美国第二次占领古巴（英语：The Second Occupation of Cuba），正式名称为古巴临时政府（英语：Provisional Government of Cuba），是在1906年9月至1909年2月间的军政府。1906年古巴总统埃斯特拉达·帕尔马连任，但反对派指责选举舞弊，全国爆发混乱，帕尔马政权垮台。美国总统西奥多·罗斯福下令美国军队入侵古巴，保护美国在古巴的经济利益。查尔斯·马贡在古巴建立了另一个亲美政府，美国对古巴实行军事统治，直至1909年。
美国在古巴事务中的责任和特权，源自第一次占领其间通过的普拉特修正案及1903年签定的古巴-美国关系条约 。条约中写道︰
古巴政府允诺美国可以行使干预权以维护古巴的独立，维持一个保护生命、财产和个人自由的政府，并履行巴黎条约(1898)美国对关古巴的义务。
古巴政党之间的冲突始于1905年9月的古巴总统选举。托马斯·埃斯特拉达·帕尔马及其政党在操纵选举，确保战胜古巴自由党的何塞·米格尔·戈麦斯。自由党在1906年8月策划了一场叛乱。双方都寻求美国的军事干预，，政府希望美国支持镇压叛乱，而反对派则希望举行新的选举。罗斯福总统最初并不愿意军事支援帕尔马政府，他派时任战争部长威廉·霍华德·塔虎脱和助理国务卿罗伯特·培根前往古巴，举行谈判希望解决双方分歧。9月19日，塔夫脱和培根会见了双方领导人。当帕尔马终于意识到罗斯福并不愿意支持他时，他于1906年9月28日辞职。
在帕尔马辞职后的第二天，塔夫脱援引1903年条约的条款，成立了古巴临时政府，并自封为古巴临时总督。1906年10月23日，罗斯福总统发布了第518号行政命令，批准了塔夫脱的行动。美军派出登陆海军陆战队，在上校利特尔顿·沃勒 (Littleton Waller)的带领下登陆古巴。自由党叛军没有任何抵抗活动，他们将美国的干预视为成功的标志。10月6日，第一批美国陆军士兵从萨姆纳登陆。 这支部队最初被称为古巴干预军，但塔夫脱于10月15日将其更名为古巴和平军，在美国国会和罗斯福授权下，美军共向古巴派遣18,000人。
1906年10月13日，查尔斯·爱德华·马贡接任担任古巴临时总督一职，他认为古巴已足够稳定于是重新举行选举，地区选举于1908年5月25日举行，总统选举于11月14日举行，均由美军监督。何塞·米格尔·戈麦斯 (José Miguel Gómez)当选，并在1909年1月28日上任。美国军队在接下来的几周内撤出，最后一批美军于1909年2月6日离开该岛国。
