纳粹集中营
转移营
比利时：布伦东克堡垒 · 梅赫伦转移营
法国：居尔集中营 · 德朗西集中营
意大利：波尔查诺转移营
荷兰：阿默斯福特集中营 · 韦斯特博克转移营
挪威：法斯塔德集中营
部门
手法
犹太区起义
纳粹大屠杀（德语：Holocaust；希伯来语：השואה，Shoah；意第绪语：חורבן，Hurban）又称犹太人大屠杀，指的是纳粹德国及其协作国对近600万犹太人进行的种族灭绝行动。当时欧洲共有近900万犹太人，其中近三分之二被害，包括近150万儿童。一些学者称大屠杀亦当涵盖近500万非犹太遇难者，由此总受害人数将达到近1,100万人。屠杀发生于纳粹德国、德占欧洲地区及纳粹德国盟国所控区域。
1941年至1945年，纳粹对欧洲诸种族及政治群体展开迫害，犹太人遭到广泛系统性屠杀，其规模为史上最大。。在纳粹党领导及党卫队协调之下，德国所有政府部门均参与了大屠杀的相关事宜。其他受害的非犹太群体包括波兰人、其他斯拉夫人、苏联平民及苏联战俘、罗姆人、共产党人、同性恋者、共济会成员、耶和华见证人及身心障碍者。德国与德国占领区有近42,500个设施用于集中关押受害者，将其作为奴隶劳工使用，对其进行屠杀或其他反人权活动。参与执行大屠杀的总人数估计超过200,000人。
迫害与屠杀分阶段进行，最终发展为“犹太人问题的最终解决方案”，对欧洲犹太人进行集体灭绝。最初德国政府通过法案（如《1935年纽伦堡法案》）以将犹太人自社会中排除出去。1933年起纳粹开始建立一系列集中营，而在1939年第二次世界大战爆发后开始建立犹太区。1941年，德国占领苏联在东欧的大片领土，开始广泛获取新领土，别动队在这些区域屠杀了近两百万犹太人、游击队员及其他群体，手段普遍为大规模射杀。至1942年年末，受害者普遍乘火车前往灭绝营，若能在旅途中幸存，则将于毒气室中遭系统性杀害。这一状况一直持续至1945年4月至5月欧洲战场尾声阶段。
犹太武装抵抗运动规模相对有限。最大规模的抵抗运动为1943年的华沙犹太区起义，数千武装贫乏的犹太人抵御武装党卫队时间长达四周。在东欧，约20,000至30,000犹太游击队员同纳粹德国、其傀儡政权及轴心国盟国展开斗争。法国犹太人加入法国抵抗运动行列，对纳粹及维希法国政权开展游击战。战争期间犹太武装起义超过一百次。
证据显示希特勒知晓并下达了对犹太人的屠杀命令。根据阿道夫·艾希曼、海因里希·希姆莱和约瑟夫·戈培尔等人的陈述，希特勒本人策划了对犹太人的大屠杀；而希特勒本人的陈述也显示了他打算屠光犹太人的意图。
中文圈外大屠杀“Holocaust”一词源自希腊文“Holókauston”（燔祭），指将动物作为祭品献给神灵，意为动物的“全部”（olos）被“烧毁”（kaustos）。英语中以“Holocaust”代指大屠杀已逾数百年。在二战之前，“Holocaust”曾被丘吉尔用来指代一战期间奥斯曼帝国对亚美尼亚的大屠杀。1933年，这一词语被用于形容纳粹的焚书行径，此为这一词语首度用于形容纳粹。自1960年代起，该词转而被学者及流行作家用来特指纳粹对犹太人的种族灭绝行为。1978年后，电视连续剧“Holocaust”将该词在大众中普及开来。
圣经词汇“Shoah”（希伯来语：שואה，或Sho'ah、Shoa）意为“浩劫”，并早在1940年代成为希伯来文中成为大屠杀的同义词，特别是在欧洲和以色列。“Shoah”被犹太人引用是出于许多原因，神学中“holocaust”一词含有贬义，同时该词特指希腊当地的习俗。意第绪语中称为“חורבן”（Churben 或 Hurban），源自希伯来语，原意是指耶路撒冷神庙的毁灭。纳粹屠杀的幸存者称大屠杀为“der letster khurbn”（最近一次的毁灭），意即此次屠杀不过是犹太历史中最近一次的苦难。
纳粹使用委婉语“犹太人问题最终解决方案”来描述该种族灭绝政策，并使用“不配活着的生命”（Lebensunwertes Leben）来代指受害人，并以此来证明自己行为的正当性。
迈克·贝伦鲍姆（德语：Michael Berenbaum）写道：“德国变成了一个‘种族灭绝之国’。……国家所有复杂的机构都参与了屠杀。牧区教堂和内政部提供出生记录、告发犹太人；邮局寄送放逐令和剥夺国籍令；财政部没收犹太人财产；德国公司解雇犹太工人、终止犹太股权；大学拒绝录取犹太学生、否定犹太文凭、解雇犹太院士；政府交通官员准备去往集中营的火车；德国药厂测试毒药；公司为火葬场竞标；遇害人明细则使用德国IBM公司制造的打孔机，提供了屠杀的详细资料；当犯人进入死亡营时，他们被迫缴纳所有个人财物；德国国家银行协助将从受害者那里盗取的财产透过秘密账户来洗钱……在这些加害者的眼中，《犹太人问题最终解决方案》是德国的一个伟大成就。”
历史学者扫罗·弗里德兰德（德语：Saul Friedländer）写道：“整个德国和欧洲没有一个社会群体、宗教组织、学术组织或专业协会表示出自己对犹太人的支持。”他写道，一些基督教堂称“皈依”的犹太人也应该被划入这一群体，但在一些程度上被限制。弗里德兰德称这些都使得大屠杀富有独特的性质，因为其反犹政策被实施时，没有遇到任何干预，如在现代社会中工业组织、小微企业、宗教团体或其他利益集团、游说组织的抗议。
其它的种族灭绝主义是实用性的，即占领土地，控制资源。以色列历史学家耶胡达·巴尔（德语：Yehuda Bauer）称：
大屠杀的基本动机是纯粹的意识形态，植根于纳粹的幻想世界，即犹太人密谋控制世界，反对雅利安的征途。这样的屠杀行动是完完全全来自神话、幻想、抽象、非实用性的意识形态，是空前绝后的——而它的执行却是十分理性，十分实用主义的。
德国历史学家埃伯哈德·杰克尔（德语：Eberhard Jäckel）在1986年写道了大屠杀的独特性质：
从来没有一个有责任心的国家领袖使用其权威，来决定并宣布某个特定人群，包括所有年龄段、妇女、儿童、婴儿，都应该被迅速地清除掉，并使用了整个国家一切可能的力量来执行这种暴行。
这种屠杀在超过35个德控制区被系统化地执行，1939年中东欧有700万犹太人，其中500万犹太人在那里被屠杀，其中包括波兰占领区的300万，以及苏联的100万人。数以万计的犹太人死在了荷兰、法国、比利时、南斯拉夫、希腊。万湖会议召开是为了谋求最终解决方案，纳粹在此试图将屠杀扩散到英国，以及其它中立国家，如爱尔兰、瑞典、土耳其、葡萄牙、西班牙。
有三到四个犹太裔祖父母的人都被杀无赦。在其它种族灭绝政策中，人们可以通过改宗或同化来躲过一劫。这对于犹太人来说不适用，除非他们的祖父母在德意志第二帝国建立之日（1871年1月18日）前放弃犹太教。所有有近期犹太亲属的人，都会在纳粹的控制区遇害。
使用毒气室、进行系统化的种族灭绝行动是大屠杀的一个特征，这是在历史上空前绝后的。从来没有一个地方如此地公开地进行大肆处决。这些灭绝营包括奥斯威辛集中营、海乌姆诺灭绝营、贝尔赛克灭绝营、 马伊达内克灭绝营、索比堡灭绝营、特雷布林卡灭绝营、玛丽·特罗斯特内兹灭绝营、亚塞诺瓦茨集中营。
