南投厅（なんとうちょう ）为台湾日治时期行政区划之一，设立于1901年（明治34年）11月间至1920年10月间，最初下辖埔里社、草鞋墩、集集支厅，林圮埔支厅则于1909年自斗六厅并入。其管辖范围接近今南投县。
1901年11月，台湾总督府以办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止“三县四厅”，设“二十厅”之行政单位，将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六五厅，南投县就此设立，厅治设于南投街。1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅，原斗六厅之林圯埔支厅（草岭庄除外）并入南投厅，下辖埔里社、草鞋墩、集集、林圯埔等四个支厅。1914年4月新设雾社支厅，支厅位置在雾社，处理雾社地区蕃地事务。
1920年10月，时任台湾总督田健治郎为提高地方官的权限，废西部十厅，实施“五州二厅”制度，南投厅与台中厅合并为台中州，原所辖之厅直隶与草鞋墩支厅合并为南投郡、埔里社支厅与雾社支厅合改为能高郡、集集支厅改为新高郡、林圯埔支厅改为竹山郡。
1901年南投厅位置，中央黄色与灰色中间的粉色地区
1909年南投厅位置，中央浅紫色地区
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