殷仲堪（？—399年），陈郡长平人。殷融之孙。东晋末年重要官员，官至都督荆、益、宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，曾两度响应王恭讨伐朝臣的起事，在王恭死后与桓玄及杨佺期结盟对抗朝廷，逼令朝廷屈服。后来却被桓玄袭击，逼令自杀。
殷仲堪善清谈，与韩伯齐名，亦得士人爱慕。初获调补佐著作郎。太元四年（379年），谢玄升冠军将军，加领徐州刺史，镇京口时，请殷仲堪为参军。后转为长史，并得对方厚待。而殷仲堪亦曾写信给谢玄，建议他安抚怀柔北方士民，以取悦其心，配合军事行动瓦解北方政权的对抗之心，以图统一。谢玄亦十分同意。及后领晋陵太守，任内禁止生了儿子不报告、人死了久久不下葬和以父母为人质而自己逃亡的行为，所下达的法令亦甚有义理。
后被召为太子中庶子，又领黄门郎，受晋孝武帝宠信。当时孝武帝见会稽王司马道子宠信阿谀奉承的王国宝等人，认为他并非才堪治理国家的臣子。而孝武帝其他亲近的臣子如王珣等亦与王国宝不睦，故此就将亲近信任的臣子出任刺史，作为外援。太元十七年（392年），荆州刺史王忱去世，孝武帝就授予殷仲堪都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇江陵。
殷仲堪有英明的声誉，故此他获授任荆州这重要地方后，朝野人士都对他有期望，望会有优异的政绩。殷仲堪到州后，法度没有伸张，但因为殷仲堪的小恩小惠而令人们都安心归附他。当时桂阳人黄钦生父亲早已死去，但仍假穿蓑麻，说要准备父丧。被揭发后府曹求依律法处死他，但殷仲堪则称该律法是为了惩处那些父母明明在世却诈称他们已死的悖逆行为，而黄钦生之父的确己死，与假称父亲已死的差很远了。于是不对其处以死刑。另外又以异姓相养并不合礼教律法而禁止，继承无后亲族的亦只主持祭祀，不能计算作别籍而逃避差役。属吏皆佩服他。
后来朝廷征召益州刺史郭铨，犍为太守卞苞因劝郭铨谋反而被殷仲堪处决，但殷仲堪亦因未能预防而被降号鹰扬将军。后又发生水灾令江陵数千户人受灾，殷仲堪被指堤防不严而再被降为宁远将军。太元二十一年（396年）晋安帝继位，升殷仲堪为冠军将军，但殷仲堪辞让。
当时南郡公桓玄因在建康任官不得志而留在封国，并因着父叔在荆州的威望而横行，当地人怕桓玄更甚于殷仲堪。而殷仲堪亦对他心存畏惧，与他结交；而桓玄亦打算借助其军力而讨好对方。
隆安元年（397年），桓玄劝殷仲堪奉青兖二州刺史王恭为主，起兵讨伐当时依附会稽王司马道子并乱政的王国宝。当时殷仲堪同意并劝堂兄殷�、南郡相江绩及雍州刺史郗恢支持。虽然三人皆反对，江绩南郡相一职被殷仲堪撤换而殷�告病去职，殷仲堪仍然拿不定主意，迟疑未决。此时王恭使者来到，主动邀约殷仲堪支持他讨伐王国宝，殷仲堪于是同意。不过，当时殷仲堪认为王恭所驻的京口与建康十分接近，而荆州道远，兵势不相及，于是并没有派兵前赴建康，仅仅答应王恭而已。直至王国宝被司马道子诛杀后，殷仲堪才作出军事行动，但司马道子及后就写信制止殷仲堪，殷仲堪于是撤回江陵。
