阿富汗是一个伊斯兰共和国，穆斯林占阿富汗人口的 99.7％。大约90％的阿富汗穆斯林是逊尼派穆斯林，剩余的是什叶派穆斯林。除了穆斯林外，阿富汗也有少数锡克教徒和印度教徒。
一些学者认为琐罗亚斯德教发源于公元前1800年至公元前800年的阿富汗地区，因为它的创始人琐罗亚斯德被认为是在阿富含巴尔赫（Balkh）生活和亡故的，当时该地区被称为阿里安那（Ariana）。 在琐罗亚斯德教兴起的时候，东部波斯语可能已经在该地区使用过。公元前6世纪中叶，阿契美尼斯推翻了米底王国，并将阿拉霍西亚，阿里亚和巴克特里亚纳入其王国东部边界。公元前4世纪塞琉古帝国占领了该地区，公元前305年，印度的孔雀王朝统治了该地，传入了佛教，并控制了阿富汗南部地区，直到公元前185年才被推翻。公元7世纪，奥米亚王朝入侵阿富汗，并击败波斯萨珊王朝。阿拉伯人选择从伊朗东北部进入阿富汗，然后再进入赫拉特，在那里驻扎了大部分的军队，然后向阿富汗其他地方前进。阿拉伯人在向阿富汗当地人传播伊斯兰教付出了相当大的努力。阿富汗北部许多居民通过奥米亚王朝传教成了穆斯林，特别是在希沙姆一世和欧麦尔二世统治时期。在穆阿台绥姆统治时期该地区的大多数居民中已成为伊斯兰教徒，伊斯兰教迄今为止是阿富汗主要的宗教。在萨曼王朝时期，伊斯兰教更传入到中亚地区。公元9世纪时，古兰经被完整翻译成波斯语版本。在伊斯兰传入阿富汗后，伊斯兰教领导人在各个时期都对政治领域产生影响，很少有政教分离的世俗时期。1890年代，阿富汗的努里斯坦省被称为卡菲勒斯坦，其主要居民努里斯坦人信奉伊朗-印度的吠陀宗教而非伊斯兰教。苏联入侵阿富汗时期，支持共产党的党派和宗教派人士发生冲突，宗教派人士担心一旦苏联支持的马克思主义政权在阿富汗上台，阿富汗人民民主党就会开始减少伊斯兰教的宗教影响力。对于阿富汗人来说，伊斯兰教代表了一种潜在的统一象征体系，清真寺不仅作为礼拜场所，而且还有许多功能，包括为客人提供聚会和交流的场所，社会宗教活动和学校教学的重点。几乎每个阿富汗人都有在清真寺学校就读过，对于一些人来说，清真寺教育是他们唯一接受的正规教育。
阿富汗宗教
什叶派占约10％的阿富汗穆斯林人口。哈扎拉人信奉什叶派伊斯兰教中的十二伊玛目派，一些穆斯林信奉伊斯玛仪派。阿富汗的奇兹尔巴什传统上信奉什叶派伊斯兰教。
阿富汗最著名的无教派穆斯林是贾迈勒丁·阿富汗尼。
根据“基督教百科全书”，1970年有2000名阿富汗人信奉琐罗亚斯德教。
阿富汗约有4000名锡克教徒和印度教徒居住在不同的城市，但主要集中在喀布尔、贾拉拉巴德和坎大哈。
巴哈伊信仰于1919年被引入阿富汗，自1880年代以来，就有巴哈伊教徒就生活在阿富汗。目前，阿富汗约有400个巴哈伊教徒。
一些未经证实的报告指出，阿富汗有五百至八千名基督徒在国内秘密信奉他们的信仰。2015年的一项研究估计，居住在该国的基督徒中约有3300名是由穆斯林改宗。许多阿富汗国内的亚美尼亚裔基督徒由于经济原因离开了阿富汗。
1979年苏联入侵阿富汗时，阿富汗境内有一个小的犹太社群逃离了这个国家，在以色列、美国、加拿大和英国有来自阿富汗犹太人社群。
