麻豆水堀头遗址，为台南市麻豆区的一处考古遗址，是从前倒风内海的麻豆港，作为糖的出口与米谷的集散地，位于蔴豆古港文化园区内。1942年，民俗学者国分直一在〈麻豆的历史〉一文中指出在此地发现巴图形石器。2002年，中央研究院在此进行考古试掘计划；2008年，进行考古挖掘，确认大湖文化层之存在。
麻豆水堀头在过去为重要的聚落，也是西拉雅族蔴豆社聚落的范围。麻豆港约建于1687年左右，而港口在1755年淤塞，19世纪晚期成为当地住民倾倒生活与建筑废弃物的场域，在遗址出土的三合土建构为麻豆港的遗迹，为清领初期之文化遗留。并留有乾隆乙亥年（乾隆二十年，1755年）由国学生吴仕光等人立的水堀头桥碑。
1956年，麻豆当地曾展开大规模挖掘。据吴新荣《震瀛采访录》记载，当时为南鲲鯓代天府五王爷指示该地为“龙喉穴”，因此引起信徒挖掘。当时挖出十二个大石车、巨樟、碗片等。:158-160引起台南县文献会关注，台南县文献会编纂组长吴新荣与卢嘉兴等人推测这些石车为当时的水利工程。:164-167
2003年，水堀头遗址被列为台南县定古迹。
2006年，依《文化资产保存法》第40条（2016年修法后为第46条）公告为考古遗址。
2008年，政府再次委托中研院刘益昌进行“麻豆水堀头遗址考古调查发掘研究计划”，清理原凤池周遭之古码头区域，并进行古航道区地层探勘。并于2008年6月整建为“蔴豆古港文化园区”。
2010年，台南县市合并后，成为直辖市定考古遗址。
清代铜钱、新石器时代晚期青铜箭头、种子、装水果的大货篓、后期民众放入凤池的神像、透明水晶球等，还有一匹保存完整的马匹骨骸。部分出土文物展示于同在蔴豆古港文化园区的倒风内海故事馆内。
