大学城南站是广州地铁4号线和7号线的一座换乘车站，也是7号线的东端终点站。该站位于中华人民共和国广东省广州市番禺区广州大学城中心南大街中环路口的地底。车站于2005年12月26日随4号线大学城专线开通而启用，2016年12月28日因应7号线首期通车而成为换乘车站。
本站共有两层。地面为大学城中心南大街、中环东路及其它建筑物；地下一层为东西站厅以及4号线站台层；地下二层为7号线站台层以及非付费区站厅联络通道。
车站装修及配色方面，先期启用的4号线车站部分配色为黄色，装修风格亦与大学城专线各站一样，使用玻璃幕板+马赛克组合的装修；7号线站台层部分配色则为孔雀绿色，并使用了全玻璃幕板的装修。
另外，本站作为7号线首期三个文化站之一，在本站东站厅付费区内设有以“智·岛”为主题的文化艺术墙，主要内容以《弟子规》和活字印刷术的形式，立体呈现出“传承”的思想，与大学城的教育的气质相吻合。
大学城南站分为西站厅和东站厅两个站厅，均位于地下一层，两者被4号线路轨相隔。两个站厅在非收费区范围可由4号线的两条路轨下方的联络通道前往，两个站厅的收费区则由7号线站台连接。两个站厅的收费区内均设有一台专用电梯、楼梯以及多条扶手电梯连接7号线站台。
另外，东站厅由于要配合原有7号线站台结构的改建和设置升降机的需要，扩建至现有规模，同时设有车站商店等设施。东站厅在该电梯的位置另外划出了一个付费区，与一德路站不同的是，该付费区仅设有专用通道供乘客出站，因此轮椅人士、盲人或者携带较大行李的乘客如果需要在东站厅的C、D出入口出站或者从7号线换乘4号线往黄村方向，需要向职员求助使用专用通道进出，在职员带领下进行换乘及出站。该电梯付费区亦已预留位置，可供未来加装出入闸机。
大学城南站设有便利店、面包糕饼店等商店，以及自动照相机、自动售卖机、自动售卡/充值机、好易自助服务机等，所有商店及自助服务均设置于东站厅。
另外，本站的公共洗手间设于本站东站厅靠近C出入口通道一侧。
本站4号线设有两个侧式站台，位于大学城中心南大街的地底，同万胜围站一样，4号线站台实际比4节L编组所需要的要长，因此停车后司机需要打开屏蔽门的安全门在站台上瞭望。本站7号线设有一个岛式站台，位于中环东路地底。两线站台组成一个十字型。4号线站台在上层，7号线站台在下层。
换乘方面，7号线站台的东侧设两条运行方向向上的扶手电梯连接4号线的1号站台，供7号线乘客换乘至4号线前往黄村方向沿途各站；中部偏东处设两条运行方向向下的扶手电梯和一条楼梯连接4号线的1号站台，供4号线新造至南沙客运港沿途各站换乘至7号线；站台西端则设两条扶手电梯、一条楼梯和一台专用电梯连接4号线的2号站台，供7号线乘客换乘至4号线前往南沙客运港方向沿途各站，以及4号线大学城北至黄村沿途各站换乘至7号线。
另外，本站4号线站台南侧设有一条渡线。当4号线新造站以南段发生故障时，往南沙客运港方向列车将会通过该渡线折返，以本站为临时终点站。
7号线则在站台东西两侧各设有一条渡线，目前前者供7号线列车进行临时性站前折返，后者供初期7号线在正常运营时进行站后折返。正线东北端尽头预留了供7号线二期进行延伸的条件。
本站东边设有4号线和7号线的联络线。
大学城南站目前设有4个出入口，分别分布于东西站厅。
本站作为大学城内两个地铁站之一，同时4号线也作为往返大学城的主要交通工具之一，本站主要的客流均来自于城内高校的学生，也有部分附近楼盘的居民。因此在星期五下午和星期日傍晚的学生离校和返校高峰期间，本站均会出现较大的客流。而在平日，本站客流也相当不俗。7号线开通后，本站成为换乘车站，全天均有众多乘客在本站换乘。
