三山街站是南京地铁1号线及在建5号线的换乘站之一，位于中山南路。为地下岛式车站，站厅设在地下一层，地下二层为1号线站台层。车站总建筑面积为12,880平方米。该站设有4个出入口，通向中山南路两侧。1号线站台于2005年8月12日启用，5号线站台正在建设中。
三山街站站厅位于地下一层，分为付费区和非付费区。
站厅付费区内设有一面艺术墙《灯彩秦淮》，以年画的形式描绘几十个娃娃手持花灯尽情嬉戏的场景，展现出车站附近夫子庙举行秦淮灯会时的节日气氛[1][2]。
三山街站站台位于地下二层，为三跨岛式站台，有1号线经过[3]。卫生间位于迈皋桥方向站台末端。
