PyMOL是一个开放源码，由用户赞助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商业化。DeLano Scientific LLC是一个私人的软件公司，它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能获取的好用软件工具。
PyMOL适用于创作高质量的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码可视化工具。
软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所派生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。
自2006年8月1日起，DeLano Scientific对于事先编译过的PyMOL执行程序（包括beta版）的获取采取限定下载的措施。目前，完全无限制的可执行程序只有付费用户可以获取。学生和教师可以通过一项声明来获取教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本，以便于决定是否购买该软件。
PyMOL的源代码目前仍可以免费下载，供用户编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统，非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程序；而对于Windows的用户，如果不安装第三方软件，则无法编译源代码。这表示使用Windows的用户获取新版PyMOL（PyMOL1.0及之后的版本）执行程序的方式就是成为付费会员，或者使用第三方软件（如Cygwin）进行编译。
