吉尔吉斯斯坦提供所有七至十五岁儿童的义务教育，为期9年。包括四年小学及五年初中，教育系统中包含但没有资助的教育包括两年高中，专科学校，技术型高中或工业学院。
吉尔吉斯斯坦教育及科学部是吉尔吉斯教育负责部门。 教育部门曾削减教师薪金和设备可用性的预算。此外，吉尔吉斯斯坦的男女学生人数亦不成比例。
2008年吉尔吉斯斯坦国内生产总值有3.7%用于教育。2001年，有89％的适龄儿童被招收入学，但从二十一世纪初期起已有所下降。 而2004年吉尔吉斯斯坦的识字率为98.7％。
学前教育针对3至6/7岁的适龄儿童，不属于义务教育的范畴。而学前教育的学位是有限的（2005年的净入学率仅有10%）。
初等教育通常从6或7岁开始，为期4年，并且是强制性的。由于吉尔吉斯斯坦法律指出父母必须购买校服。自2007年起，所有小学学生必须穿着制服。因此，买校服带来的经济负担成为了辍学的一个主要原因。吉尔吉斯斯坦斯坦在2006年的国际学生能力评估计划中，阅读，数学和科学方面排名非常后，因此教学质量现对于其他国家是比较差的。
中等教育的四年基础中等教育是强制性的。修读为期四年基础中等教育后，学生可自由选择综合教育或职业教育。
综合教育为为期两年制的课程，完成后可获得毕业证书。报读大学通常需要这张毕业证书。
职业教育有三种：包括为进入大学作准备的职业及一般教育三年制课程，职业及一般教育两年制课程（不进入大学）或纯职业教育的十个月课程（亦开放予成年人就读）。 职业教育由专科学校，技术型高中或工业学院提供。
高等教育包括大学，学院，高等专科教育机构及研究所。吉尔吉斯斯坦有包括33所公共及21所私人机构在内的54所高等教育机构。 2011/2012学年，高等教育入学率为12.5％。
大学提供为期四年学士学位课程，完成学士学位可继续修读为期两年的硕士学位。大学亦提供为期五年的专家学位（或为期六年的医学和建筑研究学位）。修读硕士及专家学位后可继续修读博士课程。
一些学院在某些科学领域上提供与大学相同的学位。学院通常是大学或专科院校的专科分支机构。而专科高等教育院校的规模通常较小。
社会上对吉尔吉斯斯坦大学讲师的能力抱有批评：理论上担任大学讲师需要拥有大学教学硕士学位，但当中大多数教师实际上仅拥有学士学位，甚至没有学位。
