克罗地亚战争指的是1991年到1995年之间，克罗地亚从南斯拉夫联邦独立出来时，克罗地亚人和塞尔维亚人之间因民族对立而引发的战争。克罗地亚军的种族灭绝罪行也受到非议，但国际上通常比较关注塞尔维亚的种族灭绝罪行而偏袒克罗地亚。
克罗地亚同意在1918年第一次世界大战中，塞尔维亚王国发表的战后巴尔干地区的新国家蓝图，即创立以南斯拉夫人为主轴的联邦国家并且参加了塞尔维亚-克罗地亚-斯洛文尼亚王国，该王国在1929年改名为南斯拉夫王国。南斯拉夫王国在内政最大的问题即是塞尔维亚人和克罗地亚人的民族对立。南斯拉夫内部对于国王所在的首都贝尔格莱德政治被塞尔维亚人独占感到不满。1939年研拟出妥协的对策就是给予克罗地亚人一定的自治权利且设立克罗地亚自治州，但是这样的措施并未让克罗地亚人感到心服。同时由安特·帕维里奇主导的乌斯塔沙公然宣告克罗地亚独立行动。1941年纳粹德国突然进攻南斯拉夫，乌斯塔沙和其合作成立傀儡政权克罗地亚独立国。另外一边向南斯拉夫国王宣示忠诚的塞尔维亚军官为主轴的反乌斯塔沙组织－切特尼克也开始进行抵抗行动。在南斯拉夫的反法西斯斗争变成了克罗地亚人和塞尔维亚人的民族斗争，这场战争之中种族净化、强暴、驱赶民众等事件造成了大量人民死亡及引发难民潮。这件事情在1991年之后的克罗地亚战争也再次重演。
在二战结束的1945年成立的南斯拉夫共产党（后称南斯拉夫共产主义者同盟）所组成的第二南斯拉夫，期望根据之前的框架，即塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、马其顿、黑山共和国来重新起步，此时的南斯拉夫受到约瑟普·布罗兹·铁托的巧妙手腕和超凡魅力而维持平衡。但铁托本人生前已预见如果有天他不在了，这个巧妙的平衡将会崩解的预兆（以克罗地亚来说的话就是指1971年的克罗地亚之春）。而之后证明他的洞见的确成真，在1980年铁托死去之后，南斯拉夫的各个共和国和自治省之间的民族问题渐次爆发。
南斯拉夫在1974年的宪法中表示六个共和国和两个自治省之间拥有平等的发言权，但是塞尔维亚认为这样损害了占南斯拉夫组成人数中最多的塞尔维亚人的权利而感到不满。1980年代中期塞尔维亚因为这股不满的风潮斯洛博丹·米洛舍维奇开始发迹。另一方面，克罗地亚人和战前一样对于主导南斯拉夫的塞尔维亚人而感到不满，又因为米洛塞维奇宣示大塞尔维亚民族主义感到强烈反感，这件事情正是1991年克罗地亚宣示独立的导火线。
1989年开始的东欧剧变运动波及到南斯拉夫。原本是一党独大的南斯拉夫共产主义同盟从1990年开始结束一党制，并进行多党制的选举，1971年在“克罗地亚之春”失足的斯捷潘·梅西奇和弗拉尼奥·图季曼重返政治舞台。最后图季曼当选总统。
之后克罗地亚一方面作出维持南斯拉夫的行动，另一方面发生了塞尔维亚拒绝了克罗地亚的妥协提案这样的事情。
在这段时间，塞尔维亚和克罗地亚发生一般认为最初冲突的引爆点是1990年5月13日在萨格勒布举行的萨格勒布迪纳摩和贝尔格莱德红星的比赛时两方支持者以及南斯拉夫警察和萨格勒布队支持者间的冲突。
这件事情最初只是支持者之间的小冲突，但是因为体育场的管理者和南斯拉夫警察的执法不当，使得事情演变为萨格勒布队和警察的冲突。使得对于札格雷布队的支持者来说，警察相当于联邦就像等于塞尔维亚人的权力象征，所以积压已久的反塞尔维亚情绪扑向警方。但是因为所在地点是克罗地亚，警察中也有为数不少的非塞尔维亚人，在这个冲突里面受到暴力攻击。不过因为受到攻击的警察其实是个穆斯林，所以也有人对于这件事情能不能代表克罗地亚和塞尔维亚冲突的起点表示不同的意见。
萨格勒布队的兹沃尼米尔·博班因为对警察进行攻击，所以受到长期的禁赛处分。
1990年10月克罗地亚和宣示经济主权意图从联邦独立的斯洛文尼亚共同发表新的联邦提案“国家联合模型”，其中宣示应该要废除联邦制度，想要变成向当时的欧洲共同体成员国一般的关系。但是塞尔维亚坚持要维持联邦制度，波斯尼亚赫塞哥维纳和马其顿也提出了折衷方案但是都未获得同意。
1990年12月克罗地亚共和国制定宪法，此宪法中规定克罗地亚的自决权和主权。官方语言从塞尔维亚-克罗地亚语改为克罗地亚语，同时禁止西里尔字母改为使用拉丁字母。
另外一方面，1990年后半开始，克罗地亚急速地建立自己的军事力量，创立了克罗地亚警察军。同时大量的武器从匈牙利边境流入克罗地亚。
1991年5月19日实行独立公投，78%的公民认为克罗地亚应该要独立。根据这个结果克罗地亚在6月25日和斯洛文尼亚一同宣布独立。
