线粒体拟核相关蛋白（英语：mitochondrial nucleoid-associated protein）是存在于线粒体拟核中的蛋白质的统称，主要包括转录因子、单链DNA结合蛋白以及众多参与线粒体中代谢途径的多功能蛋白。这些蛋白质均由核基因编码, 在细胞质基质中合成再转运至线粒体基质内执行功能。除了参与转录，线粒体拟核相关蛋白在线粒体DNA（mtDNA）折叠和线粒体拟核结构组织中也发挥重要作用。线粒体拟核的结构与功能的完整性都依赖于这些蛋白之间以及蛋白与mtDNA间的相互作用。多种线粒体拟核相关蛋白的缺失也会使拟核结构不稳定，并最终导致DNA损伤。
1974年研究人员用氨银染色法在多头绒泡菌（）线粒体中观察到了完整的拟核结构。随后，在1976年人们成功将其从线粒体中分离出来，并利用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳证实线粒体拟核中含有蛋白质。
下表列出了人类几种线粒体拟核相关蛋白的信息：
