坐标：25°00′59″N 121°32′07″E / 25.016473°N 121.535191°E / 25.016473; 121.535191
国立台湾大学植物标本馆创立于1929年12月27日，位于一号馆后方。建筑基地面积727平方米，户外面积1057平方米。致力于收集台湾及邻近地区如东南亚、太平洋岛屿之植物标本。
台北帝国大学时期，曾规划有植物园，其范围大约是现今傅园、一号馆后方、女一舍、女五舍、研究生宿舍及地质系一带。当时分为研究部门与工作部门。研究部门成员包含讲师、助教、研究生等等以进行研究；工作部门则包含植物标本馆本身的技工、技师，进行的工作主要是标本之制作、典藏、上柜、交换，以及植物园的经营管理等等。后来由于植物标本馆收藏丰富，所以标本馆还编制了所属的图书馆员进行管理。帝大时期的植物园，其规划据推测应该是趋向研究性质的。除了研究台湾的植物外，其另一重要目的就是要协助南进政策，所以研究范围也扩及东南亚以及太平洋岛屿。若采集到罕见而难分类的植物，也会携带回植物园进行种植，这就是为什么现今的台大校园也可以见到一些稀有植物的原因。国民政府时，植物园中的植物分类学被划入了植物系的领域，植物园的管理中心成了植物系附属的标本馆。另外，到了90年代时，原本存放的许多书籍也被搬到新总图书馆。渐渐的，植物园管理中心的重要性被人淡忘，甚至面临被改做其他用途的命运。后来因为主任及馆长努力与去多方协调，终于得以被保存。
建筑内部可见到二战时留下的痕迹，包括被子弹打穿的楼梯扶手、以及一些木制标本柜中所残留的弹孔。
为了有效利用与管理所收藏的标本，植物标本馆着手进行数据库之数字化，并将之纳入网站。如此一来，重要标本的资料得以永久保存，而研究人员或教学者也可在网站上运用及观看标本馆所拥有的资源，增加了学术上的便利性。整理的内容包括学名、中文俗称、英文俗称、日文俗称、原住民称呼、影像资料、物种分布地区、物种属性等等；此外，也进一步依照标本采集地点制作出物种分布图。
行政办公室与标本阅览：周一至周五，上午八点至下午五点。展示厅：上午十点至下午四点(周二及国定休假闭馆)。
