2006年超级女声在各种传闻不断的情况下于4月2日正式启动，并已在同年9月29日晚上八点至30日凌晨零时25分举行总决选，由尚雯婕以票数夺冠。
本年度的比赛增加了名为复活的赛程设置，并以沈阳赛区代替去年赛果争议最大的郑州。同时，仅允许18岁以上的选手参赛，学生选手只能在周六周日报名。
5月28日，刚刚决出的杭州唱区20强中的三名赵姝、黄佳忻、朴兰宣布退出余下比赛。湖南卫视的声明是：“朴兰因为自己目前的工作与超女赛事时间冲突；黄佳忻则是嗓音和身体原因；赵姝是因为她本人觉得合约期限过长。”然而据新浪网报道，黄佳忻和赵姝两人是因为天娱传媒要求选手与之签订8年经济约且违约需要缴纳大笔违约金而退出（页面存档备份，存于互联网档案馆）。另外赵姝已经获得了同时举办的另一选秀比赛梦想中国上海赛区的绿卡，该比赛举办方央视对选手没有签约要求（页面存档备份，存于互联网档案馆）。
湖南卫视方面于5月30日宣布递补孙闻雍、唐笑和张焱三名选手进入20强 （页面存档备份，存于互联网档案馆）。这三名选手在20进10的比赛中全部成功晋级。
4月21日，中国演出家协会主席刘忠德在一个话剧新闻发布会上称：“超女、超男都来了，说得不好，就是对艺术的玷污。”（页面存档备份，存于互联网档案馆），随后媒体跟进报道，发现他同时是政协常委和中国科教文卫体委员会主任，还是前文化部部长。在跟进的采访中，他继续严厉抨击超级女声节目。“观众怀着一种扭曲的心理在看这个节目”，他说，并且认为这种娱乐背后隐藏着对青少年的毒害（页面存档备份，存于互联网档案馆）。此事在网上引来大量讨论，而据新浪网的调查（页面存档备份，存于互联网档案馆），有六成网友赞同他的说法。
另一方面，广电总局则认为不能一棒子打死（页面存档备份，存于互联网档案馆）。而著名学者李银河、艺人濮存昕（页面存档备份，存于互联网档案馆）等也提出了反对意见。同时，节目收视率仍居全国第一 （页面存档备份，存于互联网档案馆）。
长沙赛区一位偏向男性打扮的人气选手李薇薇在5月26日七进五的比赛中被淘汰。但赛前，其家乡山西省孝义市的亲友团宣传活动的宣传页上显示主办方为当地市委市政府。当地政府声称这是企业的挂名行为，不代表官方。
成都赛区最引人注目的是傈僳族三姐妹“三江组合”和她们背后的故事。来自云南边远山区的她们，参加超女所需经费由族人一点一滴凑成，沿途除要尽量节省开支外，还要克服山区交通不便的困难。为此她们甚至需要在山洞过夜，用家乡带来的馒头充饥。去年引起轰动的“红衣教主”黄薪也被她们感动，愿意资助她们参赛，但被婉拒（页面存档备份，存于互联网档案馆）。在6月17日本赛区20进10的比赛中，她们被淘汰出局，结束了在超级女声舞台上的演出。
一名打扮中性风格类似去年的李宇春（不过在决赛中她的家庭背景介绍中出现的一些服饰并不中性），目前受欢迎程度颇高。她的“粉丝”原来自称“纳（娜）米”，后来因为同一赛区多位选手都用娜字，遂改为“雪梨”。另外，她曾自称今年首次参赛，却被网友翻出去年她参加杭州赛区海选的视频，让人对她的诚信产生怀疑。她已就此事公开道歉（页面存档备份，存于互联网档案馆）。后来，又有人发现海选视频有拼凑之嫌。在本赛区的决赛中，她获得冠军。
本赛区三甲中打扮最为女性化的选手，其“粉丝”自称“飞艇（挺）”。人气和第三名的许飞相近，在决赛之前互有胜负。她参加超女后的一封日记被人在网上公开，其中流露出当时她一些内心的困惑和犹豫。在决赛中最终以微弱的优势成为赛区的亚军。
