上海申通地铁集团有限公司（简称申通集团）于2000年4月28日成立，前身为上海市地铁总公司，是目前上海轨道交通和上海市域铁路（除金山线）的运营公司，负责上海地铁的投融资和运营管理，并拥有上海地铁绝大部分资产，设有子公司，负责不同线路、不同条块的运营。
上海申通地铁集团有限公司控股上海申通地铁股份有限公司（上市简称申通地铁，前身为上海凌桥自来水股份有限公司，沪市：600834）。
2000年4月28日，上海久事公司和上海市城市建设投资开发总公司共同出资，组建上海申通集团有限公司。
2000年9月，上海凌桥自来水股份有限公司出资2255万元人民币，占上海东方交通卡股份有限公司拟注册资本总额的20.5%。
2001年，上海市人民政府以《上海市人民政府原则同意市计委、市建委关于完善上海轨道交通“四分开”体制意见的批复》（沪府〔2001〕13号）批准：申通集团是上海市政府对轨道交通的出资代表，作为上海市轨道交通网络建设的市级投资主体，承担上海市政府在轨道交通领域的投融资职能。当时申通集团注册资本为260亿元人民币。其中，上海久事公司出资156亿元，占60%；城投总公司出资104亿元，占40%。根据上海市政府有关会议精神，为促进上海轨道交通投资经营的发展，上海申通集团有限公司（简称申通集团）入主上海凌桥自来水股份有限公司（简称凌桥股份）。市政府决定将城投总公司持有的凌桥股份63.65%的国有股划转给申通集团持有，并于5月28日草签了协议，将1号线的10年运营权无偿转为上海凌桥自来水股份有限公司所有，并买下了当时1号线的18辆车辆、车站售票系统和上海地铁广告有限公司。此后，凌桥自来水公司处于一面经营地铁、一面进行供水的资产转移局面。
经2001年6月29日上海凌桥自来水股份有限公司（简称凌桥股份）股东大会表决通过，上海凌桥自来水股份有限公司更名为上海申通地铁股份有限公司（简称申通地铁），主要从事地铁经营及相关综合开发、轨道交通投资、附设分支机构等，成为中国内地第一家从事轨道交通投资经营的上市公司。2001年6月29日，以21805.49万元的评估值为准向上海市自来水浦东有限公司出售凌桥自来水厂，以80174.36万元的评估值为交易价格向上海申通集团有限公司收购上海地铁一号线全部18列车，售检票系统和上海地铁广告公司51%的股权等经营性资产，正式改名为上海申通地铁股份有限公司。
下面是2014年申通地铁集团内部改组后的分公司组织结构。线路发展公司分别经营各线路的项目的投资、建设、经营和管理，以及沿线路站区的综合开发（涉及许可经营的凭许可证经营），早期线路公司名称由线路代号代替数字，十二号线开始全部由线路数字号码做公司名称。此外，因为申通地铁股份重组，一号线公司并入集团并宣告解散，1号线上海马戏城以南由申通地铁集团直接持有。
