第五舰队（日语：第五艦隊／だいごかんたい ?）是旧日本海军的一支舰队编制。1938年初，日本海军第一次组建第五舰队，1939年底改称第二遣支舰队。1941年年中，日本海军再次组建第五舰队，负责本土东部防卫。1945年初，第五舰队解散，残部编入第十方面舰队。
1938年（昭和13年）2月1日，日本海军为了增援中国方面舰队，决定组建第五舰队，司令长官为盐泽幸一（日语：塩沢幸一）海军中将。随着第五舰队的建立，中国方面舰队麾下拥有着三支舰队，分别为华北的第四舰队、华中的第三舰队以及华南的第五舰队。
1939年（昭和14年）11月15日，日本海军开始着手修改中国方面舰队。原有的第五舰队更名为第二遣支舰队，司令长官为高须四郎（日语：高須四郎）海军中将。第二遣支舰队在改名前后，着手进行了大亚湾登陆作战以及海南岛攻略作战。与第一、第三遣支舰队日后规模缩小、降格为根据地队不同，第二遣支舰队直到战败都一直保持着相当的规模。
1938年（昭和13年）6月左右，军令部事务当局制定了“昭和十三年度帝国海军作战计划”，向日本陆军作出妥协，放弃海军一直以来坚持的对单个敌国作战的策略，改为对多个国家同时进行战争的指导方针。该新计划得到了军令部高层的认可。同年9月6日，眼见日军无法在对华战争中取得速胜，昭和天皇也被迫批准了该计划。根据该计划，日本海军决定组建新的舰队，以负责日本列岛以东海域的作战；同时考虑到美军正在阿留申群岛建设基地，新舰队也要对此作好准备。
1939年（昭和14年）4月，军令部开始着手缩减中国方面舰队的可行性研究。计划是一开始先将第四、第五舰队从中国方面舰队中分离出来，进行适当的训练。同年11月15日，借着舰队再编成的机会进行改编，新第四舰队成立，第五舰队的事情暂时搁置。
1941年（昭和16年）6月22日，苏德战争爆发。7月2日，日本制定了《根据情势推移的帝国国策纲要（情势ノ推移ニ伴フ帝国国策要纲）》。日本海军内加强对苏联远东地区的海军及航空兵进行警戒的呼声日渐高涨，7月10日，时任军令部总长永野修身上奏天皇，正式取得了成立第五舰队的批准。7月25日，以细萱戊子郎为司令的第五舰队成立，同日编入联合舰队。
第五舰队沿千岛群岛——日本本土东部海域——小笠原诸岛（小笠原群岛、火山列岛等）一线展开。随着阿留申群岛战役的开展，日军一度前进至基斯卡岛，因此小笠原诸岛的防卫转交予横须贺镇守府负责。1943年美军开始发起反击，第五舰队频繁在阿留申群岛一带与美军交手。同年8月5日，第五舰队与第十二航空舰队联合组成东北方面舰队。
1944年10月，在南方的部分第五舰队籍军舰，参加了俗称“志摩舰队”的第二游击队，一同参加莱特湾海战（莱特湾海战）。12月15日，残余舰艇转入西南方面舰队。1945年2月5日，西南方面舰队解散，所属舰艇全部转入新设立的第十方面舰队。
