南投厅(なんとうちょう )为台湾日治时期行政区划之一,设立于1901年(明治34年)11月间至1920年10月间,最初下辖埔里社、草鞋墩、集集支厅,林圮埔支厅则于1909年自斗六厅并入。其管辖范围接近今南投县。
1901年11月,台湾总督府以办务署负责地方政务,而县及厅介于总督府与办务署之间,造成行政事务上的欠缺灵活 ,而废止“三县四厅”,设“二十厅”之行政单位,将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六五厅,南投县就此设立,厅治设于南投街。1909年10月,台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅,原斗六厅之林圯埔支厅(草岭庄除外)并入南投厅,下辖埔里社、草鞋墩、集集、林圯埔等四个支厅。1914年4月新设雾社支厅,支厅位置在雾社,处理雾社地区蕃地事务。
1920年10月,时任台湾总督田健治郎为提高地方官的权限,废西部十厅,实施“五州二厅”制度,南投厅与台中厅合并为台中州,原所辖之厅直隶与草鞋墩支厅合并为南投郡、埔里社支厅与雾社支厅合改为能高郡、集集支厅改为新高郡、林圯埔支厅改为竹山郡。
1901年南投厅位置,中央黄色与灰色中间的粉色地区
1909年南投厅位置,中央浅紫色地区
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