纳粹大屠杀期间，斯洛伐克在1942年和1944至1945年分两波驱逐绝大多数犹太人。1942年，18746名犹太人分18批运到奥斯威辛集中营，另外3.9至4万分38批运到马伊达内克与索比堡灭绝营，以及波兰总督府卢布林地区的众多隔都。全年驱逐的犹太人总数达57628名，仅数百人返回。1944至1945年，1.35万犹太人逐至奥斯威辛集中营，另有少数运往萨克森豪森、拉文斯布吕克、贝尔根-贝尔森和泰雷辛施塔特集中营。两波驱逐共导致斯洛伐克境内6.7至8.9万犹太人死亡。
1938年9月《慕尼黑协定》签署后，斯洛伐克陷入政治危机。保守的斯洛伐克人民党抱持族裔民族主义立场，单方面在捷克斯洛伐克宣布实施斯洛伐克自治。斯洛伐克1940年约有8.9万犹太人，他们很快沦为迫害目标。1938年11月，斯洛伐克把7500名一贫如洗或没有公民身份的犹太人逐往匈牙利边境。数月后这些犹太人获许返回，但斯洛伐克不过是为1942年的行动热身。
1939年3月14日，斯洛伐克国在德国支持下宣告独立。大批犹太人在亚利安化（Aryanization）期间失去工作和财产，许多人一贫如洗并引发社会问题，斯洛伐克政府为“解决”问题决定驱逐失业犹太人。斯洛伐克与纳粹德国达成初步协议，把两万工作年龄的犹太人逐至德占波兰，并按每人五百帝国马克支付“重新安置费”。这只是驱逐所有犹太人的第一步，失去劳动力的犹太人家庭经济情况必然进一步恶化。
纳粹德国一直努力落实尽可能多杀犹太人的“最终解决方案”。1939年，德占波兰的卢布林地区划为“犹太人保留地”。1942年，纳粹德国和斯洛伐克都把犹太人赶到这里。党卫队1941年下半年开始制订“莱茵哈德行动”，把卢布林的犹太人遣送贝乌热茨、索比堡、特雷布林卡灭绝营，为斯洛伐克和德国的犹太人腾出位置。
德国和斯洛伐克政府1942年2月批准代号“大卫行动”（Aktion David）的初步驱逐计划，把七千名16至35岁犹太单身女子逐至奥斯威辛集中营、1.3万16至45岁单身男子赶到马伊达内克灭绝营充当强制劳工。党卫队官员兼“犹太人顾问”（Judenberater）迪特·威斯利西尼（Dieter Wisliceny）与斯洛伐克官员向驱逐人群承诺妥善安排，经过一段时间就让他们回家。许多犹太人起初觉得主动上报接受驱逐总比全家面临报复强，在驱逐令下还是有三千女子拒绝从命，逃避手段如假结婚、投奔亲戚、或是其他民族友人临时把她们藏起来。赫林卡卫队（Hlinka Guard）想方设法达成目标，但此次驱逐的一共只有3800名女子和4500名男子。斯洛伐克妇女是奥斯威辛集中营首批犯人，拉开“纳粹大屠杀历史新篇章”。犯人抵达后，奥斯威辛集中营开始转变成灭绝营。
斯洛伐克中央经济办事处下属第14处组织运输，斯洛伐克交通部提供运送牲畜的列车。赫林卡卫队、志愿党卫队（Freiwillige Schutzstaffel）、宪兵负责围捕犹太人、守卫运输中转站，直到把犹太人装进拥挤的牲畜列车。经过计算和编排，列车在清晨4点28分抵达恰德察附近的斯洛伐克边境。上午8点半，兹瓦尔东（Zwardoń）的赫林卡卫队把列车移交德国保护警察（Schutzpolizei），当天下午列车抵达奥斯威辛，次日早上开到马伊达内克。
首辆列车1942年3月25日晚上八点从波普拉德出发，威斯利西尼列车开动前在站台向驱逐的犹太人声称，完成德国准备的工作后他们就能回家。这些人对前途命运一无所知，心里尽量保持乐观。据幸存者回忆，前两辆开往奥斯威辛的女子列车还有人唱起希伯来语和斯洛伐克语歌曲。1942年前两辆列车运到奥斯威辛的女子比较年青和健壮，幸存人数多于之后。东斯洛伐克大部分犹太人属哈雷迪教派，结婚年龄偏早，故大部分驱逐女子更年轻，大部分不超过21岁。布拉迪斯拉发的犹太女子婚龄略迟，驱逐者平均年龄更大，但也有四成不超过21岁。