纳粹屠杀的另一大特点大量使用人类作为“医学”实验品。劳尔·海尔堡（Raul Hilberg）的文献指出“就纳粹党员人数来说，德国医生较之其它专业更加高度纳粹化。”他们在奥斯维辛集中营、达豪集中营、布痕瓦尔德集中营、拉文斯布吕克集中营、萨克森豪森集中营等地进行人体实验。
最为臭名昭著的是奥斯维辛集中营的约瑟夫·门格勒医生。他将实验对象放入压力室，在他们身上做药物实验、冷冻实验，通过向儿童眼睛里注射化学品以改变其颜色，以及其它各种截肢等手术。他所做的一切已经不可能被全部知晓，因为档案被送往威廉皇家学院，后被奥特玛·冯·维斯彻尔（Otmar von Verschuer）医生销毁。幸存者在之后讲述了相关的噩运。
他在罗姆儿童身上进行了大量的实验。通过给孩子们糖果和玩具，他将孩子们带到毒气室里。孩子们会叫他“门格勒叔叔”。维拉·亚历山大是奥斯维辛集中营的囚徒，负责照料50对罗姆双胞胎，他回忆道：
我记得一对特别的双胞胎：吉多和艾娜，大概四岁。一天，门格勒将他们带走。当孩子们回来时，情况十分恐怖：俩人背靠背地被缝在了一起，好像连体双胞胎那样。伤口出现感染，不停地流脓。孩子们昼夜哭喊。他们的母亲——我记得她名叫斯特拉——给孩子们注射了吗啡，以便帮他们了结痛苦。
耶胡达·巴尔、劳尔·海尔堡、路西·达维多维奇（英语：Lucy Dawidowicz）认为自中世纪以来，德国社会和文化就充斥着反犹主义，而纳粹死亡营与中世纪少数族群迫害有意识形态上的直接联系。包括马丁路德也是反犹主义的推手。
十九世纪下半叶，休斯顿·斯图尔特·张伯伦和保罗·迪·拉加尔德（德语：Paul de Lagarde）在德国和奥匈帝国推动了民族主义（Völkisch）运动。这个运动使用了一种伪科学，即使用从生物学角度出发，将犹太人视为与雅利安民族征服世界的对头。 民族主义运动袭承了基督教反犹观点，但不同的是，后者将犹太教视为一种宗教，而民族主义运动则将犹太人视为一个民族。
1895，在德意志帝国议会前，民族主义领袖赫尔曼·艾尔沃特（德语：Hermann Ahlwardt）称犹太人是“掠食者、霍乱杆菌，出于德国人民的利益应该清除他们。”1912年，泛德意志联盟领袖海因里希·克拉斯（德语：Heinrich Claß）在他的畅销书《如果我是皇上》（Wenn ich der Kaiser wär）中呼吁应取消所有德裔犹太人的国籍，将其打回外侨（Fremdenrecht）身份。克拉斯同时呼吁，犹太人应该排除在一切德国生活之外，不许拥有土地、担任公职、或从事新闻、金融、自由职业等工作。克拉斯将犹太人定义为任何在1871年德意志帝国成立之日皈依犹太教的人，或是有一个犹太祖父母的人。
在德意志帝国，民族主义及其种族主义的伪科学十分普遍，被受到良好教育的专业阶层广泛接受，特别是在民族不平等的意识形态上得到认可。虽然，民族主义党在1912年的议会选举时遭到失败，但反犹主义被所有主流政党所袭承。1920年，作为民族主义运动的衍生派系——纳粹党成立了，并将他们的反犹主义传承了下来。就一战后德国的局势，德国历史学家汉斯·莫姆森（德语：Hans Mommsen）在1986年的稿件中写到：
十九世纪末、二十世纪初期，德国的科学技术迅猛发展，加之国家福利的不断提升，乌托邦就要实现的气氛在社会上广为流传。于此同时，种族主义、社会达尔文主义、人种改良世界观宣称一些人种在生理上优于另一些人种。历史学家迪特列夫·克特（德语：Detlev Peukert）称“浩劫”不单单是源自于反犹主义，而是一种“激进的累积”，是“许许多多小支流”汇集成为“大江”，并最终导致种族的灭绝行动。在一战后，战前的乐观主义让位给了幻灭，即德国官方发现许多社会问题无法解决，不得不强调留存生理上“优良”的种族，让另一些“低劣”的灭绝。
大萧条所带来的经济问题使得许多德国医疗机构鼓吹以安乐死让那些生理与心理上“无可救药”的人先死去，用省下来的钱来救济尚存希望的患者。在1933年纳粹政府上台时，德国社会也出现了相对应的政策：拯救“有价值的”种族，消灭“可憎的”社会渣滓。
希特勒将自己对犹太人的仇恨进行了公开化。在他的著作《我的奋斗》中，他预示了自己的打算：将犹太人从德国政治、学术、文化等领域驱逐出去。他没有提到自己要屠杀他们，但据报道称希特勒在私底下将自己的企图表现的更加赤裸。早在1922年，据说他与当时担任记者的前少校军官——约瑟夫·黑尔（Joseph Hell）谈及自己的观点：
莫姆森称在德国有三种类型的反犹主义：
在德国，另一种反犹保守势力是罗马天主教，它的冷漠导致教徒们对不断升级的大迫害无动于衷。天主教最著名的抗议是针对安乐死的，而就大屠杀而言他们竟然一声不吭。
第三种，也是最残忍的反犹主义是所谓的民族主义反犹运动，或种族主义；它强烈鼓吹使用暴力。不管怎样，人们必须注意，甚至是在1938-1939年间，希特勒都一直通过使用移民的方式来排斥德国犹太人；此时，并没有出现明确的屠杀概念。然而，这并不意味着纳粹在其它地方吝惜下狠手，侵犯犹太人、犹太商铺、机构，这些都是明摆着的。然而，直到战争打响的第二年，正式的屠杀活动才浮出水面。这是“预留”计划失败之后跟进的。当然，这并不代表上述方案没有包含致命因素。
自第三帝国诞生之日起，纳粹领袖们就鼓吹创立一种“民族共同体”制度，后来纳粹政权将国民分成两大类，一类是“民族同志”（Volksgenossen），属于民族共同体的一分子；另一类是“社会异类”（Gemeinschaftsfremde），他们不是民族共同体的成员。纳粹将打压对象分为三类：一种是“种族”敌人，如犹太人、吉卜赛人，他们因为“血统”的关系被视为敌人；政治上的异议分子，如马克思主义，自由主义者，基督徒和反动派，他们被视为叛逆的“民族同志”；道德堕落分子，如同性恋、懒汉、惯犯等，也被列为叛逆的“民族同志”当中。后两部分人被送进集中营进行“再教育”，以将其最终转化为民族共同体的成员。有许多道德堕落分子被视为“基因低级”而不得不接受绝育。
根据定义来讲，“种族”敌人如犹太人永不可归入民族共同体当中；他们必须完全从社会中清除出去。德国历史学家克特写道纳粹党的“目标是建立乌托邦式的民族共同体，进行全方位的警视监督，所有试图反抗的行为，或类似的迹象、意图，都将受到残酷的打击。”克特引用了1944年《社会异类办法》（Treatment of Community Aliens）中的一些资料，揭示了纳粹的些许社会政策：“公民…表明自己的努力无法达到国家社会的最低要求的话，将会被置于警视监督之下，如果这样都不能奏效的话，就把他们送入集中营。”
在1933年3月的帝国议会选举当中，纳粹强化了对敌手的暴力措施。他们与地方当局一道设立法外集中营，关押异议人士。1933年3月9日，达豪集中营率先上线。集中营最初是用来关押共产党人和社会民主党人用的。其它的早期监狱——如冲锋队和党卫队的地下室、仓库——在1934年中期被加固，在城外改建成营地，由党卫队集中管理。这些营地最初是用来清除那些不愿服从民族共同体的德国恐怖分子用的。这些被送入营地的包括“可教育”的分子，即可能被归入“民族同志”的人，和“生理堕落”的人，后者将处以绝育，并被永久关押；之后，营地多采取苦役，即不停地劳动，直至疲劳倒地为止。
