关于邪马台国的所在地，传统上有畿内说与九州说，但因史料限制，尚无定论。2010年琉球大学名誉教授、海底遗迹研究会理事长木村政昭（日语：木村政昭）又提出琉球说（或称冲绳说）。
中国语言学家郑张尚芳认为邪马台是日语“大和”（日语：やまと ?）的音译。大倭管市场，大夫管外交，大率是刺使。
《后汉书·倭传》记载“桓灵间，倭国大乱，更相攻伐，历年无主，有一女子名曰卑弥呼……于是共立为王。”
带方郡与伽耶在其西北，除了狗奴国外大多小国受其管理（对海国、一大国、末庐国、伊都国、奴国、不弥国、投马国、斯马国、百支国、伊邪国、都支国、弥奴国、好古都国、不呼国、姐奴国、对苏国、苏奴国、呼邑国、华奴苏奴国、鬼国、为吾国、鬼奴国、邪马国、躬臣国、巴利国、支惟国、乌奴国等）。
从郡至倭 循海岸水行 历韩国 乍南乍东到 其北岸狗邪韩国七千余里
始度一海千余里 至对海国 其大官曰卑狗副曰卑奴毋离所 居绝岛方可四百余里 土地山险多深林 道路如禽鹿径 有千余户 无良田食海物自活 乘船南北市籴
又南渡一海千余里 名曰瀚海 至一大国 官亦曰卑狗副曰卑奴毋离 方可三百里 多竹木丛林 有三千许家 差有田地 耕田犹不足食亦南北市籴
又渡一海千余里 至末卢国 有四千余户 滨山海居 草木茂盛行不见前 人好捕鱼鳆 水无深浅皆沈没取之
东南陆行五百里 到伊都国 官曰尔支副曰泄谟觚柄渠觚 有千余戸 世有王 皆统属女王国 郡使往来常所驻
东南至奴国百里 官曰兕马觚副曰卑奴毋离 有二万余户
东行至不弥国百里 官曰多模副曰卑奴毋离 有千余家
南至投马国水行二十日 官曰弥弥副曰弥弥那利 可五万余户
南至邪马壹国 女王之所都 水行十日陆行一月 官有伊支马次曰弥马升次曰弥马获支次曰奴佳鞮 可七万余戸
自女王国以北 其户数道里可得略载 其余旁国远绝 不可得详
次有斯马国次有巳百支国次有伊邪国次有都支国次有弥奴国次有好古都国次有不呼国次有姐奴国次有对苏国次有苏奴国次有呼邑国次有华奴苏奴国次有鬼国次有为吾国次有鬼奴国次有邪马国次有躬臣国次有巴利国次有支惟国次有乌奴国次有奴国 此女王境界所尽
其南有狗奴国 男子为王 其官有狗古智卑狗 不属女王
自郡至女王国 万二千余里
“官有伊支马，次曰弥马昇，次曰弥马获支，次曰奴佳鞮”。
由大夫负责，在景初三年，大使难升米，次使都市牛利至带方郡，后至洛阳，魏明帝封她亲魏倭王，得大量回赐。247年再出使，求魏帮助对抗狗奴国。
《三国志·魏志·倭人传》记载“种禾稻……”、“人性嗜酒”，他们与百越一样穿贯头衣、纹身、光脚。一夫多妻制，大人四五妇，下户二三妇。全国有大人、下户、生口、奴婢四等。他们出海时找一个人像办丧事一样斎戒祈祷名为持衰。如行程顺利送他奴隶财物，不顺则杀之。
邪马台国（日语：邪馬台国／やまたいこく ），与邪马台（日语：邪馬台），以及倭（日语：倭／やまと ）的发音十分相近。邪马台，汉语拼音作“yámǎtái”，注音作“ㄧㄚˊㄇㄚˇㄊㄞˊ”，上古汉语拟音（白一平-沙加尔系统）为。公元600年到759年之间的《万叶集》把Yamato写作“山”（yama）和“迹”（tö）。Yamato的本意就是倭人自称山迹之族。
邪马台国在现存的《三国志》版本中被记作“邪馬壹國”。虽然《三国志》成书于晋代，但现存最古老的刊本是宋代的绍兴本（绍兴年间，即1131年-1162年刻版）和绍熙本（绍熙年间，即1190年-1194年刻版）。然而在《三国志》之后，成书于5世纪的《后汉书》记作“邪馬臺國”，成书于7世纪的《梁书》记作“祁馬臺國”，成书于7世纪的《隋书》记载倭国“都於邪靡堆 則魏志所謂邪馬臺者也”，成书于唐代的《北史》四夷传记载“居于邪摩堆 則魏志所謂邪馬臺者也”。以上几种史书都引用自比现存的《三国志》刊本更古老的写本。因此现今学界多以“邪马台国”为正确写法，并认为“邪马壹国”的表记来自于传抄过程中把“臺”误写作“壹”的失误。
根据《魏志倭人传》中的记载来判断，邪马台国的位置竟是在九州南方的海中。如果不是邪马台国所在的岛屿因地震而下沉，那必是《魏志倭人传》的记述有误。目前，邪马台国的正确位置依然众说纷纭，而较有力的说法是“九州”与“畿内”两者。
由于倭朝廷的主要据点为畿内，而邪马台国与倭朝廷的时代也不过相差一世纪左右。假设邪马台国位于畿内，那么便可推断倭朝廷是由邪马台国所直接发展而成。
据目前的日本考古结果显示，九州铁制品出土量压倒性的为全国之冠，这显示了位于九州的邪马台国拥有大量的铁制武器，以强大的武力做为后盾，才得以统领诸国。但在卑弥呼死后，日本陷入了内乱，其中位于南方的狗奴国，是邪马台国最大的威胁，甚至逼得邪马台国派使节到中国希望魏国帮助其平乱。该说法认为，位于九州的邪马台国可能在四世纪灭亡，随后由畿内的倭国统一了日本。
该学说综合了“畿内说”和“九州说”。在卑弥呼死后一世纪的近畿四世纪奈良古迹中，铁制品大量的出土，铁制品的中心从九州转变成了近畿。三世纪时期的九州有铜镜文化，而本州畿内则有铜铎文化。至四世纪古坟文化兴起，畿内铜铎文化消亡。这表示了位于九州的邪马台国在内乱发生之后可能有将首都向东迁移的情况。而在日本的传说中，也有神武天皇东征神话的记载，这样就得以解释承接邪马台国而兴起的倭政权位于奈良的原因。
此说《魏志倭人传》记载邪马台的位置、风土等与琉球相似，而冲绳本岛各间切的名称又与邪马台国地名发音相近，且在琉球出土的一些文物亦与《魏志倭人传》相符，并推断北谷海底遗迹为卑弥呼之城堡，与那国岛海底地形则是补给地。
