新宿御苑是日本东京都横跨新宿区与涩谷区的庭园，面积58.3公顷。该处在江户时代为内藤家的宅地；其后成为宫内厅管理的庭园，现在则属环境省管辖的国民公园。
新宿御苑今址最初为战国时代天正十八年（1590年），江户幕府第一代征夷大将军德川家康进入江户城时授予家臣内藤清成的住宅土地的一部分。该地块东及四谷、西至代代木，南达千駄谷、北至大久保，当时是扼守江户以西的甲州街道、青梅街道和镰仓街道的交会点的战略要地。德川家康正是出于军事目的而将其授予可靠的家臣。元禄四年（1691年），内藤家第七代家主内藤清枚成为信州高远城主，由于宅地的费用远超过了其收入，于是将部分的土地还给了江户幕府。截至明治五年（1872年），剩余的土地仍然超过33公顷。
明治五年（1872年），日本政府在内藤家上缴的宅地及周边地块共计58.3公顷的基础上，为了振兴日本的现代农业技术而设立了内藤新宿试验场（内藤新宿試験場）。在该试验场开展了大量的果树、蔬菜栽培及养蚕、畜牧等实验，其中包含来自西方的技术及物种。明治七年（1874年)，试验场划归内务省管辖，并新成立了农学研究所。明治十年（1877年），该研究所移设至驹场，后改称驹场农学校，是今天东京大学农学部的前身。
明治十二年（1879年），新政府农业振兴政策的扩展，试验场的一部分设施移设至他处。在该地则成立了由宫内省管辖的新宿植物御苑（新宿植物御苑）。在此期间，庭园中设立了鸭池、养鱼池和动物园，作为日本皇室的皇家用地和农场而运营（动物园在大正十五年（1926年）由皇室赐给了东京府成为上野动物园）。同时，该地仍然继续作为进行果树和蔬菜栽培研究的模范农场，在日本国内首先采用温室技术栽培兰花等花卉，并致力于向日本民间普及由欧美传入的园艺。
明治三十一年（1898年），福羽逸人成为御苑的负责人。明治三十四年（1901年），御苑栽培的3株菊花在巴黎举行的万国博览会上展出，得到了巨大的好评。同时，福羽逸人请求凡尔赛园艺学校的亨利·马丁（Henri Martine）将御苑改造为景观公园。明治三十九年（1906年）5月，新宿御苑在经过4年的改建后完成。明治天皇出席了开苑式暨日俄战争庆祝典礼。虽然当初的设计图在1945年的空袭中被毁，但是根据马丁绘制的鸟瞰图，除了个别建筑外当初建成的庭园基本与目前的形制相同。
最初的新宿御苑作为皇家庭院，并同时向东京提供行道树树枝插条和种子。此外，自大正六年（1917年）和昭和四年（1929年）起，御苑分别成为了观樱会和观菊会的固定场所。此外，在大正年间，在西洋式庭园的基础上还修造了9洞式的高尔夫球场。然而在昭和二十年（1945年）5月，园林的建造在空袭中几乎全毁。战后，庭园曾一度作为东京都立农业科学讲习所的高等科所在地。
昭和二十二年（1947年），日本内阁决定将新宿御苑同皇居外苑、京都御苑一起作为国民公园运营。昭和二十四年（1949年）5月21日，庭园作为“国民公园新宿御苑”正式对公众开放，并于次年移至厚生省管辖。在此之后，随着昭和四十六年（1971年）7月环境厅成立，新宿御苑同其他的国立公园一起移至环境厅管辖。在平成十三年（2001年）1月的中央省厅再编后，管理权移交给环境省至今。