整个1930年代，犹太人在法律、经济、社会权益上都受到了越来越多的限制。以色列历史学家弗里德兰德写道，在纳粹看来，德国的力量来自“血统的纯正和神圣的德国土地。”1933年4月1日，一个次全国反犹集会进行抵制犹太商货运动，原计划持续一周，但由于缺乏大众支持，进行了一天后就不了了之。1933年，一系列包涵雅利安人字眼的法案被通过，将犹太人从关键职位上排除出去：如第三帝国的第一道反犹主义法案——《专业行政工作恢复法案（德语：Gesetz zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums）》以及《医师法》（Physcians' Law）、禁止犹太人拥有农庄，或从事农业工作《农业法》（Farm Law）等。
犹太律师也被停职，在德累斯顿，犹太律师和法官被拖出办公室，并被殴打。在前总统保罗·冯·兴登堡的要求之下，希特勒颁布特令，准许一次大战的犹太裔老兵、或有父子服役过的公务员留在其职位上。希特勒在1937年取消了这项特令。根据《预防学校人数过多法案》（Law to Prevent Overcrowding in Schools），犹太人被学校和大学开除，不能参加新闻报社协会，拥有报社，或成为报社编辑。
在1933年7月，《遗传疾病后裔防治法（德语：Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses）》强迫对“劣种人”进行生理绝育。这种优生政策催生了200多个“遗传健康法庭（德语：Erbgesundheitsgericht）”，有超过400,000人被迫绝育。
1935年，希特勒颁布了《纽伦堡法案》，其中的《德国血统和荣誉保护法》（Gesetz zum Schutze des deutschen Blutes und der deutschen Ehre）即禁止犹太人与“雅利安人”结婚或发生性行为，剥夺犹太人的德国国籍和国民基本权利。就“血统法案”而言，希特勒解释称其“试图通过法律途径解决这一问题，如果失败的话就将问题交由纳粹党，启用最终解决方案。”“最终解决方案”是纳粹对屠杀犹太人的委婉语。1939年1月，他在公开演说中称：“如果犹太人在欧洲内外的跨国金融再次得逞，将国家拖入另一场世界大战的话，那么结果将不是全球的布尔什维克化或是犹太人的胜利，而是他们在欧洲的灭绝之日。”该演讲被1940年的纳粹宣传电影《永远的犹太人（德语：Der ewige Jude）》引用，其目的是提供一个从欧洲清除犹太人的理性蓝图。
最早逃离纳粹迫害的是犹太人中的知识分子，如哲学家瓦尔特·本雅明于1933年3月18日逃到巴黎、小说家利翁·福伊希特万格则去了瑞典、指挥家布鲁诺·瓦尔特也被警告若于柏林爱乐乐团演出，该建筑将会被纵火，因此4月6日的《法兰克福报》报导了瓦尔特和他的同事奥托·克伦佩勒被迫流亡的讯息，写述民众的情绪已经被“犹太艺术清算者”所挑起，而政府也无法保护他们的安全科学家阿尔伯特·爱因斯坦也被威廉皇家学院和普鲁士科学院开除，国籍也被取消，他于1933年1月30日访问美国，后再前往比利时奥斯滕德，从此也再无踏上德国领土，他称这些迫害事件是“集体性的神经病”。当德国于1938年吞并奥地利时，西格蒙德·弗洛伊德和他的家人从维也纳流亡英国。扫罗·弗里德兰德写道当普鲁士艺术学院的荣誉主席马克斯·利贝曼辞职时，没有一位同事表示出一丝的同情，两年后，当他去世时，依然在亡命天涯。1943年，当警察抬着担架来到他85岁、卧床不起的遗孀那里时，后者通过服用过量的巴比妥酸盐来一眠不醒，以免被他们带走。
又名“碎玻璃之夜”（The "Night of Broken Glass"）。
1938年11月7日，犹太青年赫歇尔·格林斯潘（德语：Herschel Grünspan）在巴黎暗杀了德国外交官恩斯特·冯·拉特。这起事件成了纳粹政府用来跳脱针对以法律迫害犹太人的范围，将其升级为大规模物理性冲突的借口。其所声称的“公愤”实际上也是纳粹政府在背后煽动、由冲锋队执行的一波迫害行动，范围包括德国、奥地利、苏台德区。这些迫害行动被称之为“水晶之夜”（The "Night of Broken Glass，意为碎玻璃之夜，指被打破的犹太商店橱窗玻璃有如水晶）或“十一月迫害”。犹太人遭到袭击，他们的财产被洗劫，超过7,000个商铺和1,668座犹太教堂（几乎是德国境内的全部教堂）被扫荡。
官方公布的死亡人数为91人，事实上应该远高于此。30,000人被送往集中营，包括达豪集中营、萨克森豪森集中营、布痕瓦尔德集中营、奥拉宁堡集中营，他们被关押数周后被释放，前提是答应在近期离开德国，或将财产上交纳粹党。1938年11月11日，纳粹政府通过了《犹太人持有武器禁令》（Verordnung gegen der Waffenbesitz der Juden），禁止犹太人持有枪支或其武器。犹太人被集体要求赔偿迫害所造成的财物损失，价值将近几十万德国马克，并要缴纳超过十亿马克的“赎罪税”。在这一轮迫害之后，犹太出境移民加速，而在德国的犹太公共生活不复存在。
在战争打响之前，纳粹考虑过将徳裔犹太人从欧洲驱逐出去。希特勒曾于1938年同意了将数以千计的犹太人赶出德国的“沙赫特计划”（Schacht），标志了在当时德国政府还未进行系统化的屠杀行动。
有的计划试图将犹太人送往前德国殖民地重新安置，如坦噶尼喀、西南非，以便帮助收复因《凡尔赛条约》而失去的这些地区。然而这一计划被希特勒否决，他表示绝不能让“沾有德国英魂鲜血的土地被德国最大的敌人所玷污。”另外还有其它外交策略尝试将犹太人送往其它地区，如前英法殖民地。几个被考虑过的地点包括英属巴勒斯坦、罗德西亚、埃塞俄比亚、法属马达加斯加、澳大利亚等地。
在上述地区中，马达加斯加的讨论最为激烈。莱因哈德·海德里希称这项“马达加斯加计划”是“地域性的最终解决方案”，该地位置偏远、岛上的环境恶劣，容易导致死亡。 1938年，计划被希特勒批准，重新安置计划由阿道夫·艾希曼的部门进行执行，并于1941年大屠杀开始时终止。回头看来，虽然计划最终不了了之，但它却为大屠杀在心理上铺垫了道路。1942年2月10日，“马达加斯加计划”被宣布废止。德国外交部的官方解释是由于与苏联的战争爆发，犹太人将会被“送往东方”。
纳粹政府还有提出一些另类方案，如将欧洲犹太人转送到西伯利亚地区。在纳粹的重新安置计划中，巴勒斯坦是唯一一个有了显著成果的地区。1933年，德国犹太人复国主义联盟（德语：Die Zionistische Vereinigung für Deutschland）与纳粹政府达成了《哈瓦拉协定（德语：Ha'avara-Abkommen）》，60,000名徳裔犹太人将从德国送往巴勒斯坦，并得到了一亿美元的转移款项，然而此计划因二战爆发而不了了之。