打扮稍偏中性。其粉丝自称“飞碟”（谐音飞dear）。她是本唱区选手中不多的没有任何绯闻或争议者之一。在本赛区的决赛中，她获得季军。
本来她已经在50进20的比赛中被淘汰，但由于有选手中途退出，她才得以以递补身份进入20进10的比赛。出身音乐学院、经常演唱音乐剧的她在20进10的比赛中唱了《Macavity》，音乐剧《猫》中的一段。从此她的人气急剧上升，在10进7比赛中两次公布票数时稳稳占据第一位。最终夺得本赛区的亚军。
得到本唱区第9张通行证的郝菲尔有多年酒吧演唱经历。在50进20的比赛中，评委春晓的评价是：“如果不夸你，就代表评委没水平”，而另一评委巫启贤则认为她已经达到“人琴合一”的境界。然而在如此的赞誉之下，她却说：“我只发挥了20%”。事后她解释说当时她认为会被淘汰。其粉丝自称“铁塔”（爱铁塔）。她的人气最初相当高，但后来被其他人赶上。最终只拿到本赛区的第5名。
曾与去年的季军选手张靓颖在同一家酒吧驻台唱歌，并且是好朋友。今年预选赛中也轻松获得直接通行证，是本赛区最热门的选手。在唱区决赛第一次公布票数的时候，票数就已经达到21万，超过去年同一唱区冠军李宇春的唱区最终票数。
该选手是中国国家足球队队员王亮的妻子，因此获得一些中超球迷的欢迎，曾和她丈夫共事的队友们也相继表示支持她。
杭州唱区预选赛5月4日唱响。本赛区报名非常火爆，截至预选赛前两天，报名人数已经逾万。
成都唱区历年来都有上佳成绩，连续两年包揽前三名之二，张含韵、李宇春、张靓颖等来自本赛区的优胜者在赛后仍然吸引众多追随者。该唱区共有21068名选手报名参加，由于增加了16岁以上的年龄限制，参赛人数比去年减半。预选赛于5月23日开始。
沈阳今年首次成为唱区，一些之前赛区被淘汰的选手也声称要到沈阳再次尝试。本唱区14号选手张依依是一位盲人选手，引起一定关注，但未能进入20强。获得第二张直接通行证的高维聪因故放弃参加50强的比赛，由评委另行选人替代，但仍在比赛现场献唱歌曲。
去年的亚军周笔畅就诞生在本赛区。作为成绩仅次于成都的赛区，这里也相当受瞩目。今年本赛区报名从6月17日开始，是最后一个启动的赛区。本赛区除了有许多其他2006其他赛区的落选选手参加外，还有去年因故退出广州赛区比赛的热门选手孙艺心和去年杭州唱区的选手韩真真参加。
总决选于2006年9月29日晚上八点在湖南长沙湖南卫视演播厅举行，并在翌日凌晨12:25分以点数场外票数方式诞生冠军；是次总决选共31个评委参加评选，其中黑楠、何炅、宋柯、春晓和朱桦将成为专业评选团。
决赛先把四位决赛者随机分成两组：刘力扬与尚雯婕，谭维维与艾梦萌比赛，赛后尚雯婕、谭维维分别胜出，而刘力扬、艾梦萌则进入待定；经抽签后再合组为：刘力扬与谭维维、艾梦萌与尚雯婕比赛。由于艾梦萌的票数仍旧最低，评判选出谭维维和尚雯婕进入三甲，最后刘力扬亦以17比14战胜艾梦萌，艾成为第四名（晚上9:40）。
三甲选拔采用反向PK战，获胜者将晋级两强；先由谭维维与尚雯婕，向以23比8胜出，接着由谭维维与刘力扬比赛，以23比8胜出，刘成为季军（晚上10:55）。
谭与尚在冠军争夺战需以三回合PK赛争取场外票数作胜败，结果在30日凌晨12:20分以个位开始至百万位数出开出票数，由尚雯婕夺得冠军，谭维维获亚军。