1942年4月10日，党卫队高官莱因哈德·海德里希到访布拉迪斯拉发，与沃伊捷赫·图卡（Vojtech Tuka）一致同意今后的驱逐以家庭为目标，彻底清除斯洛伐克的犹太人。新手段表面上是防止家人分离，同时解决照顾儿童与老人的问题。4月11日，斯洛伐克开始把一个个家庭运往卢布林地区，此举扰乱党卫队在卢布林的计划。党卫队原计划把身强力壮的斯洛伐克犹太男子运到马伊达内克灭绝营，但却不得不在已经人满为患的卢布林地区隔都腾出位置，容纳列车带来的无数家庭。无论装载人数还是列车长度，斯洛伐克的列车都超过其他向卢布林地区运送犹太人的列车。
列车经过纳文丘夫和卢布林的铁路分配站，两站均有党卫队高官驻守。列车经过卢布林时通常会把身体健壮的男子选出送到马伊达内克灭绝营劳作，其他人则送到铁路沿线隔都。列车经过纳文丘夫后，犹太人运到强制劳役点，大部分无需和家人分开。列车把共计三万受害者运到隔都，原有居民已在不久前逐往贝乌热茨或索比堡灭绝营，这种用外来犹太人取代谋杀受害者的政策人称“旋转门”。最后一批开往卢布林地区的牲畜列车在1942年6月上半月抵达，十辆列车在马伊达内克短暂停留，健壮的男子（基本是15至50岁）选为劳工，其他人继续开往索比堡，绝大多数难逃一死。
为防逃跑，目标仅在四小时前获知驱逐消息，殴打、强制剃须，甚至彻底搜查没收隐藏贵重物品的行径屡见不鲜。部分犹太人靠贿赂警卫和地方官员逃脱一次，但大多都会装上下一列列车，还有人利用手中权力强奸犹太妇女。犹太人只能携带50公斤个人物品，但也经常被盗。部分犹太人拥有免于驱逐的官方豁免，但仍有些遭地方当局驱逐。
大部分犹太人在卢布林地区隔都短暂停留就被逐往灭绝营，仅少数能在隔都生活数月到数年。成千上万的犹太人运到波尼亚托瓦、孔斯科沃拉、克里奇夫（Krychów）等强制劳役营。出人意料的是，受害者抵达卢布林地区后很快与留在斯洛伐克的犹太人取得联糸，许多人设法救援。随着时间的推迟，斯洛伐克犹太人和波兰犹太人的最终命运严格保密，“密封在‘莱茵哈德行动’框架内”。直接运到马伊达内克的男子估计有8500人，1943年7月仅883人存活，卢布林地区隔都清理后又有数千斯洛伐克犹太人运到马伊达内克，绝大多数马上被害。马伊达内克灭绝营在“丰收节行动”期间枪杀剩下的斯洛伐克犹太人，卢布林地区只有登布林－伊雷娜德国空军营的约百名斯洛伐克犹太人残留。
东线战事促使德国和斯洛伐克当局暂停向东运送犹太人，此后共计八辆满载犹太家庭的列车直接开往奥斯威辛。首辆列车7月4日抵达，车上人员与后来者一样首先经过筛选，大部分犹太人、特别是带着孩子的妇女送毒气室，不会选作劳力。8月1日，没有豁免的犹太人要么已经驱逐，要么逃往匈牙利，列车运输暂停六周，九到十月另有三辆列车开往奥斯威辛。
三月首批斯洛伐克犹太妇女抵达奥斯维辛，此后三个月她们都是集中营仅有的犹太女犯人。八月中旬，大部分斯洛伐克犹太妇女送到奥斯维辛。此时集中营还在建设，情况远不及建成后，犯人主要从事室外劳动，大部分妇女在抵达比克瑙集中营后四个月内死亡。除繁重的体力劳动和饥饿外，许多人死于斑疹伤寒、疟疾、甚至党卫队为遏制疫情下令的大规模处决，其中1942年10月单为控制斑疹伤寒疫情就杀害六千人，其中大部分是斯洛伐克犹太妇女，死者不乏身体健康的犯人。经过12月5日的筛选，比克瑙的斯洛伐克犹太妇女基本消失。6月19日登记的404人仅六周后就只剩45人，九成二的驱逐者在1942年结束前丧生，奥斯维辛及其附属营仅存五到六百斯洛伐克犹太人，其中约半数爬上行政特权职位，能拿到生存必需品。