纳粹德国于1939年入侵波兰，几世纪以来，波兰处处都有犹太人居住，在德军入侵当时约200万人，占人口总数的9%左右，这加强了德国解决“犹太人问题”的急迫性。
海德里希建议将主要城市中所有波兰裔犹太人送入隔离区，让他们为德国军工服苦役。隔离区处在城市铁路交汇处，海德里希表示这将更容易控制（犹太人），并（方便）之后将他们处理掉。艾希曼后来在1961年被以色列法庭问询时，他表示之后的“处理”就是“物理性的屠杀”。
9月，希姆莱任命海德里希为党卫队国家安全部的部长。这个部门有七个机构组成，包括党卫军保安处和盖世太保。他们负责监督党卫队在波兰的工作，并执行海因里希报告中处置犹太人的方案。第一次有组织的屠杀为“坦能堡行动”，由自卫团（德语：Selbstschutz）执行。犹太人之后被赶入遍布于波兰总督府的中心地带隔离区，由弗里茨·绍克尔管理的帝国劳动部监督服苦役。数以千计的人因虐待、疾病、饥饿、精疲力尽而倒毙，但至此仍没有出现系统化屠杀项目。但毋庸置疑的是，纳粹将服苦役作为了一种灭绝方式，甚至有了专有名词——“死于苦役”（Vernichtung durch Arbeit）特指此事。
很明显，到1941年时，党卫队领导层已经决意要着手制定政策来屠杀所有德军占领区内的犹太人。在当时，纳粹统治内部对此仍有反对声音，而该反对声音是出于经济上的考虑，而非出于人道考量，如身兼空军总司令和经济部长的赫尔曼·戈林元帅即是主要的反对者之一，当时他负责统筹德国的所有军工事务与经济部门，认为在德军入侵苏联前，波兰总督府内数量庞大的犹太劳工（超过100万壮劳力）弥足珍贵，浪费可惜。
1940年，德国占领了丹麦、挪威、荷兰、卢森堡、比利时、法国；1941年，德国及其盟友又控制了南斯拉夫、希腊。反犹主义被输送到这些国家中，并根据当地政治局势的不同而在程度和节奏上有所不同。犹太人被迫离开经济和文化生活，并受到各种苛刻律令的压制，但在1942年之前，大规模的物理驱逐还没有开始。德国的傀儡政权维希法国积极配合对法裔犹太人的迫害。德国的盟友意大利、匈牙利、罗马尼亚、保加利亚、芬兰也受到相应压力，被迫制定反犹政策，但在绝大多数情况下，直到被催促时才啰嗦执行。意大利及匈牙利政府亦将他们国境内的犹太人送往德国的集中营，罗马尼亚则在苏德战争时期在敖德萨屠杀了大量犹太人（1941年敖德萨大屠杀），而保加利亚及芬兰则没有迫害反而将犹太人保护。在战争中，有900名犹太人、300罗姆人从贝尔格莱德的班吉卡（Banjica）集中营逃离，这主要是由塞尔维亚共产党人、保皇党人和其它抵抗运动者组织的。德国及意大利的傀儡政权克罗地亚则积极自发地迫害犹太人，并与1941年10月10日颁布了《将犹太财产和公司国有化法令》。
1939年9月28日，德国以《苏德互不侵犯条约》和苏联达成协议，控制了波兰卢布林地区以及瓜分了立陶宛，之后根据“尼斯科计划（德语：Nisko-Plan）”建立了卢布林保留地。保留地由阿道夫·艾希曼设计，后者负责将德国、奥地利、波希米亚和摩拉维亚保护国等地区的犹太人驱除干净。三周后的1939年10月18日，他们将第一位犹太人送往卢布林地区。第一列满载犹太人的火车从奥地利、波希米亚和摩拉维亚保护国驶出，到1940年1月30日，总计有78,000名犹太人从德国、奥地利、捷克斯洛伐克转送到卢布林。1940年2月12和13日，波希米亚犹太人被送至卢布林保留地，使得波西米亚地方官弗朗茨·许威德-科堡（德语：Franz Schwede-Coburg）首先宣布他的省份“没有犹太人了（英语：Judenfrei）”。1940年3月24日，戈林暂停了“尼斯科计划”，并在4月底将其完全放弃。在尼斯科计划被终止时，总计有95,000犹太人被送往尼斯科，其中有很大一部分人在中途因饥饿而死。
1940年7月，维持波兰总督府庞大的人群变得越来越困难，希特勒暂时叫停了安置计划。
1940年10月，地方官（德语：Gauleiters）约瑟夫·布克尔（德语：Josef Bürckel）和罗伯特·海因里希·瓦格纳（德语：Robert Heinrich Wagner）督办了“布克尔行动”（Operation Bürckel），将犹太人从他们的省份和被帝国兼并的阿尔萨斯-洛林地区赶入尚有余地的法国。只有混血的犹太人没有被驱逐。1940年10月22-23日晚，有6,500名犹太人被布克尔行动驱逐，并仅仅给予了至多两小时的警示时间，就被押解起来。9辆满载犹太人的列车在“没有对法国官方有任何告知”的情况下长驱直入，后者对此怏怏接受。被安置人员不得携带任何物品，财物则全被德国官方没收。德国外交部长约阿希姆·冯·里宾特洛甫则将维希政府的抗议以“最为拖拉的方式”进行处理。结果，被布克尔行动驱逐的犹太人被维希政府拘禁在环境恶劣的居尔（Gurs）收容所、里韦萨尔特营、米勒斯营，等待机会返回德国。
1940到1941年间，在德控波兰地区对犹太人的屠杀行动不断，将犹太人向波兰总督府的输送持续。德国，特别是柏林地区的犹太人清除工作直到1943年才完全告终（在此期间，许多犹太人可以通过躲避来苟延）。到1939年12月，总计有350万犹太人被送入拥挤的波兰总督府地区。
第三帝国于成立之初即创建了集中营。起初，集中营只用于关押犯人，尽管死亡率高达50％，但并非专用于屠杀。1939年后，集中营越来越多地处死犹太人、战俘，或让其苦役、不给饭吃、虐待等等。据估算，德国在欧洲占领地建立起约15,000座集中营。，直至1942年，德国仅在波兰境内就建立了6所专司大规模屠杀的大型集中营。新集中营主要关押犹太人、波兰知识分子、共产党人、罗姆人、辛特人。这些囚犯通过铁路运送，其恶劣的环境导致许多人还没到目的地就一命呜呼。
苦役是一种系统化的灭绝政策——囚犯会被处以苦役、劳动致死，或是竭力工作后，被送往毒气室或枪决。奴隶们会被用于军工制造，如在米特堡-朵拉集中营（英语：Mittelbau-Dora）生产V-2火箭，或是茅特豪森－古森集中营生产其它武器。
进入时，一些集中营为囚犯印制臂章。劳力的工作时间表为12-14小时轮替制。有时，囚犯们的点名就需要几个小时，导致许多人暴晒致死。
在入侵波兰后，纳粹设立了犹太隔离区，囚禁犹太人和一些罗姆人，并最终将他们送往灭绝营。1939年9月29日，海德里希在给别动队头子的信中命令建立委员会。每个隔离区由一个犹太委员会（Judenrat）管理，德方任命犹太社区领袖，后者负责隔离区的日常运转，包括分发食物、水、取暖、设立庇护所等。委员会的基本策略是将损失最小化，与纳粹合作，接受日益残酷的虐待，恳求更好和更仁慈的待遇。委员会被要求安排人员，将他们送到灭绝营去，因此，在制定下一批离去的人员列表时，每一位犹太委员会成员都面临着勇气与品质的考验。犹太委员会成员尝试了拖延、贿赂、阻挠、求情、辩论等各种方式，直到逼不得已为止。有的如哈伊姆·卢特考斯基（英语：Chaim Rumkowski）认为他们的责任是拯救“能够”被救援的犹太人，这也意味着有部分人也将不得不被牺牲掉；反之，也有信仰迈蒙尼德思想的犹太人坚持除非有犹太人犯了重罪，否则一个人也不交出去。举例来说，利沃夫的犹太委员会领袖约瑟夫·帕尔纳斯（英语：Joseph Parnas）博士拒绝为纳粹编订名单，结果被后者所枪决。1942年10月14日，别廖扎的犹太委员会拒绝与纳粹合作，全体成员自尽而亡。
