硒蛋白(英语:selenoprotein),是含硒的蛋白(英语:selenium-containing protein)的简写。通常的理解误区是--认为只有含有硒半胱氨酸残基的蛋白质才是硒蛋白,或硒蛋白只含有硒半胱氨酸残基。事实上,只有硒酶(英语:selenoenzyme)几乎都是以硒半胱氨酸残基作为催化中心的硒蛋白,而不是所有的硒蛋白都具有催化功能。所以严格意义上,硒蛋白主要分以下两类:
绝大多数情况下,硒半胱氨酸是承载硒元素最主要的方式,硒半胱氨酸也因其重要性被称作第21个氨基酸,在哺乳动物体内参与蛋白组成,所以这种情况下硒蛋白也就是含有硒半胱氨酸的蛋白。例如,哺乳动物体系的硫氧还蛋白还原酶就是属于硒蛋白,硒半胱氨酸是借助掺硒辅助元件,通过UGA中止密码子介导的、特异性的编码合成。
此外,硒以硒甲硫氨酸或硒蛋氨酸为主要结合态存在于粮食中。虽然硒甲硫氨酸参入蛋白质合成可能是随机过程,但是含有硒甲硫氨酸的蛋白也称为硒蛋白。