女同性恋、男同性恋、双性恋和跨性别人士（LGBT）的权益在马来西亚境内不受马来西亚法律保障。《马来西亚刑法》阐明男性同性性行为为违法和违反自然规律的，但女性同性性行为不受法律约束。受限于《1976年婚姻和行为法》（Laws of Malaysia Act 164 - Law Reform (Marriage and Divorce) Act 1976），同性婚姻和同性伴侣关系不受官方承认。马来西亚也不允许同性伴侣收养继子女、联合收养、公开服役、男同性恋情侣商业代孕、女同性恋试管婴儿和男男性接触人群（MSM）献血。马来西亚也是59个针对联合国性倾向与性别认同议题签署2008年反对女同性恋、男同性恋和双性恋者权益的声明的国家之一。
《马来西亚联邦宪法》保障所有公民的言论、集会和新闻自由，因此马来西亚成为全球少有的穆斯林居多国家中对境内有关LGBT的集会、言论、新闻报道和出版物允以放行的国家，但因其保守的社会风气，LGBT权益依旧常被反对或忽视。
2018年10月，在泰国曼谷一间大学的课堂上, 马来西亚首相马哈迪·莫哈末指出马来西亚不会复制西方国家对于LGBT权益的态度，表示这些国家忽视传统家庭及婚姻价值，这些价值在马来西亚是优良的。
马来西亚曾为英国殖民地，其《刑法》源自同样被英国统治的印度。原本的第377条将任何与其他人或动物进行的“非自然”性交媾行为视为违法；另一条文为第377A条，其将男性之间的“严重猥亵”（gross indecency）视为有罪。独立后的马来亚联合邦和后来的马来西亚继续采用英美法系作为其法律体系至今，很大的程度上继承了许多英国所留下来的刑法，而现今的英国早已将这套法律废除。
马来西亚是一个以穆斯林居多的国家，受伊斯兰教和前英殖民文化的影响，同性恋权利不被法律保障和社会承认。
《马来西亚刑法》第377A条文中明定口交和肛交属违反自然性行为，可在第377B条文下被判刑。
第377B条文则列明违反第377A条文者将会被处以二至二十年徒刑和鞭刑。
伊斯兰法律仅适用于国内的穆斯林。依据《马来西亚联邦宪法》，伊斯兰法律属各州政府管辖范围。因此，各州立法议会可各自修订适用于该州的伊斯兰法律。马来西亚所有13个州和3个联邦直辖区的伊斯兰法律皆明文规定穆斯林涉及同性性行为皆属违法行为。
2013年皮尤研究中心的一项问卷调查报告显示，9％的马来西亚人认为同性恋应该被社会所接受，86％的人认为不应该，其余的5%则保持中立。该报告同时指出，马来西亚50岁以上的人士比年轻人更容易接受同性恋，其中50岁以上的调查者中有11％认为应该接受，30到49岁的调查者中有10%接受，而18到29岁的调查者中只有7%能够接受。