德方利用委员会的重要作用来对隔离区犹太人进行迫害的杀戮：一位官员强调“犹太委员会的权威必须在任何情况下得到支持和强化”，“任何服从委员会指令的犹太人都被视为破坏者。”当双方合作破裂，如华沙隔离区的犹太抵抗组织取代了委员会的地位时，德国对局势失去了控制。
华沙隔离区是最大的隔离区，有约380,000人；罗兹隔离区位列第二，有约160,000人。在现实中，隔离区人满为患，迈克·贝伦鲍姆将其形容为“缓慢、被动的谋杀”工具。虽然华沙隔离区的人口占波兰首都总人口的30%，但它在面积上只占城市的2.4%，也就是说平均每个房间里住9.2人。在1940到1942年间，饥饿与疾病，特别是伤寒夺取了数以成百上千人的生命。1941年，有43,000人在华沙隔离区丧命，比例超过十分之一；1942年，有超过一半的人在特莱西恩施塔特集中营死亡。1942年7月19日，希姆莱开始下驱逐令，三天后的7月22日，驱逐从华沙隔离区开始；在之后的52天、到12月12日为止，有300,000乘坐火车离开华沙，前往特雷布林卡灭绝营。很多隔离区一下子变为空城。1942年12月，波兰东南方的拉克瓦（英语：Łachwa Ghetto）发生了首次的隔离区武装起义。1943年时又有几个规模稍大的隔离区也出现了类似的武装起义，例如华沙和比亚韦斯托克隔离区，但犹太人的抵抗很快地就被拥有压倒性优势的纳粹军队所镇压，幸存者不是被处决就是被送进灭绝营中。
二战中，一系列对犹太人的迫害在当地出现，有的受到了纳粹的煽动，有的则是自发形成的。例如1941年6月30在罗马尼亚的雅西爆发了大规模反犹迫害行动，约有14,000名犹太人被罗马尼亚居民和警察打死。1941年7月，波兰耶德瓦布内境内的波兰人在德方秩序警察的目睹下将300名犹太人关入谷仓、放火烧死，此前该地也另有40名犹太人被德国人处死。这些事件经过由波兰国家纪念学院（英语：Institute of National Remembrance）于2000至2003年透过考古学家和人类学家对遗骸的发掘考证而得知，也因此推翻了早期遇难者估计人数较多的传闻。
1941年6月，纳粹德国进攻苏联，屠杀犹太人的行动进入了新阶段。在德军占领立陶宛后，大屠杀的规模加剧了。在年终前，立陶宛全国近80%的犹太人被杀害，约有220,000人罹难。苏联领土在1942年早期被侵占，包括白俄罗斯、爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛、乌克兰、以及列宁格勒-莫斯科-罗斯托夫以西的俄罗斯。这当中有约300万名犹太人，其中包括在1939年逃离波兰的人。
一些苏联被占领土上的当地居民对屠杀号召做了积极响应。在立陶宛、拉脱维亚、和西乌克兰，当地居民从德国人一道积极参与对犹太人的屠杀活动。 拉脱维亚人阿拉沙·科曼多是一个协助人员的例子。在南方，乌克兰人杀死了约24,000名犹太人。另外，拉脱维亚人和立陶宛人从他们自己的国家出去，跑到白俄罗斯那里杀当地的犹太人。乌克兰总督辖区则建立集中营，为波兰提供屠杀场所。克罗地亚独立国的法西斯组织——“乌斯塔沙”也积极执行迫害和屠杀，但归根到底是德国人组织和引导这些当地人参与大屠杀活动的。
很多大屠杀在公共场所进行，这与以往相比有所不同。目击证人称这些屠杀活动包含了当地人的参与。别动队的屠杀活动常常以反游击队、打击土匪为理由，但德国历史学家安德烈亚斯·黑尔格鲁伯（德语：Andreas Hillgruber）认为这不过是德军的借口，这些在俄罗斯发生的事情完全符合“战争罪”和“反人类罪”的标准。黑尔格鲁伯坚持屠杀220万手无寸铁的男人、妇女、儿童的种族主义意识形态毫无道理可言，而德国将军们称别动队在打击游击队的托词根本是在撒谎。
德国国防军与党卫队在反游击队和反犹太人的工作中彼此密切合作。在1941年中期，党卫队骑兵旅赫尔曼·菲格莱因在“反游击队”普里皮亚季沼泽地杀死了699名红军士兵，1,100名游击队员和14,178名犹太人。在行动前，菲格莱因命令将所有犹太成年人枪决，尔后将妇女而儿童赶入沼泽地。在行动后，指挥德国中央集团军后卫部队的马克斯·冯·许恩克多夫（德语：Max von Schenckendorff）将军在1941年8月10日命令所有德国国防军后卫部队在反游击队的任务上效法菲格莱因，并于1941年9月24-26日与党卫队一道在莫吉廖夫组织了联合演习，研究杀死犹太人的最佳方案。演习的结果是警卫营第7连在一个叫金沙萨（Knjashizy）的小村子射杀了32名犹太人，军官们对此美名其曰称这是从人群中“筛查”游击队的方式。第322营的战争日记上这样写道：
根据他们在莫吉廖夫演习中学到的东西，一位德国国防军长官告诉他的部下：“有游击队的地方就有犹太人，有犹太人的地方就有游击队”。在1941年11月24日的第24号令当中，第707师师长称：
德国历史学家尤尔根·福斯特（德语：Jürgen Förster (Historiker)）是德国国防军战争犯罪方面的专家，他认为德国国防军在大屠杀上起了重要作用，并将罪过全部归结到党卫队上，因此将德国国防军视为被动的、不情愿的旁观者是错误的。海尔堡则认为别动队的指挥官们都是普通人，而绝大多数动手的是专业人士，有的甚至是知识分子。他们倾尽所学的一切技能，成为了高效的杀手。
在苏联占领地的大规模屠犹任务由党卫队的别动队来完成，由海德里希统一指挥。1939年的波兰屠杀尚存局限，但如今却在规模上有所升级。别动队A队负责波罗的海地区，B队负责白俄罗斯，C队负责乌克兰北部和中部，D队负责摩尔多瓦、南乌克兰克里米亚，并在1942年负责高加索地区。
奥托·奥伦多夫（德语：Otto Ohlendorf）在审判庭上称：“别动队的任务是保护军队后防，屠杀犹太人、吉卜赛人、共产党人以及其它会对安全产生威胁的人员。”实际上，被害人基本上全是手无寸铁的犹太平民(在整个行动中，别动队连一个队员都没有牺牲)。到1941年12月，四分队给出的成绩分别是125,000人、45,000人、75,000人、55,000人——总计为300,000人——主要方式是在城镇外执行枪决或扔手榴弹。1942年4月6日是逾越节的第二天，别动队在乌克兰皮里亚京屠杀了1,600名犹太人。
