毕自肃（1569年－1628年），字范九，号冲阳，山东淄川（今淄博市周村区王村镇西铺村）人，明代政治人物。官至右佥都御史，巡抚辽东，毕自肃曾多次上疏，请朝廷发辽东军饷，但朝廷无钱支应，后士兵因欠饷发生宁远兵变，毕自肃一度被掳走，虽后来被兵备副使郭广救出，依旧愤而自杀。
《淄川县志》记曰“丰质伟干，性沉毅果决，多大略。”少年熟读四书五经，万历三十一年（1603年）举人，万历四十四年（1616年）三甲进士，充北直定兴知县，任内廉政爱民，民众为之建立生祠。
天启二年（1622年），升任礼部主事。天启六年（1626年）升参议、副使，天启七年（1627年）协助袁崇焕防守宁锦之战有功，升太仆少卿。
崇祯元年（1628年），升辽东巡抚，在辽东练兵时，毕自肃九次向朝廷申报欠饷，但朝廷苦无银钱，居然不闻不问，而财政的主管就是其亲兄户部尚书毕自严。最后，欠饷四月的蜀、楚士卒，以张正朝、张思顺为首，绑架了巡抚毕自肃、总兵朱梅等，是为宁远兵变。毕自肃被殴打，头部血流不止，身受重伤，几乎死亡。兵备副使郭广与肇事士卒关系甚佳，为了营救毕自肃，郭广自行打开官库，发白银贰万两，又向当地商人借款伍万两，赎回了毕自肃，并把毕自肃载至塔山堡（今辽宁锦西）调养，不过毕自肃深感局势恶劣，向燕京方向再拜后自戕而死。
袁崇焕至辽东督师后，命副将何可刚将兵变首谋张正朝、张思顺等十五人斩杀，又论军法，斩中军吴国琦、罚参将彭簪古、都司左良玉等，而后奏请崇祯帝取消辽东巡抚一职，由自己亲领，以统一事权。
父毕木，自肃为第八子。兄毕自严，户部尚书。
