智能设计论（英语：intelligent design，简称智设论、ID）是对神的存在的宗教性逻辑论证。尽管支持者认为智能设计论是一个“关于生命起源的科学理论”，但其已遭主流科学界视为伪科学。理论支持者宣称：“与像自然选择般无方向性进程相比，‘某种超自然的智能设计了宇宙和生物的某些特征’此一解释明显较佳。”教育工作者、哲学家和科学界已证明智能设计论是创造论的一种形式、缺乏经验证据支持，并且其假设没一样是能证验或是正确的。
支持者认为，智能设计论挑战现代科学固有的方法论自然主义（methodological naturalism），但同时承认他们尚未提出任何具备科学性的理论。智能设计论的主要支持者与一个政治保守的美国智库——发现研究所（英语：Discovery Institute）有关。尽管他们认为智能设计不是创造论的一种，并有意地避免将设计者人格化，但许多支持者表示他们相信设计者就是基督教的神。
智能设计论提出了两个反对演化的主要论据：不可化约的复杂性和特殊复杂性，认为生物的某些特征过于复杂，因此不可能是自然进程的结果。智能设计借用了试图证明神存在的目的论论证，来作为反对演化的正面论据：其以人造物品来类比自然系统，并由此推论生物的复杂特征是设计者悉心设计的证据。
智能设计是相对进化论的一种假设。智能设计论的倡导者认为，“在自然系统中，有一些现象用无序的自然力量无法充分解释，以及一些特征必须归结于智能的设计。”
智能设计支持者寻找的是他们所声称的“”证据－物体所具有的、必须来自设计的物理特征。常被引用的论据包括：不可化约的复杂性、讯息机制和特殊复杂性。智能设计支持者认为，如果生物系统具备一个以上这类特征，他们便推论这些特征来自设计。这个观点与主流生物学相反，生物研究依靠实验和可理解的数据采集，以突变和自然选择来解释生物体的变化过程。智能设计支持者认为，尽管智能设计所指向证据的产生过程不可观测，但它对自然界的影响是可检测的。
过去的几千年，哲学家们在思辩大自然的复杂性是否意味着存在超自然的设计者或创造者。第一起有记录的关于自然设计者的讨论来自古希腊哲学。哲学概念中的“道”（Logos）由早于亚里士多德的哲学家赫拉克利特（公元前535－公元前475年）在现存的零散文件中表露过。柏拉图（公元前427－公元前347年）在其晚期哲学著作中阐述了具有至高智慧和能力的自然造物主概念。亚里士多德（公元前384－公元前322年）在其著作《形而上学》前言中也发表了宇宙的创造者思想。
关于超自然设计者的推理常用来证明神的存在。有关讨论的一个著名形式是由十三世纪神学家托马斯·阿奎纳所阐述。1802年威廉·佩利出版的著作《自然神学》里使用了钟表匠类比，但也被用于智能设计假说。在19世纪，这些思辩产生了自然神学，即通过研究生物学来探索神的旨意。这一运动促使了搜集生物化石和标本的热潮，从而导致了达尔文的《物种起源》的产生。
智能设计在二十世纪被看成是试图改变科学基础、颠覆进化论的现代神学变形。随着进化论被用于解释越来越多的现象，智能设计假说的论据也在变化，但是其根本观点没变：复杂的系统必须有一个设计者。
“智能设计”一词最早出现在1847年的《科学美国人》一期中，虽然与现在的用法没有关联；植物学家乔治·詹姆斯·欧曼（英语：George James Allman）在1873年不列颠先进科学协会年会上的演讲中说道：
该词又出现在1903年斐迪南·坎寜·斯科特·希勒（英语：Ferdinand Canning Scott Schiller）1903年出版的一书：“不可能将智能设计在进化过程中的指导作用完全排除。”一个衍生词出现在1967年麦克米兰哲学百科全书（the Macmillan Encyclopedia of Philosophy）的文章《上帝存在的神学抗辩（英语：Teleological argument）》中：“简介地说：世界存在着目的论意义上的秩序（设计，适应性）。因此，世界是由智能体设计的。”弗雷德·霍伊尔爵士在1980年代的泛种论中也使用了“智能设计”一词。
智能设计运动是在基督教智囊团体发现研究院（Discovery Institute）的指导下，有组织的新创造论活动，目的是推动宗教日程，呼吁在美国的公共领域进行广泛的社会、学术和政治变革。这个运动的总体目标是，“击败以进化论为代表的唯物主义世界观”，令科学与基督教和神学信仰相对立。
菲力普·约翰逊（英语：Phillip E. Johnson）是智能设计运动之父，他说这个运动的目标是，把创造论铸造成科学概念。智能设计的所有重要支持者都是发现研究院和旗下的科学与文化中心的成员。几乎所有的智能设计概念和相关运动都是发现研究院，它指导这个运动和运用锲入策略，并且主导相关的教导争议（英语：Teach the Controversy）行动。
智能设计的主要支持者对这个假说本身的说明都彼此冲突。面对一般大众，他们说智能设计不是宗教，同时又声称其理论基础来自圣经。当面向保守的基督徒支持者时，为了取得支持，研究院的人又将自己定位为福音派倾向的基督徒：
一个密切关注该运动的专家芭芭拉·佛蕊丝特（英语：Barbara Forrest）对此描述为，这是发现研究院在政策层所做的淡化处理。她写道，这个运动“背离了咄咄逼人地系统化推进智能设计创造论及其世界观的日程。”