在苏联占领地上最为臭名昭著的是基辅外的“娘子谷大屠杀”，在1941年9月29-30日的单次行动中就有33,771名犹太人丧命。军政府长官少将弗里德里克·埃伯哈特（德语：Friedrich Eberhardt），南方集团军麾下的警察部队总司令——弗里德里克·耶克尔恩（德语：Friedrich Jeckeln）和别动队C队司令奥托·拉斯彻（德语：Otto Rasch）决意要消灭基辅内全部的犹太人。由党卫队、保安处和乌克兰当地警方执行杀戮。虽然第六集团军没有直接参与，但他们在将基辅犹太人赶出城镇，送入娘子谷上起了关键作用。
周一，基辅的犹太人聚集在公墓，准备登上火车。由于人群庞大，大多数的男人、妇女、儿童都没有来得及知道怎么回事，就听到机枪响起，无处可逃。人们被一群士兵驱逐，然后被射杀。一位卡车司机描述道：
1941年，希姆莱在明斯克目睹了100名犹太人在城镇外的沟内被射杀，他的副手卡尔·沃尔夫（德语：Karl Wolff）在日记中写道：“希姆莱的脸色变青。一块儿脑浆溅到他的脸上，他拿出手绢将脑浆擦掉，然后呕吐不止。”心情平复后，他向党卫队员训话，称执行任务时必须遵守“纳粹党的最高道德准则”。
从1939年12月起，使用毒气作为屠杀的新方式。起初，毒气罐被装置成筒形，放入密闭的货车中，用以处决疗养院中的精神病人。作为T-4行动的一部分，它被广泛用于波美拉尼亚、东普鲁士、波兰占领区等地。在萨克森豪森集中营，能处决多达100人的大毒气车在1941年11月被使用，设备为发动机排气装置而不是筒形。这些毒气车在1941年12月被切姆诺灭绝营采用，其它15个则被别动队用在了苏联占领地上。这些毒气车由党卫队生产，并由党卫队国家安全部监督使用。毒气车杀死了约500,000人，主要是犹太人、罗姆人和其它种族。这些毒气车被细心地监控着，在一个月的观察后，报告指出：“三辆车被使用了97,000次，没有出现一点故障。”。
波兰总督府的汉斯·法郎克表示需要研发更加新型有效的屠杀工具，而不是简简单单对这些人执行枪决。“我们应该更进一步，设计一些办法来处决他们。” 这个问题时的党卫队实验出大规模毒气屠杀方式。克里斯蒂安·沃思（Christian Wirth）可能是毒气室的发明人。
1942年1月20日，莱因哈德·海德里希在柏林郊区万湖主持了万湖会议，有15名纳粹领袖，把包括一些国务秘书、政府高官、纳粹党领袖、党卫队官员以及其它制定与犹太人政策相关的政府部位领导人。会议最初的目的是讨论“欧洲犹太人问题”的彻底解决方案。海德里希有意“在各个不同的占领地区规划出大规模屠杀. . . 作为希特勒下达的解决欧洲犹太人问题的答复……为了确保执行，必须让部委层级官僚知晓，并使其共同承担执行这项政策的责任。”
艾希曼所作的备忘录副本被留存了下来，然而海德里希的指示是以“委婉语”的风格写成，因此会议上的真实用语无从知晓。海德里希在会议上的意见表明将把犹太人转送至东方，代替之前的对外移民政策。这项政策不过是最终解决方案之前的一个临时计划，涵盖了1100万名犹太人，范围不但包括德国，而且包括了世界上的其它主要国家，如不列颠、美利坚。解决方案是毫无悬念的：“海德里希明确说明在‘最终方案’阶段，犹太人必须以苦役和大屠杀的方式全部歼灭。”
官方称犹太人在波兰总督府有230万人，匈牙利有8.5万人，其它国家有110万人，苏联500万人，但200万依然在未被控制的领土上。这样，总计为650万。他们将会用火车送至地处波兰的“灭绝营”，然后立即被送入毒气室。在一些营地，如奥斯维辛营，可以劳动的就先留下，然后再杀。戈林的代表，埃里希·诺依曼（德语：Erich Neumann (Staatssekretär)）博士则带走了一少部分人用于工业生产。
万湖公馆的饭厅，会议在此召开。1942年1月20日，15人在桌上讨论了“犹太人问题最终解决方案”，并认为这是帝国最佳、最高明的方案。
万湖会议备忘录副本。上面记录了欧洲各国犹太人数。
奥斯维辛集中营入口的“劳动带来自由”
奥斯维辛集中营二号火葬场的毒气室遗址。大屠杀学者罗伯特·简·冯·佩尔特（德语：Robert Jan van Pelt）称该地共杀害了500,000人，是全球人死最多的地方。
图为1943年1月寄给阿道夫·艾希曼的电报，报告称在1942年的“莱因哈特行动”中，四所营地处决了1,274,166名犹太人。
奥斯威辛集中营
伊恩·克肖（英语：Ian Kershaw）在他1983的著作——《第三帝国公众意见和政治异议》（Popular Opinion and Political Dissent in the Third Reich）一书中探讨了巴伐利亚纳粹时期的“日常历史”（Alltagsgeschichte）。就巴伐利亚人的大多数态度来看，克肖认为最常见的态度是对犹太人的遭遇漠不关心。克肖称大多数巴伐利亚人只是模糊地知道“浩劫”的存在，较之“犹太人问题的最终解决方案”来说他们更关心正在进行的战争。克肖做了一个类比：“仇恨建造了通往奥斯维辛的路，但做铺垫的却是冷漠。”
克肖的观点是巴伐利亚人就“浩劫”来说是冷漠的，并暗示德国大众也同样如此。这一观点受到以色列历史学家、纳粹德国大众意见专家奥托·德芙·卡尔卡(Otto Dov Kulka)，和加拿大历史学迈克·凯特(Michael Kater)的批评。凯特坚持克肖淡化了公众的反犹情绪；纳粹德国时期，许多“自发的”反犹行动上演，是由于许多德国人参与的缘故，但将纳粹看成反犹主义的唯一源泉是错误的。卡尔卡称大多数德国人的反犹情结比克肖《第三帝国公众意见和政治异议》中描写的更加强烈，而不是简简单单的“冷漠”，“被动服从”可以说是在美化德国人了。
在研究犹太或德意志反纳粹统治问题上，德国历史学家克里斯托弗·迪珀（德语：Christof Dipper）在他1983的论文《德国抵抗运动和犹太人》（Der Deutsche Widerstand und die Juden）称绝大多数反纳粹民族保守主义者也是反犹主义。迪珀写到民族保守主义“官僚就法律上对排斥犹太人一直到1938年都坐视不理。”虽然迪珀注意到德国抵抗组织没有一个支持大屠杀，但他也提到民族保守主义者也没有打算在推翻希特勒后恢复犹太人的权益。迪珀继续辩称，反对派“中大部分德国人... 认为“犹太问题”存在，应该得到解决...”。
2012年的研究发现在柏林就有3,000个不同功能的集中营，在汉堡则有1,300个，研究员认为德国大众不可能对这种大事儿不可能不知道。罗伯特·盖拉特莱（英语：Robert Gellately）认为德国民众从总体上来讲是知情的。盖拉特莱称，政府通过媒体公开了他们的计划，民众也都了然，只有毒气室除外。与之相反的是历史证据显示绝大多数受害人在送入集中营之前，不知道等待他们的命运是什么，或是拒绝承认噩运；他们只是天真地认为自己不过是将被重新安置罢了。
德国历史学家汉斯·布海姆（德语：Hans Buchheim）搜集了法兰克福奥斯维辛审判的迫害见证人资料，在1965年写成论文《命令与服从》（Command and Compliance）。文章提到屠杀犹太人和其他人时，命令并没有添加胁迫，执行该命令的是出于自由意志。布海姆写道回避执行杀戮命令的机会“...不但随时出现，而且比人们所愿意承认的更加实际...”，并写道没有证据显示拒绝履行命令的党卫队员被拖入集中营或是被处决。不但如此，党卫队规章禁止“无端的虐待”，希姆勒要求他的手下保持“风度”，虐待被认为是行为人极端残忍，或是期望突出表现自己是个非常热心的纳粹党员。最后，他认为非犯罪倾向者施刑事因为他们愿意遵守团体价值，害怕被贴上“懦弱”的标签。
