黄蘗寺,为台湾清治时期的一座寺庙,位于台南大北门外,约今台南二中旁,不过正确位址至今不明。
该寺原为陈永华之故居,明郑覆灭以后,陈永华长子陈孟炜任船厂副将,次子陈孟球任山西督学,遂无人居住。1688年(清康熙27年)6月左营守备官孟太志捐款兴建成寺,名曰黄蘗,1692年(清康熙31年)大火,修建后更具规模。1899年(日明治32年)为辟建日本陆军卫戍医院与铁路,遂将荒废的寺庙。
陈永华的故居改建以后,许多天地会的人寄迹寺院托钵为僧,隐于黄蘗寺内。而黄蘗寺就成为了反清复明的重要据点,清乾隆年间黄蘗寺方丈不慧大师与知府蒋元枢私交极好,然蒋元枢收到福建总督追拿天地会不慧大师的密函,不慧大师看出蒋元枢有心事,便问其究柢,遂将天地会所藏的盔甲、粮饷、武器等焚毁,又将百余万的资金交给蒋元枢,请其善用资金,造福黎民,不慧大师被押至北京,斩首于西市,黄蘗寺后遂寂寥。