2A肽（英语：2A self-cleaving peptides）是一类长18-22个氨基酸残基的肽片段，能诱导细胞内含有2A肽的重组蛋白自我剪切。这种肽都有一段的序列模体（英语：sequence motif），经常会在最后甘氨酸（G）和脯氨酸（P）连接处导致核糖体无法连接，从而造成“剪切”的效果。这种肽在很多科病毒中都有分布。
目前一共有4种常用的2A肽：T2A、P2A、E2A、F2A。它们都是以来源的病毒命名的。例如第一种发现的2A肽F2A源于手足口病毒（英语：foot-and-mouth disease virus），而手足口病毒的英文名称“foot-and-mouth disease virus”首字母是“F”，因此这种2A肽得名F2A。2A本身源自微小核糖核酸病毒科的基因命名方式。
生物研究用到的2A肽目前一共有4种： P2A、E2A、F2A、T2A。其中F2A源于手足口病毒（英语：foot-and-mouth disease virus）（Foot-and-mouth disease virus）、E2A源于马甲型鼻炎病毒（Equine rhinitis A virus）、P2A源于猪捷申病毒（英语：Porcine teschovirus）（Porcine teschovirus）、T2A源于明脉扁刺蛾病毒（Thosea asigna virus）。
下表罗列了四种2A肽的序列。虽然对2A肽的功能而言不是必要条件，在2A肽序列的N端加上一个GSG（Gly-Ser-Gly，甘氨酸、丝氨酸、甘氨酸）序列能提高2A肽诱导剪切的效率。
2A肽诱导的剪切效率较高，部分情况下，剪切效率可以达到接近100%。现有证据支持转译时2A肽会诱使核糖体在合成至2A肽中断裂处的谷氨酸时，提早将前半段已合成的肽链放出，从而以2A肽为界形成二段多肽，但目前尚不完全清楚这一过程具体的分子机制。
在基因工程中，2A肽可令一个开放读框（ORF）转译出的肽链分为数个独立的肽链。如果需要令两个蛋白分开表达（例如需要一个蛋白进入细胞核、另一个蛋白在细胞质中表达），又希望只在载体上构建一个开放读框，可在它们的编码区中插入一段2A肽序列。除此之外，如果两个蛋白融合后，融合蛋白没有功能，可以在两个蛋白的编码区中间插入一段编码2A肽的序列，或将连结肽更换为2A肽，使转译完成后两个蛋白分开，独立进行折叠。这样做有很大机会使两个蛋白恢复功能。
IRES同样可以从一个开放读框翻译出两个肽链，但其特性略有不同：由IRES分隔的两段肽链虽在同一个转录本上，但因它们各自独立转译，合成的肽链不会包含IRES序列；另外在IRES上游的肽链表现效率高于位在下游的肽链。相对而言，2A肽本身的序列在剪切后仍然分别存在于上下游的二个产物肽链，在表现效率上，2A肽链上下游的肽链表现量相近。搭配使用2A肽与IRES或是使用多个2A肽均可以在一个开放读框中表达多个重组蛋白。
不同2A肽序列造成的“剪切”效率各有不同，其中P2A最高，F2A最低。以F2A连接的蛋白质有高达50%会形成融合蛋白（英语：fusion protein），造成获得新功能等意想不到的结果。
