通海案，发生于清顺治十八年（南明永历十一年，1661年），是清初大案，与江南奏销案、哭庙案合称江南三大案。意即“通联海寇（明郑）”。
顺治十六年（永历十三年，1659年），郑成功为支援云贵的南明永历帝，由崇明进长江，与浙海抗清将领南明兵部侍郎张煌言会师，六月八日至丹徒，十三日至焦山，直捣瓜州，一时间东南震动。明室遗民暗中接应，准备恢复明室。七月二十四日郑成功兵败镇江、瓜州，败退台湾。
有一名无赖孔元章趁机敲诈魏耕、钱缵曾等人银钱未遂，恼羞成怒，遂向清当局举告魏、钱等通海。
清廷为镇压江浙一带反清复明活动，曾对湖州、绍兴等地进行通海专案清查，金坛县令任体坤谎称金坛士民造反纳降，溧阳抚臣信以为真。接着任体坤与王重、袁大受利用这次机会诬陷蔡默、于厚、周生等十名儒生及其他仇人，共列具了黑名单38人，又诬告富绅于元凯。江南按察使姚延著秉持“不欲于无事中生事，更不欲以灭门事发于黉宫，恐株连不已”。
王重、袁大受不甘心，又疏通京城御史马腾陞，以为“不速杀此十生，金坛祸端百出，而虿先中于乡绅矣！”，马腾陞因贪污案发，被处死。周勉为救其子，携重金去拜访袁大受，希望他能放手，袁大受授意周勉告发王明试，方能赎罪。袁大受又拿着周勉写好的揭状去找王明试。这时王明试自是心惊，立求袁大受“力寝其事，许以千金”。袁大受请冯标送信给王明试，途中信函被冯标偷看，后来冯标与曹钟浩、都察院御史冯班商量，由兵垣长科孙继昌奏告，告发王重、袁大受与王明试“通海”之罪。
顺治帝特命户、刑两部侍郎与江宁巡抚朱国治一并审结。朱国治是个酷吏，“欲行杀戮以示威”，提审王重、任体坤，全被拘捕入狱。蔡默、于厚、周生等十儒被释回。
顺治十八年七月十三日庚申（1661年8月7日），金坛县判定“通海”罪犯有王明试、冯征元、李铭常等的65人，后与吴县哭庙案，大乘、园果“诸教案”等囚犯121人，在江宁执行死刑。臬司姚延著犯有“疏纵”之罪，被判处绞刑，众以为冤，江宁为之罢市。团保樊耀之的儿子樊达生代父就死，临刑之前父子二人环抱痛哭，最后由其子代死，另一团保史旭亦由其弟史八代兄就死，史八临刑前面不改色。康熙元年（1662年），魏耕、钱瞻百、钱缵曾、潘廷聪等被杀于杭州，祁班孙、李谦汝等百余人遣戍宁古塔，其兄祁理孙抑郁而死。杨宾之父杨越亦受牵连流放宁古塔，最后死于戌所。陈三岛在事发前忧愤死。于元凯被孝庄皇太后赦免后，不知去向。
清廷兴通海大狱滥杀无辜，株连甚广，“其时被祸者衣冠之族八十三家”。计六奇《明季南略》载：“金坛因海寇一案，屠戮灭门，流徙遣戍，不止千余人。”
