南苏丹的人权问题是一个极具争议的问题，部分原因是因为该国有着长期侵犯人权的历史。
在2011年7月下旬，即南苏丹获得独立的几周后，总统萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特对军队，警察，政府官员，外交官，以及其他人发表了讲话。他警告说，反对军队和警察使用酷刑，说它会给南苏丹带来“在国际舞台上一个非常坏的形象”。他还声称他将“对所有罪犯宣战”，包括南苏丹武装部队和警察中犯下侵犯人权之罪的成员，并下令司法部起诉任何被指控犯下强奸和折磨罪名的人员。
2015年，南苏丹加入《消除对妇女一切形式歧视公约》，《联合国禁止酷刑公约》和《儿童权利公约》。
彼得·阿卜杜勒·拉赫曼·苏莱，南苏丹主要反对党团结民主阵线的领导人，一直以来被指控和新的叛军联合对抗政府。他于2011年11月3日被捕。