大屠杀历史学家克里斯托弗·布朗宁（德语：Christopher Browning）于1992著书《普通人：预备警卫营101营和波兰的最后解决方案》（Ordinary Men: Reserve Police Battalion 101 and the Final Solution in Poland），他在其中讨论了德国秩序警察预备营101营，该营负责将犹太人围捕，送往纳粹死亡营。预备营的服役者都是来自汉堡的中年男子，工人阶级出身。他们不适合执行军事任务，也没有在荼毒生灵上接受太多训练。司令员则为部下给出选择：如果他们觉得受不了的话，就可以不参加。绝大多数人没有拒绝——一个500人的营中只有15人选择退出。根据米尔格拉姆实验，布朗宁认为营队的士兵们之所以杀人，是因为服从权威和朋辈压力，而不是嗜血或是仇恨。该书的隐含意思是当环境是紧密团结的群体时，绝大多数人会服从权威，并被认为是合法的，虽然道德上感到令人憎恶——这一假说在米尔格拉姆实验中得到了详细研究。
俄国历史学家赛奇·库德里亚索夫（Sergei Kudryashov）对特拉维尼基（德语：Trawniki）党卫队集中营的守卫训练做了研究，后者负责为莱因哈德行动死亡营提供协助。一些特拉维尼基的守卫是红军战俘，他们自愿参加党卫队以脱离战俘营。克里斯托弗·布朗宁在《普通人》（Ordinary Men）一书中写道，检验那些与德军合作者（一般通称“志愿者”）的方式为态度上是否反共（当然也就等同是否反犹）。他们中绝大部分是乌克兰、拉脱维亚、立陶宛的“志愿协助者”（Hilfswillige），即非徳裔的德国军人。与布朗宁不同，库德里亚索夫则称他没有发现特拉维尼基志愿兵与反犹主义或纳粹主义有丝毫的联系，许多人在被俘虏前都是共产党人。虽然特拉维尼基守卫都没有特殊情结，但他们依然执行了党卫队虐犹的命令，而他们在虐犹上是“系统性的、没有理由的”。虽然不是所有人都参加了行刑活动，但为莱因哈德行动死亡营服役的绝大多数人都杀了不少犹太人。和布朗宁一样，库德亚斯绍夫辩称特拉维尼基人是普通人变刽子手的典型案例。
特拉维尼基人（Trawnikimänner）在所有主要灭绝营都有部署，负责协助“最终解决方案”——这也就是训练他们的初衷。在那里，他们都积极参与了迫害犹太人的活动。
）。乌斯塔沙投敌者出于政治、宗教或种族等缘故，制造了系统性的大规模屠杀。许多被害人是塞族人。
波斯尼亚人、克罗地亚人也是亚塞诺瓦茨集中营的牺牲品。美国大屠杀纪念馆这样写道：
美国大屠杀纪念馆和犹太虚拟图书馆（Jewish Virtual Library）报道称有约56,000-97,000人在亚塞诺瓦茨集中营被害。犹太大屠杀纪念馆（Yad Vashem）报道称有500,000名塞族人在乌斯塔沙手下以“恐怖暴虐的手段”被剥夺了生命。根据尼哈德·哈利贝格维克（Nihad Halilbegović）最近的研究《亚塞诺瓦茨集中营的波斯尼亚人》（），有至少103,000名波斯尼亚穆斯林死于纳粹和乌斯塔沙手下。根据研究，“死在塞族和克罗地亚同盟手下的波斯尼亚穆斯林人不计其数”，“很多受害人被算为罗姆人”以便提早将其送走。
排除意大利控制区的斯洛文尼亚人，有约20,000-25,000名斯洛文尼亚人被纳粹或法西斯者杀害。
虽然阿尔巴尼亚为意大利占领区，但依然与纳粹合作，其法西斯者对非阿尔巴尼亚人（主要是塞族人）大加迫害。绝大多数暴行由阿尔巴尼亚党卫队斯坎德培师（SS Skenderbeg Division）和鲍利·科姆贝塔（Balli Kombëtar）所为。有3,000-10,000名科索沃塞族人被阿尔巴尼亚人杀害，另有30,000-100,000人被流放。
苏联公民聚居区也遭到重创。苏联俄罗斯、白俄罗斯、乌克兰境内有成千上万的农民被德国部队杀死。博赫丹·维特维基（Bohdan Wytwycky）估算出大约有四分之一的苏联人死在了纳粹的手下。
1995年，俄国科学院报道称苏联公民在德军手下的受害人数（包括犹太人在内）总计为1370万人，这是德控区6800万人的20%。这包括740万被德国屠杀的和报复所致死的人。
在白俄罗斯，纳粹德国设立的奥斯兰总督辖区政权烧掉了约9,000个村庄，将约380,000人用做了苦役，杀死了成千上万的平民。有超过600村落，如卡廷（Khatyn），则将村庄和其中的所有人一并烧灭，有至少5,295个白俄罗斯定居点被纳粹摧毁，其中的平民则多少遇害。提姆·斯奈德（Tim Snyder）称：“1941年在苏联白俄罗斯定居的900万人中，160万人被德军在战场外屠杀，包括70万战俘、50万犹太人、32万被列为游击队的人（绝大多数是手无寸铁的平民）。”
迈克·贝伦鲍姆认为在1941年6月到1945年5月，有200-300万或57%的苏联战俘死于饥饿、虐待或是被处决；绝大多数在第一年被俘时被执行。根据丹尼尔·戈德哈根（Daniel Goldhagen）的估算，有大约280万苏联战俘在1941-41年间的8个月内离开，到1944年中旬，总计为350万人。美国犹太人大屠杀纪念馆估算出570万苏联战俘中的330万人死于德国人手下——不列颠和美国的战俘牺牲人数为231,000人中的8,300人。当苏联战俘需要帮助德国服奴役时，死亡比例下降；到1943年，50万人被用于苦工。
由于罗姆人和辛特人是基于口传历史而存在的独立人群，他们受迫害的经历在记录上不如其它种族清楚。耶胡达·鲍尔（Yehuda Bauer）写到记录不详可能源自对罗姆人的不信任，以及对他们的侮辱，因为在奥斯维辛的清洁和性接触冒犯了罗姆禁忌。鲍尔写到“大多数罗姆人无法将他们的故事与折磨联系起来；结果，保持沉默加重了心理创伤的效果。”
纳粹占领区的罗姆政策并不是统一的。有些地方（如卢森堡和波罗的海国家），纳粹会将罗姆人口全部灭除。在另一些地区（如丹麦和希腊），则没有罗姆人被屠杀的记录。
唐纳德·尼维克（Donald Niewyk）和法兰西斯·尼科西亚（Frances Nicosia）写到在纳粹控制的欧洲，100万罗姆人和辛特人中至少有130,000人被杀。迈克·贝伦鲍姆（Michael Berenbaum）写到严谨的考证得出的数据是在90,000到220,000人之间。美国大屠杀纪念馆高级历史学家西比尔·弥尔顿（Sybil Milton）的研究计算得出死亡人数至少为220,000人，可能接近500,000人，但这项研究排除了克罗地亚独立国，而后者对其的屠杀尺度可能极大。马丁·吉尔伯特（Martin Gilbert）估算出在欧洲700,000名罗姆人中大约有220,000人被杀。奥斯丁的德州大学罗姆研究及档案主任伊恩·汉考克（Ian Hancock）则倾向于大数字，在500,000到1,500,000人之间。汉考克写到，死亡人数“几乎肯定地超过了犹太死亡人数。”