另外，每逢天气状况良好的周末以及节假日期间会有来自市区的乘客使用本站转乘大学城区内巴士线路前往岛内的岭南印象园，以及广东科学中心游玩。同时在周末时段有部分高校举行公务员考试等面向社会的专业考试散场时，本站也会出现较大的客流，严重时需实行客流控制。
本站最早出现在2000年的《近期线网规划实施调整方案》中，作为新出现的4号线的其中一个中途站，同时也是广州大学城的配套地铁站之一，当时本站被命名为小谷围站。随后本站被列入4号线首通段（大学城专线）工程内，先行建设。
于2003年规划当中，本站成为4号线与7号线的换乘站，因此本站在建设时一同建设了7号线的站台和两线的联络线隧道。后来7号线规划调整，与4号线的换乘站一度改为新造站。后来于2010年规划当中，7号线最终确定在本站与4号线交汇，同时本站也被确定为7号线首期的终点站。
而在2008年规划当中，本站也成为了规划12号线的南端终点站。但在2015年的规划方案中，12号线改经科学中心，不再在大学城南设站。但根据2017年3月下旬的国家发改委对12号线立项批文描述，南端终点站再次改回大学城南站。
2003年，本站随4号线首通段开工而开始建设；2004年1月6日，大学城专线（4号线）与7号线联络线土建工程开工。2005年1月11日，车站封顶。2005年12月26日，本站随4号线首通段（大学城专线）正式通车而正式启用，地铁公司在本站举办了开通仪式。
4号线建设之时已经在本站预留7号线站台及换乘节点。7号线原计划使用4节编组L型车辆，故仅预留了85米长之站台，但因7号线最终确定使用6B编组，预留的7号线站台则需要延长。7号线建设时对预留站台进行延长，以满足六节B车规模长度的7号线使用。同时亦对4号线原有东站厅进行改造，重置付费区范围，同时把部分设备区释出，延长站厅非付费区范围。同时7号线建设时需要根据国家新标准，在车站内加设公共洗手间，因此在7号线建设中后期间，C出入口暂时封闭，直至7号线站台启用后才恢复使用。
2016年12月28日，7号线首期通车，本站7号线站台层以及东站厅扩建部分亦正式启用。
在7号线开通前，因本站只开放了非付费区通道来往4号线两侧站厅，故本站4号线两个付费区无法连通。当时车站在进站闸机前均摆放告示，提醒乘客此侧站厅4号线的行驶方向。若乘客不慎选错付费区进站，则只能求助车站职员，通过非付费区通道前往另一侧站厅；或先乘坐至下一站，再换乘至正确的方向。本站7号线开通后付费区则已通过7号线站台连通。
2020年7月15日上午，12号线建设工地突然有大量泥浆涌入A出入口，致其临时封闭，不久后恢复；2020年9月28日，A口为配合12号线施工需要而暂时封闭，当年年末重开，随后又在2021年5月16日关闭；而B出入口在2020年12月20日关闭。A、B两个出入口重置后，于2022年1月1日重开。
大学城南站是一个在运营后更改中文名字的地铁车站，在2006年5月由“南亭站”更名为“大学城南站”。而在工程阶段，本站名称则为“小谷围站”。
2022年10-11月疫情期间，本站曾受防控措施影响，于11月28日至11月30日下午暂停进出站，仅保留站内换乘服务。
7号线将会由本站继续向东北方向延伸，至位于黄埔区的水西北站作为终点站。届时，大学城南站将从7号线东端终点站改为中途站，目前的3号站台（即终点站台）将改为往水西北方向的站台。
12号线未来将设有大学城南站，与4号线及7号线交汇，车站将设于现有车站西侧。
两线虽然在规划及建设时并没有预留未来换乘12号线，不过12号线建设时将会扩建现有西站厅，西站厅原有的A、B出入口因位于12号线车站主体结构范围内而需要拆除，并由12号线工程在原有位置附近进行重置。
12号线站台届时会在本站西端设有一条单渡线用于站前折返。东端设有往返大学城南停车场的出入段线，亦会设有交叉渡线用于12号线所有运营列车进行站后折返，正线末端则预留往南延伸的条件。
