深坑厅（しんこうちょう ）为台湾日治时期行政区划之一，设立于1901年11月至1909年10月间。其辖区包含现今台北市文山区和新北市新店区、石碇区、深坑区、坪林区。
日本领台当初，深坑厅所在的文山堡由台北县直属管辖，并在深坑街设有警察官吏派出所。因初期的治安骚动不断，台北县下设置了保良局（总局位大稻埕），在深坑街和新店街设有分局，用以维护治安并补足行政上的不足。1896年10月，保良局废止，并在景尾街设立“文山堡务署”。1897年6月，文山堡务署改为“景尾辨务署”，负责管辖整个文山堡。1898年6月于深坑街设置“深坑辨务支署”，同年8月于坪林尾街设置“坪林尾辨务支署”。1899年6月，文山堡的大平庄、乌山庄、溪尾藔庄、料角坑庄改由基隆辨务署管辖。1899年，景美辨务署管辖的22区整并为12区。1900年12月，景尾辨务署迁移至深坑街并改称“深坑辨务署”，原景尾辨务署则改为“深坑辨务署景尾支署”。
1901年11月，台湾总督府以辨务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与辨务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活，而废止“三县四厅”，设“二十厅”之行政单位，划分台北县为基隆、深坑、台北、新竹、桃园等五个厅级行政区，深坑厅由原深坑辨务署景尾支署和坪林尾支署合并而成立，下辖景尾支厅、坪林尾支厅。1903年4月，深坑厅下的街庄整并为42个庄。
1909年9月，景尾支厅由景尾街迁移至“新店街”，支厅名亦改为“新店支厅”。
1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，深坑厅坪林尾支廰并入宜兰厅、其余并入台北厅。深坑厅直辖和新店支厅改为台北厅深坑支厅和新店支厅，坪林尾支厅则是改为宜兰厅坪林尾支厅。
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