特别警报是日本气象厅于2013年8月30日新设立的气象警报种类。当气象厅预测天气现象将达到五十年一遇程度，或评估将可能会发生重大灾难，并且成为严重灾害的几率非常高的时候，将发布此项特别警报。要发布这种特别警报，有甚高的标准，一旦发布，依法气象厅有透过各种管道告知民众的义务，各个都、道、府、县的自治体政府单位也应该视情况撤离民众。
现时特别警报针对天气现象、海啸、火山爆发以及地震等现象，若预估将成为致命灾害的话就会发布。而天气现象再细分成六种，包括“大雨”、“大雪”、“暴风”、“暴风雪”、“波浪”及“高潮”。由于在2011年东日本大震灾中，气象厅发布了大海啸警报，但是仍然造成民众重大伤亡的结果，气象厅痛定思痛，研拟将当时的只分成两级的“警报”、“注意报”等预警系统，再加上一层最高级的“特别警报”，希望藉细分灾害规模、提高用词上的强度，来提醒民众，及早做好因应措施。
在实务的使用上，“特别警报”前面冠以可能发生灾害种类的名字。鉴于发出此项警报的意义非同小可，各项天气现象要达到发出此种警报的标准，定义也非常严格。例如大雨特别警报，气象厅将全国土地分割为若干个边长五公里的方格子，如果电脑计算后发现一个都、道、府、县内有10个方格子以上的地区将出现五十年一度的强烈降雨，才能发出此种警报。海啸特别警报要预估达到三米以上才发布。地震特别警报则是预估震度6弱以上发出。火山喷发的特别警报是气象厅判断火山喷发的可能性，已经达到当地居民要开始避难的程度才发布。
实务应用上，以台风以及温带低气压所引起的各项特别警报为例，当迫近日本本土的低压，中心气压低于930hpa或中心风力高于每秒50米时，就会考虑发出包括大雨、暴风、波浪、暴潮等等的特别警报。而常常有台风吹袭的奄美、冲绳县、小笠原群岛标准更高，台风中心气压必须低于910帕斯卡或近中心最大风速大于每秒60米，才会考虑发出。。
由于特别警报发布的对象原则上以整个都道府县为原则，发出的标准又很高，因此也曾造成一些局部地区明明出现强烈降雨，却没有达到气象厅的标准，而引发人命伤亡的事件。例如2013年10月15至16日，东京都所属离岛伊豆大岛因为台风第26号（韦帕）逼近，激发有史以来最强烈的降雨纪录（时雨量122.5mm、单日总雨量824mm），但却因为降雨面积只局限于这个岛，并没有广达整个东京都里面、前述计算方法的10个方格子，而且一旦发布这种警报，则整个东京都皆会被包含在内，因此没办法对这个岛发布大雨特别警报，结果稍晚大雨引发大规模泥石流，岛上有高达36位居民不幸死亡、22人轻重伤，还有3人失踪。在这个事件之后，在不改动相关法律的状况下，气象厅也寻求在警报中特别加注某个地区将有豪大雨的妥协做法。
特别警报于2013年8月30日设立，而首次导致需要发出的特别警报为台风万宜，首次不是因为热带气旋影响发出警报是在2014年9月11日对北海道发出的大雨特别警报。
是为首次直接受台风本身影响而发出的特别警报。
注释:
根据日本气象厅的标准，达到喷火警戒4级以上即为特别警报，相关地区的民众需要立即避难。
特别警报设立以来暂未发布过大海啸警报。
以下报文是日本气象厅在2014年7月7日，18时10分针对宫古岛地区发出的特别警报例文。
冲绳县宫古岛地区特别警报发布报道发布资料平成26年7月7日18时10分日本气象厅
*下面的内容是附加警报。（目前，一般特别警报没有本小节。）
----卫星图片和天气图----
----路径图----
----今后防灾的警惕事项（量级预测）----
暴风
巨浪
高潮
暴雨（至8日17时）
猛烈阵风或龙卷风
----警戒消息----
----链接----