隆安二年（398年），王恭在豫州刺史庾楷的劝说下再度举兵，讨伐司马尚之兄弟及王愉。当时王恭亦联结殷仲堪，而殷仲堪亦因为司马道子上一年因王恭起兵而诛杀王国宝，认为这次王恭肯定会成功；殷仲堪这次更决定立刻出兵，意图分享王恭举兵成功的功业。殷仲堪于是派杨佺期领五千水军作前锋，又将五千士兵借给留在江陵的广州刺史桓玄，任命桓玄率五千军为次锋，然后自己再率兵二万殿后。当殷仲堪进至芜湖时，却突然接到王恭被杀，原王恭部下刘牢之叛变投降朝廷的消息，当时刘牢之更率领北府军向建康进发，停驻新亭，杨、桓二人惊惧失色，退还蔡洲。不过，因为朝廷未知荆州军队的虚实，所以殷仲堪的军队仍对朝廷造成很大压力。
左卫将军桓脩此时却献计司马道子，利诱桓玄及杨佺期反叛殷仲堪。司马道子于是授桓玄江州刺史、杨佺期雍州刺史、桓脩荆州刺史，贬殷仲堪为广州刺史。殷仲堪知道后，不能接受被贬谪至广州，自度单以自己部众的能力亦能成大事，故此下令桓玄迅速进军建康。不过当时桓玄迟疑未决，殷仲堪亦从堂弟殷遹口中听闻杨佺期接受任命，于是立刻从芜湖退兵，更以蔡洲军队于江陵的家眷安危逼令他们立刻撤还。桓玄等亦急亡西返，在寻阳追及殷仲堪后在当地结盟，互相倚靠，殷仲堪又与杨佺期交换子弟作人质，并奉桓玄为盟主，不受朝命，并要求朝廷为王恭平反，诛杀刘牢之及司马尚之，以及申诉殷仲堪独被贬黜官位。朝廷对此十分畏惧，司马道子因而下诏慰问他们，以图和解，又罢免桓脩。殷仲堪等于是奉诏回到自己的辖地。杨佺期不久便入主雍州，放在殷仲堪举兵时支持朝廷的原雍州刺史郗恢回京，殷仲堪却在其路上派人杀害郗恢。
虽然殷仲堪与桓玄和杨佺期结盟，不过其实殷仲堪一直都忌惮桓玄跋扈难制，杨佺期亦与其不睦，多次想攻伐桓玄，就在寻阳时杨佺期就已经想袭杀桓玄，只是殷仲堪顾虑杨佺期兄弟勇猛，怕桓玄死后不能控制他们，故此一直禁止。不过，桓玄亦知道杨佺期有对付自己的意图，就屯兵夏口打算消灭他。及后虑及二人可能会联手消灭自己，于是上告朝廷请求扩大其统辖区域；朝廷亦打算离间他们，于是将荆州四郡交由桓玄都督，又让桓伟任南蛮校尉。杨佺期兄原南蛮校尉杨广打算对抗桓伟但被殷仲堪另调他地。杨佺期得知得既畏惧又愤怒，于是就领兵声称救援被后秦围困的洛阳，实质是想和殷仲堪攻打桓玄。然而，殷仲堪心中其实不太信任杨佺期，不但阻止他，更派殷遹北屯以防杨佺期。杨佺期亦只得无奈解兵。
至隆安三年（399年）十二月，桓玄乘殷仲堪因荆中大水而开粮仓赈济饥民的机会讨伐殷、杨二人，于是声称救援洛阳，又写信给殷仲堪，威胁他与自己一同讨伐杨佺期，杀死杨广；否则江陵将被攻击。殷仲堪当时就收捕了桓玄兄长桓伟作人质，又派殷遹率七千水军至江西口。不过不但殷遹被打败，连积存粮食的巴陵都被桓玄攻陷，震惊江陵。殷仲堪见此，只得用芝麻给予军队作军粮，并急召杨佺期入援。当时杨佺期因粮食问题要殷仲堪弃守江陵，到襄阳与他一起防守。不过殷仲堪想保全荆州辖境和军队，不愿弃城，更骗杨佺期有军粮储备，杨佺期于是领兵前赴江陵。但到后殷仲堪只以饭来作其军饷，杨佺期大怒，不去见殷仲堪就去攻击桓玄，最终却被桓玄击败，而殷仲堪当时亦已出走酂城。殷仲堪知道杨佺期死后，就打算逃到长安，然而在冠军城遭桓玄部将冯该截获，并于柞溪被逼令自杀，侄儿殷道护亦死。
事后殷仲堪葬在丹徒。
