软件系统（software system）是一个以软件中并联的组件形成的系统，是电脑的一部分（另外一部分则为硬件）。软件系统“包括了许多独立的程序、设置程序的配置文件、描述系统结构的软件文档, 以及说明使用方式的使用说明书。”
“软件系统”所指的和计算机程序或软件不同。计算机程序一般是指执行特定用途的一连串指令（源代码）或目标代码。但软件系统是更笼统的概念，其中包括更多的组件，例如规格、测试结果、终端用户文件、维护记录等。
“软件系统”一词使用的时间和系统理论（英语：systems theory）应用在软件工程中的时间点相当。软件系统包括了许多个别的计算机程序，以及相关的配置文件、说明书等，一起运作成为系统。此一概念是用来研究大而复杂的软件的，因为其关注在软件的主要组件以及其交互。也和软件架构的领域有关。
软件系统是软件工程中的活跃领域之一，也是系统工程的活跃领域像是《系统与软件期刊（英语：Journal of Systems and Software）》（由爱思唯尔发行）等学术期刊特别着重此一主题
ACM软件系统奖是每年颁发的奖项，奖励“发展在概念的贡献上或是在商业接受度上，有持续影响力的系统”的个人或是组织。计算机协会从1983年开始颁发此一奖项，也有由IBM赞助的奖金。
软件系统包括软件开发、软件开发工具及系统软件，不过有时不太容易分类。软件系统的例子有操作系统、电脑预约系统、航空交通管制系统、军事控制系统、电信网络、内容管理系统、数据库、专家系统及嵌入式系统等。
