dalli)和西伯利亚的雪山盘羊(Ovis nivi
  • 经济合作组织经济合作组织(英语:Economic Cooperation Organization, 缩写:ECO)为亚洲政府间国际组织。该组织由伊朗、土耳其和巴基斯坦倡导,成立于1985年,1992年新增7个成员国共计达到10个成
  • 门部门部,为汉字索引中的部首之一,康熙字典214个部首中的第一百六十九个(八划的则为第三个)。就繁体中,门部归于八划部首,而简体中文则归在三划。门部只以上方包围为部字。且无其他部
  • 刀部刀部,就汉字索引来说,是为部首之一,康熙字典214个部首中的第十八个(两划的则为第十二个)。刀部归于部首二划。俗称提刀旁。就部首言,字体主体可辨认为刀部或字体右侧为“刂”字,且