克罗地亚和同日宣布独立的斯洛文尼亚宣布独立后都面临和南斯拉夫联邦军的武装冲突。斯洛文尼亚的部分是十日战争，如同名称所示这是个很短时间就结束的战争。另外克罗地亚和塞尔维亚的战争则是一直延续到1995年才结束。主要的原因有两个，其一是两国的国境直接相连，第二则是克罗地亚境内有相当数量的塞尔维亚人居住着。另外1992年开始的波斯尼亚战争加成下也是让这个事件陷入泥涝的原因之一。
1990年9月在克罗地亚独立声势升高的时候，在塞尔维亚边界靠近波斯尼亚赫塞哥维纳的周边地区这些塞尔维亚人占多数的地区成立了塞尔维亚克拉伊纳共和国。另一方面克罗地亚东部的西斯拉弗尼亚地区（今天的西斯拉弗尼亚地区）也成立了东斯拉弗尼亚·巴拉亚·西斯雷姆自治组织，为了让此地区暂时外于两国的武力冲突所以表示不让克罗地亚警察军进入而被同意成立。
但是在1991年3月2日却发生了，克罗地亚警察军和南斯拉夫联邦军在西斯拉弗尼亚的帕克拉兹互相对峙的事件，同地点3月31日克罗地亚警察军和当地的塞尔维亚居民发生枪战也有人员伤亡。在克罗地亚将要独立前的5月，塞尔维亚克拉伊纳共和国也举办公投，出现90%的压倒票数赞成该地划归塞尔维亚。
6月25日克罗地亚发表独立宣言后，克罗地亚警察军和留在克罗地亚境内的塞尔维亚居民发生零星的冲突。9月22日时南斯拉夫联邦军袭击克罗地亚首都札格雷布，正式开始变成克罗地亚和塞尔维亚正规军的战争。战争最激烈的地区是多数塞尔维亚人群居且靠近塞尔维亚的斯拉弗尼亚地区。这个地区的居民因为民族的不同而从邻居一瞬间反目变成仇家，居民拿起武器就互相攻击的险恶情况。其中和斯拉弗尼亚的武科瓦尔和沿着多瑙河一河相隔的伏伊伏丁那之间有长达87天的巷战，称为武科瓦尔战役，双方都有近3000人的死亡，这场战役后被拍成电影惊变世界。
但是最终“解决”掉这一连串事件的是克罗地亚实行的“风暴作战”。1995年美国、俄罗斯、欧盟、联合国希望联合国维和部队对于塞尔维亚的占领尽快结束 ，所以强力要求维和部队尽早撤退。
维和部队活动规模被缩小的提案被同意之后不久，克罗地亚军就突袭了西斯拉弗尼亚驱赶塞尔维亚人。接着8月3日实行的风暴作战将目标摆在塞尔维亚克拉伊纳共和国的首都库宁，作战开始后仅仅三天就攻占了库宁，期间造成150人死亡，此外造成了15-20万人的塞尔维亚难民。
指挥这个作战的克罗地亚将军安特·哥德比纳在克罗地亚被奉为英雄，但是屠杀的行为和造成大量的难民被前南斯拉夫问题国际刑事法庭给追诉。哥德比纳在2005年12月被引渡至西班牙领加纳利群岛监禁，并在海牙受审。对此克罗地亚表达强烈的不满，认为哥德比纳“以最小的人员损失解决了国内的塞尔维亚人问题”。
因为西斯拉弗尼亚和塞尔维亚克拉伊纳被克罗地亚军攻占，克罗地亚国内的塞尔维亚人数大量减少（请参考下面的章节），虽然和塞尔维亚国境接邻的东斯拉弗尼亚地区还有留下塞尔维亚人的势力，但在1995年11月11日，该地的人民放弃抵抗转而和克罗地亚政府达成和平的协议。克国政府和东斯拉弗尼亚的塞尔维亚人代表在艾尔杜特镇（英语：Erudt）签订协议，双方同意东斯拉弗尼亚归属于克罗地亚，同时东斯拉弗尼亚的塞尔维亚居民取得相当的自治权，以及两年内的过渡期交由联合国管理。
克罗地亚战争对该国的人口和民族分布有很大的影响。克罗地亚人口从1992年到1995年之间从475万人减少到440万人，2003年开始则大约维持在440万人左右，迄今没有回复到战前的人口数，2011年减少至428.4万人。
另外比较南斯拉夫1991年最后的国情调查和2001年克罗地亚最初的国情调查，克罗地亚国内克罗地亚人的比率从78.1%上升到89.63%，另外塞尔维亚人则从12.2%下降到4.54%。比较下可发现战后人口减少的35万人和塞尔维亚减少的8%几乎相当。可见克罗地亚政府并不积极的召回逃到国外的塞尔维亚人。此外，克罗地亚的种族灭绝罪行也受到非议，但国际上比较关注塞尔维亚的种族灭绝罪行多过克罗地亚。
克罗地亚在2003年终于回复到战前1990年的标准，经济指标也显示国内经济开始复苏。2005年的时候国民生产毛额达12,364美金，在旧南斯拉夫联邦各国中仅次于斯洛文尼亚。
亚得里亚海沿岸的达尔马提亚地区的观光业是该国的主要产业之一，其中被登录为世界遗产的杜布罗夫尼克因为战争的影响被指定为濒危的遗迹，在1998年因为情势稳定被该名单除名。
塞尔维亚和黑山（贝尔格莱德）
克罗地亚（萨格勒布）
波黑（萨拉热窝）
斯洛文尼亚（卢布亚纳）
塞尔维亚（贝尔格莱德）
黑山 （波德戈里察）
