郭百年事件，是指发生于清嘉庆19年（1814年）到嘉庆20年（1815年）水沙连地区埔里社汉人和原住民之间的大规模冲突事件。
在清嘉庆年间，由于汉人大量移入台湾，且各地大量兴筑水圳，沿岸平原土地不久即开发殆尽，较晚前来的移民只能深入山边盆地或丘陵地开垦，当时竹山社寮地区也面临无地可垦的状况。其中社寮大垦户张天球因此积极向外寻求拓展，向官府申请开垦中寮乡的八杞仙地区(现今中寮乡八仙村一带)，但仍感土地不足。此时，同是住在当地的水沙连隘丁首黄林旺前来告知水沙连地区水里社和埔里社一带仍有许多尚未开垦的肥沃土地。
嘉庆19年（公元1814年），黄林旺与彰化县居民（分别位于今天嘉义、彰化地区）的陈大用与郭百年联合台湾知府衙门门丁黄里仁等人，假藉已去世原住民通事土目之名，前往台湾府衙门申请垦照，并谎称部落因为积欠当地屯番薪资和粮饷，使得大家没有食物可以过活，头目因此愿将世代相传之水里社与埔里社土地承租给汉人开垦，收取租金以支付屯番薪资。知府随后便将二社土地公告由汉人承租开垦。公告贴出后，陈大用马上出面承租开垦，并先代为还清部落积欠的薪资粮饷，表示若开垦成功，愿替二社永久缴纳租税，且若有剩余稻谷亦将作为部落居民粮食。随后，陈大用又向知府陈情，若开垦成功的土地很肥沃，将报请官府将开垦完的土地收归管理，以借此充实税收。
嘉庆20年（1815年）台湾府知府允许并命令管辖机关彰化知县发给垦照，准予开垦水沙连的水里社和埔里社。陈大用得到开垦执照后，将之转交郭百年。郭百年于是招募一千多个壮丁和农人入山开垦；首先在水沙连土牛红线外社仔(今南投县水里乡车埕、明潭、新兴村等村)地区私自开垦原住民土地三百多甲，再由社仔跨越（内山）界限进入水里社（今鱼池乡水社村、日月潭地区）开垦土地四百多甲，而后深入沈鹿社（今鱼池乡新城村、中明村），用泥土修筑围墙，再开垦土地五百多甲；当地居民自知势力不足，只好任其开垦。
开垦完沈鹿社和水里社之后，郭百年计划前进埔里社（今埔里镇一带）开垦；于是他先伪装成政府高级官员，并率领体格强壮的佃人进入埔里社，随后筑一土城为指挥所，再把用黄色布料缝成的旗帜插在土城上面，便开始开垦土地。当时住在埔里盆地的埔里社人数众多，是水沙连地区势力最强大的部落；他们坚守领土坚持不让对方开垦。双方在今茄苳脚覆鼎金一带对峙一个多月，汉人眼见无法透过武力取胜，便派人到埔里社要求谈和，并借故欺骗部落居民献出鹿茸作为撤退之条件。当地居民信以为真，于是集合壮丁到山中打猎。随后，郭百年等人便趁部落壮丁离开，闯进部落恣意焚烧杀戮，老弱妇孺无一幸免。汉人因此获得已串上鼻环的驯牛数百头和尚未串上鼻环的野牛数百头、稻谷数百石、还有许多居民的生活器物。并因听说部落族人会以器物陪葬，便把部落里一百多座坟墓全部开挖；每个坟墓大都有一刀一枪，总共得到两百多把刀枪，使得残存居民更无武器用以抵抗。又因已获埔里社的土地，围筑十三座土造城堡和一座木栅碉堡，招来更多的汉人开垦，打算永久居住。埔里社的壮丁打猎归来后眼见无力挽回，携带残余老弱妇孺依附泰雅族的眉社，迁至眉溪旁赤崁台地居住。
在郭百年等众人刚入埔里社与部落居民对峙时，台南府城的的总兵和台湾道员就已听闻消息，并派人前去查证。但查证之人亦已被郭百年等人收买，因此都回报表示只是当地居民和深山里的原住民互相攻击，而因部落居民不擅耕种，以致粮食短缺，所以招募汉人前来替其耕田，并以米粮作为交换，由于部落人丁稀少，无法独自抗敌，因此依靠汉人协助，所以被杀害者都是山里来的原住民。总兵和道台信以为真，不再追究。
直到1816年（嘉庆二十一年）冬武隆阿北巡时调查此事，才知详细情况，并决定严格追究，命令彰化知县吴性诚承办处理。于是吴性诚便通知在埔里社开垦的众人，请他们自动离开，而以郭百年为首的垦户们却仗恃著拥有台湾知府的批准，不愿遵命离开。知府方面也有人帮郭百年辩解表示埔里社中开垦者众多，开垦花费庞大，而且田园皆已垦成，若把这些垦佃赶出，恐会引发抗争而发生民变。随后，吴性诚上奏总兵和道台：“埔里社的地理位置已近内山没有归化的原住民聚落，路径非常复杂，到处都是森林，一旦批准开垦，汉人将会大量涌进，人群聚集越多，恐怕一些不肖份子也会趁机混入，如果这些人发动叛变，山区到处可供躲藏，要将之消灭将非常困难；而且现在汉人在埔里社开垦的土地是原住民打猎的猎场，就算是开垦后明确定立界限，有些贪心的垦户，日子一久势必会越界盗垦，而原住民虽不太聪明，但却非常凶悍，假如他们被逼到没有地方可以栖身，一定会铤而走险，发生无法抑止的冲突，不如乘着汉人垦佃尚未深入埔里社番地，将他们全数驱逐出境，才可以消除上述的灾难。”
总兵和道台于是命令鹿港同知张仪盛、彰化知县吴性诚、吕志恒到沈鹿社拆毁汉人佃农所围筑的土墙，并将水里社、埔里社的汉人垦户全数驱离水沙连原住民的生活范围，但是，汉人一开始还是不愿撤离，于是镇道命令台湾府知府撤还郭百年等人的开垦申请。嘉庆二十二年（1817年）六月，总兵传唤郭百年等与事件相关者到郡城一起接受讯问；并将郭百年逮捕，戴上枷锁，施以杖打；其他人被释放。此外，官府也同时在水沙连南北两路的入口竖立禁碑，分别为乌溪龟沟的“原作生番厉，不造汉民巢”及集集的“严禁不容奸入，再入者斩”，禁止汉人再度进入水沙连地区。后来，水里社、埔里社的原住民才开始能回到自己原本的部落，但是埔里社从此衰败。
水沙连二十四社原住民的势力从此大幅衰落；社仔社因形势所迫并入头社，而猫兰社亦并入水里社；至于埔里社族人经浩劫死伤惨重，势力衰退，再也无力抗拒埔里盆地北面泰雅族的攻击，于是透过日月潭水社邵族居中协调，招请西部平原的平埔族群进入埔里开垦以同居共守，造成西部各平埔族聚落的集体大规模迁徙，但亦使原有部落逐渐消失。
