公馆渔港位于台湾台东县绿岛乡，为农业委员会渔业署所划定的第二类渔港，目前渔港主管机关的台东县政府农业处委托绿岛区渔会管理维护，并且因长年无设籍船只与极低使用率，现已不接受新船只申请入籍该港口。
公馆渔港最初为台湾省政府所推动的“改善偏远地区居民生活离岛计划案”所规划兴建，共编列新台币2,600万预算，于1984年新建防波堤、码头、曳船道，以及20坪小型鱼市场一座，供应附近小型渔筏停靠避风使用，而绿岛本身主要渔业使用与交通船停靠港口则是南寮的绿岛渔港为主。
2006年1月1日绿岛人权公园由行政院文建会接管后，所提出之“台东绿岛人权纪念园区整体规划期末报告书”，将公馆渔港纳入人权纪念园区范围内，并建议可将公馆渔港改造为浮潜训练基地，目前白色恐怖绿岛纪念园区已由后续文建会升格文化部所成立的国家人权博物馆所管辖。
公馆渔港自建港完成后，长年均低密度使用，夏季只有公馆村当地居民会使用该港出入，并且于台风侵袭时，会有部分船只利用公馆渔港避风，而绿岛乡主要还是以绿岛渔港为主要出入港口，导致长年交通船、观光船、渔船高密度使用，已明显拥挤，甚至过度饱和，因此台东县政府农业处为舒缓塞港状况，于2019年5月公告解禁公馆渔港娱乐渔船停泊港口的限制，且不限制兼业娱乐渔业渔船于公馆渔港登记的额度。
2021年11月10日台东县政府公告，温泉、中寮，以及公馆渔港等三座渔港合并由绿岛渔港管理营运，并停止申请上述三座渔港的渔船、舢舨及渔筏新设籍、转籍、汰建权转入及寄港业务。
公馆渔港现有设施包含防波堤290米、码头451米、内泊地0.38公顷、外泊地0.76公顷，合计1.14公顷，以及曳船道一座等，而长期闲置的小鱼市场已承租给娱乐船业者，作为海上游憩设备仓库使用。海洋委员会海巡署也在公馆渔港设有公馆渔港安检所一座，辖区范围自中寮渔港以右至温泉渔港，2010年安检所建物因年久失修拆除改建完成。