1942年3月25日至10月20日，斯洛伐克共驱逐约5.77万犹太人，占总数三分之二。从斯洛伐克出发的63批次列车是弗朗茨·诺瓦克（Franz Novak）安排。犹太人的经济条件、住在农村还是城市、信奉的教派对驱逐与否影响很大：东斯洛伐克的泽普林与萨里斯地区犹太人口减少八成五到九成，驱逐告一段落后日利纳还有近半数犹太人留存。犹太人驱逐前，短暂关在斯洛伐克的集中营，其中日利纳26384人、帕特龙卡7500人、波普拉德7000人、斯利德4160或4463人，诺瓦基四至五千人。18批次列车把18746人运到奥斯威辛，38批次携带3.9到4万人开往卢布林地区的隔都、集中营、灭绝营。仅数百人（有说250或800人）活到战争结束。捷克历史学家丹尼尔·普蒂克（Daniel Putík）估计1942年遣送奥斯威辛的犹太人存活率仅1.5个百分点，逐往卢布林地区的基本全部丧生。
1943年，德国与斯洛伐克人民党激进派企图恢复大屠杀运输，但因斯洛伐克温和派反对没有成行，犹太人得到两年时间喘息。
斯洛伐克游击队（Slovak Partisans）活动日趋频繁，导致德国于1944年8月29日悍然入侵，游击队发动全面起义回应。叛军占领中斯洛伐克大范围地区，但还是在十月结束前战败。为驱逐和杀害斯洛伐克境内残留的约2.5万犹太人，党卫队成立H别动队（Einsatzgruppe H），党卫队斯洛伐克国土安全卫队（SS-Heimatschutz Slowakei）、第218防御小组（Abwehrgruppe 218）、赫林卡卫队应急部队（Pohotovostné oddiely Hlinkovej gardy）等斯洛伐克地方部队协助。1942年免遭驱逐的犹太人大多住在西斯洛伐克，德军入侵后逃往山区。
据斯洛伐克历史学家伊万·卡梅内克（Ivan Kamenec）估算，驱逐的1.35万犹太人，死亡约一万，以色列历史学家吉拉·法特兰（Gila Fatran）、捷克历史学家伦卡·辛德拉诺娃（Lenka Šindelářová）认为足以验证的驱逐人数就有14150人，真实人数可能更高。至少6734、最多7936人运到奥斯威辛，五千送往拉文斯布吕克、萨克森豪森、贝尔根-贝尔森、泰雷辛施塔特。共1600名妇女与儿童（犹太人为主），478名男子（除犹太人外不乏罗姆人和政治反对派）遣送拉文斯布吕克。约1550至1750名男子（犹太人为主）逐往萨克森豪森，约两三百人从斯利德运到贝尔根-贝尔森，主要针对异族通婚的犹太人和保持完整的犹太家庭。1454至1467名犹太人逐至泰雷辛施塔特，其中以老人、孤儿、带着孤童的妇女为主。1945年1月19日至3月31日，约两三百名斯洛伐克政治犯运到毛特豪森。关押在德国纳粹集中营的犯人许多转送附属营，大部分在军工行业做工。斯利德开出的四辆列车在营地筛选，车厢分别送往萨克森豪森、贝尔根-贝尔森、拉文斯布吕克、泰雷辛施塔特。纳粹销毁大部分文献，致使大量运输细节已不可考，历史学家只能靠幸存者讲述还原。
估计约有一万驱逐人士死亡，九至十月开往奥斯威辛的列车经过筛选，大部分犯人马上送入毒气室，所以这些列车死亡率最高。运往德国集中营的列车死亡率约二成五到半数，逐至泰雷辛施塔特隔都的存活率达到九成八。萨克森豪森、拉文斯布吕克、贝尔根-贝尔森集中营为总体战需要强迫囚犯劳动，无法工作的不论种族或宗教信仰都会被杀，死亡率居高不下，还有不少人死于死亡行军。斯洛伐克境内遇害的犹太人在数百到两千范围，1945年3至4月迎来苏联红军解救的约10850人。
