船长是船舶上拥有航行执照中最高阶的航海指挥官。船长的职责在于维护全船的安全及有效的运作，包括乘载货物的管理维护、航行、船员管理以及确保船舶符合港口国及国际公约之规定，和船籍国与船东（航商）的政策。军用船只（如军舰及海巡船舰）的船长通常称为“舰长”。
船长负有在船舶发生事故或是旅客、船员发生事故（生病、受伤或死亡）时，提出书面报告及提供有关案件的说明与证明的责任及对其负责。
不同于车辆上的司机及飞机上的机长，中大型船舶的船长通常只会作出指挥而不会直接操控船只，实际操控工作由舵工及船副负责，商船船长仅在靠离码头于驾驶台甲板操纵船舶以维持所需要的操作精准度，并且避免传令指挥的误差造成船舶损害。如果船舶设有三副，则船长不执行站更(stand watch)。
在海上航行期间，船长能代表某些官方机构，如公证人或警察，并使用该等机构的权力。在某些特定情况下，如船员哗变或者海盗袭击，船长有权使用致命武力以捍卫国家法律，船东，环境，货主，船员，旅客的利益和航行安全。在船上没有其他官方机构的权力凌驾于船长。船长可命令和管理所有船舶上的人员。船上所有船员和乘客必须在符合相关国际公约、船籍国法令及船东规定下服从船长的指挥。
船长需确保其船只上的人员遵守移民和海关法规，负责提供完整准确的航海日志、报告、报表和文件，确保遵守根据国际海事组织因该船只需要而订下的安全计划。该计划阐述了每个人的职务，包括进行搜查和检查，维护有限的空间，并响应来自恐怖分子，劫机者，海盗，偷渡者的威胁。该安全计划还包括其他主题，如难民和寻求庇护者，应付走私和破坏分子。最后，船长负责解决任何医疗问题，为受影响的乘客和船员提供医疗照顾，与岸上医务人员尽可能的合作，并在必要时撤离那些需要更多援助的乘客和船员。
船长确保该船舶符合当地和国际法律以及公司的政策。船长是最终负责方面的操作，如安全航行的船舶，其清洁和适航性，安全处理所有货物，管理的所有人员，库存船舶的现金和商店，维护船舶的证书和文件。如果船上没有司库，船长负责船舶的会计。这包括确保有足够数量的现金在船上，协调船舶的薪金（包括绘制及垫款），和管理船舶的污油排放量。
商船船长与其他须执照方能执业之(甲级)船员一样，必须持有船籍国所颁之有效的船长执照或证书，并符合1978年航海人员训练、发证及当值标准国际公约(STCW 1978)2010年修正案规定，方能于商船进行服务。
各类执照大略以指定可操作水域以及船舶的总吨位为区分，总吨位一般以3000总吨及500总吨为分界；操作水域则分为国内航线(或称近海航行，Coast Wise)及国际航线(或称远洋航行，Ocean Going)为区别。持有商船航行执照或证书(3000总吨以上)则允许其操作所有水域及总吨位的船舶(动力小船除外)。
以美国为例，持无限制执照的船长可以在任何水域操作任何船只。有限制执照的例子包括美国海岸防卫队大湖区，内陆水域和沿海水域附近发出的牌照。要考取无限制执照，申请人可能需要几年三副，二副，和大副的航海经验。
船长一词来自拉丁语过程中使用旧的罗马帝国时代的Magister Navis，即指定为船上最高权威的贵族（patrizio）。
童话故事中，不少海盗船长是独眼龙，手带铁钩，如《小飞侠》中的铁钩船长，系列电影《加勒比海盗》中的杰克船长。