智能设计的立论小心地使用世俗的词汇，并刻意避免指出设计者的身份。菲力普·约翰逊声明，在论点中精心避免高调的神学术语、用世俗的语言播下模糊的伏笔是必须的首要步骤，最终重新引入基督教概念的上帝为设计者，是其目的。约翰逊强调“第一件要做的事就是把《圣经》从讨论中排除”，“我们把唯物主义的偏见从科学事实中分离后，才是可以讨论《圣经》问题的时机。”约翰逊特别呼吁智能设计假说的支持者克制宗教动机，以免智能设计假说被看作“另一种包装的福音派信息。”多数重要的智能设计支持者是基督徒，并且声明生命的设计者就是上帝。
对于智能设计是否有宗教根源，倡导者之间主张上的冲突其实是策略层面。例如，威廉·德姆斯基（William Dembski）认为“上帝”或者“外星生命力量”是设计者的两个可能选项。然而在他的另一本书《智能设计论：科学和神学之间的桥梁》（）中，他说“在任何科学理论中，基督是不可或缺的，即便实践者对此不知晓。科学理论的实际用途，可以在不追溯至基督的情形下达到。但是理论概念的合理性必最终归于基督。德姆斯基同时说，“智能设计论是上帝的一般启示……”“智能设计论不仅使我们免于压制人类精神的唯物主义意识形态的捆绑，而且就我个人经验，是使人归向基督的道路。”
智能设计的主要倡导者引用《圣经·约翰福音》的经文作为该理论的基础。芭芭拉·佛蕊丝特争辩道，这种声明恰恰说明了实际情形是，设计论倡导者把该理论本质上当做宗教信仰，而非科学概念与其个人宗教信仰相符。
智能设计运动的一个重要策略是，说服公众：在科学家中存在生命是否演化的辩论；从而进一步游说公众、政治家和文化领袖，学校应该“教导这个争议（英语：teach the controversy）”。然而，在科学界并没有这样的争论；科学界的共识是生命是演化的。广为接受的看法是，智能设计假说只是其支持者的一个掩护，实质的运动是针对这些人说的所谓科学的唯物主义基础没有给上帝留下任何可能性。
智能设计论争议的中心有三个问题：
自然科学使用科学方法建立基于观察的经验主义知识（有时称为经验主义科学）。智能设计支持者试图改变这个定义，以其领导者所宣称的有神论现实主义（批评者称之为“超自然主义方法论”，即相信超自然的神祇）来替代科学中的自然主义方法论。 智能设计假说支持者认为，自然主义无法解释某些现象，而超自然的解释简单并且直观地解释宇宙和生命的起源。该理论支持者说，智能设计假说的证据以不可化约的复杂性和特殊复杂性的形式存在，而这些特性均不可被自然法则所解释。
该理论支持者也从固守宗教中立原则上要求在学校同时教授进化论和智能设计论，声称仅仅教进化论是对创造论信仰的歧视。教授两种理论，容忍宗教信仰的可能性，不会让政府真的提倡这种信仰。许多智能设计假说支持者认为，科学主义本身就是一种宗教信仰—在公众生活中提倡世俗主义和唯物主义而侵蚀有神论(主要是侵蚀到反科学的一神论，多神论没有一神论那样极端的教义也没有那样严重的教条主义所以比较能接受科学观点)，他们提倡智能设计的行动可以看成是在教育和公共生活中让宗教的中心单位回归。某些人认为这个大辩论的言外之意已经超出智能设计假说本身，也有人把智能设计假说看作是其首要鼓动者在社会中扩大其宗教观点影响的手段。
但批评者对于智能设计没有表达为可信的科学事物，仅仅是试图在公立学校里教导宗教思想，而这恰恰为美国宪法第一修正案的立案条款所禁止。智能设计实际寻求的是公众支持，而非科学研究。况且，如果从字面理解该假说支持者所谓的“所有理论教授同等时间”，公立学校系统或许不存在各理论的逻辑数目限制，因为智能设计假说的恶搞版本“飞行面条怪”也是“理论”。对于复杂性的超自然解释有数个互不兼容的版本。确实如智能设计假说带头人Michael Behe所说，“不能用实验来证明智能设计论。”
虽然进化论并不试图解释生命是如何从非生物体产生的（即“非生物起源”），智能设计假说带头人并不可因此推论说，这一过程背后有智能的设计者起了作用，因为没有证据显示超自然事件的发生。关于智能设计者（无论是一个神或者外太空生物力量）在地球上创造生命的推论，与外星人帮助古埃及人建立金字塔的先验论相仿。这两个理论中，外界智能的影响均不可重复、观察或证伪，从而破坏了对观察对象的最简解释原则。从严格的经验主义立场来看，只能列举对埃及建筑的已知考证，承认对埃及人到底如何建筑金字塔仍属未知。
对智能设计假说的批评不仅仅局限于科学界，一些宗教组织和个人从神学或道德立场发出反对意见。许多宗教界人士不赞同教授非科学或有疑问的理论，转而支持与科学理论不冲突的有神的进化论。例如，天主教枢机克里斯托弗·勋博恩（英语：Christoph Cardinal Schönborn）的看法是，“自然界具有目的性和设计”，然而对于“科学理论范围内的进化论”不难理解。目前，天主教已于达尔文诞生200周年纪念与达尔文和解。
有些科学界成员认为智能设计不是站得住脚的科学理论，只是一种伪科学。美国国家科学院认为智能设计和其他“超自然力量对生命起源的干预学说”不是科学，因为它们无法用实验检验，没有可否证性，并且自身无法产生预测和新的推论。
在奇兹米勒对多佛学区案中，美国联邦法院判决，根据美国宪法第一修正案，“在公立学校的科学课程里，把智能设计论作为像进化论一样可选择的理论”这一诉求违宪。法官John E. Jones III指智能设计不是科学，实质上是宗教。