在送往集中营之前，受害人被圈进了隔离区，包括华沙隔离区。在东方，成群的别动队袭击了罗姆营地，当场进行屠杀，并毁尸灭迹。其它傀儡政权也积极配合，如克罗地亚的乌斯塔沙政权在亚塞诺瓦茨集中营大肆屠杀罗姆人。大屠杀分析学家海伦·费恩（Helen Fein）称乌斯塔沙几乎灭绝了克罗地亚的所有罗姆人。
1942年5月，罗姆人被置于与犹太人同等待遇的劳动和社会法案下。1942年12月16日，纳粹屠杀的“设计师”党卫队司令海因里希·希姆莱下令“吉卜赛杂种（Gypsy Mischlinge）、罗姆人、巴尔干非德国后裔”需要被送往奥斯维辛，除非他们效忠国防军。1943年1月29日，另一法案命令将所有德裔罗姆人送往奥斯维辛。
1943年11月15日，希姆莱下令在德控苏区“‘定居的’和‘混血的’吉卜赛人被视为国家公民。‘游牧的’和‘混血的’吉卜赛人则与犹太人同等对待，送入集中营。”鲍尔称这个举动反映了纳粹对罗姆人的意识形态——雅利安人不能被罗姆血统所污染。
纳粹时期德国境内的黑人数量约在5,000-25,000之间，尚不清楚该统计是否包含了亚裔人。根据美国大屠杀纪念馆的记述：“1933年至1945年间纳粹德国和占领区黑人经历了隔离、迫害、医学实验、监禁、施以暴力及被杀害等各异的命运。然而，对他们并没有采取像犹太人及其他群体那般系统化的灭绝行动。”此外，阿非利卡人、柏柏尔人、伊朗人和印度人由于被视为雅利安人种，并未受到迫害。对突厥人、阿拉伯人和南亚人，种族限制有所放宽，他们有些亦被德军招募。
T4行动在1939年开始，意图是保持德意志基因的“纯洁性”，杀死或阉割有残疾的或患心理疾病的人。
在1939年到1941年，在心理医院中有80,000-100,000位心理疾病患者被处死、儿童5,000位；犹太人1,000位。在心理医院外，人数约为20,000位 （根据安乐死中心Schloss Hartheim的副主任格奥尔格·雷诺大夫（Dr. Georg Renno）报告）或400,000位（毛特豪森集中营司Frank Zeireis）。另有300,000人被强制绝育。从总数上来看，约有200,000位有心理疾病的患者被处死，而该数目在历史上并不受到重视。与物理残疾的人一样，患有侏儒症的人也被处死。很多人被关入笼子里展出，或是被纳粹拿来当做实验品使用。虽然没有受到正式的参与命令，精神病院和精神病医生在各个阶段都积极配合了这项暴行，以及之后的处理各种“不受欢迎的”人和犹太人。在德国天主教和新教的强烈抗议后，希特勒于1941年8月24日命令取消T4行动。
这项行动的名称来源于Tiergartenstraße 4，后者是柏林蒂尔加滕（Tiergarten）区一个小别墅的地址，是福利和照顾机构总部的所在地，由菲利普·鲍赫勒（Philipp Bouhler）和卡尔·勃兰特（Karl Brandt）领导，前者为希特勒的私人总理（Kanzlei des Führer der NSDAP），后者为希特勒的私人医生。
1946年12月，勃兰特与其它22人站在了纽伦堡审判的被告席上，这一案件被称之为《美国诉卡尔·勃兰特等人案》，或称《医生审判》（Doctors' Trial）。1948年6月2日，勃兰特在兰茨贝格监狱（Landsberg Prison）被执行绞刑。
德国共产党人、社会主义者和工会主义者是纳粹党人在德国国内最早的敌人，也是首批被送至集中营的群体之一。希特勒称共产主义是犹太人的学说，并将其称为“犹太布尔什维主义”。1933年，纳粹党以反对共产党颠覆的名义颁布了《授权法案》，该法案授予了希特勒独裁的权力。戈林在后来的纽伦堡审判中称，正是纳粹党压制德国共产党的意愿促成了兴登堡总统与德国精英阶层同纳粹合作。
德国左翼对纳粹党种族主义的反对是纳粹憎恨左翼的另一个缘由，德国左派组织的许多领导人是犹太人，犹太领袖在1919年的斯巴达克同盟起义中起到了关键作用。希特勒将马克思主义和布尔什维主义视为“国际犹太人”破坏“种族纯洁”及雅利安人和北欧人生存的一种手段，另外的原因是他们会激化社会阶级矛盾，组织工会反对政府及国有企业。在布痕瓦尔德集中营以及其他集中营中，德国共产党人相比犹太人享有更多特权，这是因为他们种族更加纯洁的缘故。
纳粹新占领区内的共产主义、社会主义、无政府主义者通常是首先被拘留或处决的人群，如希特勒著名的《政委命令》即是一例，他下令凡是被德军所俘虏的苏军政委以及德占区内所有的共产党员一律处决。别动队在东部战线负责执行这些处决。
1941年12月7日，希特勒还签署了《夜雾命令》，德军最高统帅部总长威廉·凯特尔予以下发执行，在纳粹占领区中诸多政治活动人士因此命令被绑架而下落不明。
在《我的奋斗》中，希特勒写道共济会已“屈从”于犹太人的掌控之下：“由共济会宣扬的民族自我保护和平主义论调，被犹太媒体宣传以麻痹大众。”1930年代中期前，纳粹德国并未将共济会视为严重的威胁。海德里希甚至建立了一个共济会博物馆，艾希曼早年在保安处期间曾于此研究这一被他视为“消失的仪式”。另外，希特勒在1938年4月27日颁布了一个声明，其中的第三条解除了前共济会员加入纳粹党的限制，条件是“只要申请人不是共济会会所的高级别成员”。希特勒始终将共济会视为一个阴谋组织，但其参与者并未受到如同犹太人那样的系统迫害。集中营中的共济会成员是以政治犯的身份被关入的，他们佩戴红色倒三角标志。
美国大屠杀纪念博物馆认为由于许多被捕的共济会成员也具有犹太人或政治反对派身份，尚不清楚有多少人仅因为其共济会成员的单一原因被送入纳粹集中营。苏格兰共济会总会所估计被处决的共济会成员约在 80,000 到 200,000 之间。
约12,000名耶和华见证人因拒绝宣誓效忠纳粹党或参军服役而被迫佩戴紫色三角形，他们被送至集中营，并给予他们放弃信仰、屈服国家权威的选择。约2500-5000名耶和华见证人被杀害。汉堡诺因加默集中营纪念馆主任、历史学家 Detlef Garbe 写道：“没有任何宗教运动能如此坚定一致地顶住压力，不屈从于国家社会主义。”
不列颠哥伦比亚省奥肯那根大学教授亚当·琼斯认为，自1994年卢旺达种族屠杀后，认为犹太人大屠杀具有独特性的观点已不再广泛流传。
1997年，《共产主义黑皮书》出版后引发了对苏联与纳粹罪行间进一步的比较。该书认为苏联和纳粹的罪行间并没有很大差异，只是纳粹的做法比苏联激进得多。在犹太大屠杀研究界中，诺曼·芬克尔斯坦写道大屠杀唯一性的观点最早出现于1967年的公开谈话中，但纳粹大屠杀学界并未接受这一观点。
美国波士顿大学的史蒂文·卡茨认为大屠杀是历史上唯一的一次种族灭绝行动，并认为“大屠杀”（Holocaust）一词专指“欧洲犹太人的苦难”，而不包括其他纳粹受害者。
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