棒球在日本占有非常重要的位置，于20世纪初开始盛行，1950年开始确立了现代的职棒制度，现时不少日本球员效力美国职棒大联盟的球队。此外，每年两次在兵库县西宫市举行的高中甲子园棒球赛风靡了全日本的观众，棒球被称为继相扑之后为日本体育第二大国技。
棒球于1873年由霍雷斯·威尔森传入日本，当时只是为了能让住在日本的美国人闲暇时可以打棒球。1873年留学美国的牧野仲显回到日本，他在美国念大学期间，受到了大学棒球热所影响，学会了打棒球，在该年开始教日本人打棒球。自此，棒球开始在学校之间盛行，其后的早稻田大学与庆应义塾大学（即早庆战）之间的对战，更引起社会上的注目，其后更因为两队的球迷互相叫嚣，于1910年比赛两场之后被迫暂停相关的比赛。
不过这次的停赛，却为带来新的联盟，1914年早庆明3校组成联盟，但是仍然没有批准早庆两校之间的对决，其后、法政大学、立教大学加入了联盟，1925年东京帝国大学（即今日的东京大学）加入了联盟，在该年正式组成东京六大学野球联盟，此外被禁止的早庆战亦在该年恢复。
1920年代，开始有组织尝试成为职业棒球队，但是因为缺乏有号召力的球员，成为了一段短时间被迫解散，详细可参看下文。
在日语中职棒称为プロ野球，在近来的说法，狭义上指日本棒球机构的球队。虽然第一支职棒球队芝浦协会在1921年成立，以及其后的宝冢运动协会，但是号召力与学校的棒球较为逊息，加上球迷仍然未能对职棒的概念有深入的了解，导致球队解散。
不过在1930年代有重燃职棒的希望，当时读卖新闻社长正力松太郎看到职棒有潜力的发展空间，于是他邀请美国职棒大联盟明星队，共邀请了两次，分别在1931年及1934年邀请两次明星队，加上他利用了读卖新闻的宣传能力，自1934年的日本棒球队仅以0-1败给大联盟明星队后不够一个月，12月中旬，组成了大日本东京棒球俱乐部（1937年改名为东京巨人）。1935年2月10日，以大阪为根据地的阪神虎亦相继成立。此后大阪与巨人之间的决战是有名的宿敌战，不久东京参议员、阪急、大东京、名古屋及名古屋金�队亦成为职业棒球队。最终在1936年组成联盟，并开始了职棒球队之间的对决。正式纪录于1937年开始，并分为春、秋两个季赛，比较特别的是，巨人队因为到美国远征的关系，没有参加37年春季季赛。1939年改为单一球季，以胜率决定最后由哪支球队为夺得冠军。
随着战后棒球发展迅速，很快已经回复到战前的水平，1948年开始发展两个联盟，并尝试拉拢不同企业加入，1949年年正式将旧的联盟解散，一共以十五支球队分成两个联盟，分别在12月26日成立太平洋联盟以及12月1日成立中央联盟。并根据美国职棒的世界大赛设立7战4胜的日本世界大赛（后来改称日本大赛）。
新联盟成立不久，部分球队因为受不了成绩差劣，与其他球队合并或解散球队，球队数由15队减到12队。球队发展开始在60年代开始走上了正轨。球季初期，球迷仍未对职棒深入了解，发生了数次的暴动。此外，由于早期有六支棒球队的据点都在东京的关系，不时会出现主场球队在第三地比赛的情况，直到今日仍有球队有时会在别的球场进行“主场”比赛。
1965年及1973年，读卖巨人连续九年夺得日本大赛冠军(又称为V9)。1973年太平洋联盟根据美国联盟，引进指定打击制度。此外1969年到1972年发生黑雾事件，多名球员被终身停赛，以及1978年江川卓利用新人遴选的漏洞，拒绝加入阪神虎，坚持加入读卖巨人，造成了职棒界有名史上空白的一天。八十年代末以及九十年代初，形成西武狮王朝。不过由于瞩目的球星集中在中央联盟，形成太平洋联盟球队观众人数较少，经营较为困难，在八十年代开始，太平洋联盟球队开始陆续出现了东主易手的情况。
1993年是职棒重要的分水岭，一是日本职业足球联赛成立，成功的宣传策略，抢走了不少只看棒球的观众，事实上日本职业足球联赛是亚洲近年发展速度最快的职业足球联赛之一。二是从美国职棒大联盟引入自由球员制度，只要在日本职棒拥有相当经验的球员，在球季结束后就可以不需理会合约内容自由加入任何球队，当中包括了日本职棒以及美国职棒大联盟的球员，不少球员以自由身身份加入美国职棒，代表的球员有野茂英雄、田口壮、松井秀喜、佐佐木主浩、长谷川滋利、伊良部秀辉等。
此外，还有对美国职棒大联盟对日本职棒球队之间竞标金制度，不少球队以高价邀请日本职棒的优秀球员加盟，例如铃木一朗、松坂大辅、城岛健司等，近年随一些棒球选手效力美国职棒大联盟的球队，球队中的球员水平难免被削弱。
1983年，太平洋联盟取消自1973年实行的两季制，改为单季制度，2004年大阪近铁野牛和欧力士蓝浪合并，并于2005年重组成欧力士野牛，与以东北地区活动组成了东北乐天金鹫，解决了两队合并后的联盟危机。
2005年，为了增加吸引力，首次在赛季上引入跨联盟比赛，与跨联盟球队进行主客各三场的比赛。此外，第一个以地方为主的四国岛联盟亦开始成立。2006年日本棒球代表队取得了第一届世界棒球经典赛冠军。2009年日本棒球代表队，拿下了第二届世界棒球经典赛冠军，达成世界棒球经典赛的二连霸。
与美国职棒大联盟的球队最为不同的是，球队可以因为母企业易主而改名（例：南海鹰->福冈大荣鹰->福冈软银鹰），而大部分球队名字也显示了球队母企业的名字。此外，日本棒球可以允许在比赛中和局，如果在首九局无法分出胜负，将会进行三局延长赛，延长赛仍然不分胜负视作和局。
中央联盟
太平洋联盟
东方联盟
西方联盟
别称高校棒球，是日本现存棒球活动中最历史悠久，由于高校球队会代表该县参赛，受欢迎程度不下于职业棒球（这相对于美国人对大学美式足球比赛狂热相近），甲子园比赛每年举行两次，代表春季甲子园比赛为选拔高等学校野球大会由1924年开始举行，夏季甲子园为全国高等学校野球选手权大会由1915年开始举行。目前每年在兵库县西宫市甲子园球场举行。不少职棒球员曾在甲子园比赛。
