内藤赖直（日语：内藤頼直／ないとう よりなお ，1840年11月20日－1879年8月17日）是日本幕末大名，信浓高远藩最后一任藩主，高远藩内藤氏第13代。
天保11年（1840年），赖直作为信浓高远藩第7代藩主内藤赖宁的七子出生，由于兄长内藤赖爱（日语：内藤頼愛）早死，赖直作为继承人在安政6年（1859年），其父赖宁隐居后接任家督。万延元年（1860年），赖直开创藩校（日语：藩校）进德馆（日语：進徳館 (高遠藩)）。
文久元年（1861年），和宫亲子内亲王下嫁于江户幕府将军德川家茂，赖直便负责处理此事。文久2年（1862年），生麦事件爆发，赖直奉幕府之命动员藩军以防万一。元治元年（1864年），天狗党之乱爆发，虽然天狗党曾经路经信浓一带，但是高远藩未受影响。同年爆发的长州征讨，赖直亦有参战。
庆应4年（1868年），戊辰战争爆发，赖直靠拢官军（日语：官軍），由于藩军在北越战争和会津战争中协助西园寺公望而立下战功，赖直便获赏赐赏典金（日语：賞典禄）2000両。明治2年（1869年），版籍奉还后，赖直成为高远藩知事（日语：知藩事），并且在明治3年（1870年）制定新藩制。
明治4年（1871年）7月14日，由于废藩置县，赖直被免职，并且在明治12年（1879年）死去。
保科正光1600-1631 | 保科正之1631-1636 | 转封至出羽山形藩
鸟居忠春1636-1663 | 鸟居忠则1663-1689 | 因为家臣犯罪而遭到连座，在被禁闭期间死去，改易。后来被特赦而在能登下村藩存续。
内藤清枚1691-1714 | 内藤赖卿1714-1735 | 内藤赖由1735-1776 | 内藤赖尚1776 | 内藤长好1776-1791 | 内藤赖以1791-1820 | 内藤赖宁1820-1859 | 内藤赖直1859-1871 | 废藩置县
