神佛分离（日语：神仏分離／しんぶつぶんり ）为日本明治时代前期所发生的一系列针对佛教的宗教事件，其目的在于将佛教与日本既有的神道信仰分离，打破传统日本社会“神佛习合”的格局，以提升神道至等同国教的地位。此现象至明治宪法施行后，才由宗教自由与“国家神道”政策取代。
庆应四年（即明治元年，1868年）三月二十八日，明治新政府颁布“神佛分离令”（正式名称是“神佛判然令”），以禁止天皇所信从的神道与佛教混合。却因误解，于是民间引发“废佛毁释”运动，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毁，僧侣被强制还俗。相反，神祇官职逐渐上升，使得神道“国教化（日语：神道国教化）”。而此前的日本佛教在此事件后，逐渐产生一群复兴佛教以己任的僧侣。
神佛判然令下达前，神社的神官常被称呼为“和尚”，有些巫女则被称呼为“比丘尼”，比如著名的“熊野比丘尼”，即是为熊野三山神社劝募的团体。
江户时代亦有儒学昌盛的藩国施行神佛分离政策，如冈山藩、水户藩、淀藩；出云大社在17世纪亦采取神佛分离的作法。
