藤原清衡（平假名：ふじわら の きよひら；1056年－1128年8月10日）（天喜4年－大治3年7月17日），是日本平安时代末期武将，奥州藤原氏初代。陆奥国亘理豪族藤原经清（日语：藤原経清）与安倍赖时之女有加一乃末陪（日语：有加一乃末陪）之子，乳名清丸。
据说藤原经清是藤原北家藤原秀乡的子孙，不过难以考证。经清在前九年之役（1051年－1062年或1056年－1064年）与安倍氏一同败亡，其妻则携子再嫁清原武贞（日语：清原武貞）。
清原武贞死后，长子清原真衡（日语：清原真衡）继任。但是其后真衡因与在前九年之役获有大功的长老吉彦秀武（日语：吉彥秀武）发生龃龉，与其弟清衡及幼弟家衡（日语：清原家衡）（清衡的异父弟）开战，真衡在妻舅源义家的帮助下打败二人，却在进军出羽的路上急病而死。真衡死后，源义家将其所领的奥六郡平分给清衡与家衡－清衡得了和贺郡、江刺郡及胆泽郡；家衡得了岩手郡、紫波郡及稗贯郡（日语：稗貫郡）。但家衡对此分配不满，于应德3年（1086年）出兵偷袭清衡居所，清衡仅以身免，其他家人全遭杀害。清衡得到源义家帮助以对抗家衡，一度在沼栅（秋田县横手市雄物川町沼馆）吃了一次败仗。家衡听从叔父清原武衡（日语：清原武衡）之言将据点移至难攻不落的金泽栅（日语：金沢柵）（横手市金泽中野），而义家听从吉彦秀武之言改打兵粮战，包围金泽栅直到对方兵粮耗尽。家衡及武衡因无粮食而放火烧栅欲逃走，后来都被抓住并斩首。战后，清衡改回本姓并成为奥州藤原氏之祖。
宽治5年（1091年），清衡以黄金和名马贿赂关白藤原师实，巩固了奥羽地区的统治者地位，但在翌年6月，清衡被陆奥守藤原基家（日语：藤原基家 (陸奥守)）怀疑有开战的企图。宽治7年（1093年），清衡势力下的平师妙、平师季父子反叛，袭击了出羽国府．秋田城，这场叛变最终在宽治8年（1094年）被当时的陆奥守源义纲敉平，清衡与此乱的关联不明，一说清衡此时前后成为陆奥押领使（日语：押領使），领有奥六郡（也有说是宽治3年）。
嘉保年间（1094年至1095年），藤原清衡迁居岩井郡平泉，开始建设城市中心与政治文化。嘉承2年（1108年），清衡在平泉兴建宏伟的中尊寺，为奥州藤原氏四代100年的辉煌奠基。
