南靖糖厂是一座位于嘉义县水上乡的制糖工厂，隶属于台湾糖业公司砂糖事业部。
南靖糖厂，旧称南靖制糖所，原属于明治制糖株式会社，兴建于1909年，每日压榨甘蔗量为3,200公吨。1967年7月，台糖实行大厂制，改为嘉义总厂，辖大林糖厂、蒜头糖厂。1972年更名为南靖糖厂，改隶属新营总厂。南靖糖厂酒精工场于1976年9月迁并新营副产加工厂。北港糖厂制糖工场于2005年7月1日停闭，北港糖厂特殊糖业务及原隶属北港糖厂的大林工场改隶南靖糖厂。
南靖糖厂制糖工场自2008/2009年期起停压，原料甘蔗拨运善化糖厂压榨，南靖原料课于2008年6月1日改隶善化糖厂。现在的南靖糖厂厂区，由台湾糖业公司嘉义区处与善化糖厂共用。现在南靖糖厂的辖区，分布南靖糖厂、北港糖厂、大林糖厂三个厂区。
