第二次鼠疫大流行（英文：Second Plague Pandemic），是指从欧洲黑死病开始的世界上一系列重大鼠疫疫情，大约从14世纪起一直延续到18世纪末或19世纪初。 1347年起，黑死病在四年内导致欧洲7500万-2亿人死亡，占当时欧洲总人口的30%-60%。尽管在黑死病之后，鼠疫在大部分地区消退，但时常出现地方性流行。17世纪起，一系列重大鼠疫疫情再度爆发，直至18世纪末及19世纪初。 此后，19世纪中叶，鼠疫杆菌的一种新毒株在亚洲地区导致第三次鼠疫大流行。
第一次鼠疫大流行（6世纪-8世纪）期间的查士丁尼大瘟疫，是有记录以来最早的鼠疫大规模流行。查士丁尼大瘟疫中，据估计有2500万-1亿人病死，约25%-60%的欧洲人口死亡。 此后，鼠疫在欧洲不再出现，直至14世纪的黑死病爆发。
对于第二次鼠疫大流行的源头，存在争议，一说起源于中亚或克里米亚， 一说起源于喜马拉雅山区，一说起源于黑海城市卡法，等等。1347-1351年间，黑死病导致欧洲7500万-2亿人死亡，占当时欧洲人口总数的30%-60%。此后，鼠疫时常出现地方性爆发，直至19世纪初，在各地造成的人员死亡情况也各不相同。
19世纪中叶，清朝云南地区爆发鼠疫，成为第三次鼠疫大流行的源头。此次疫情直至1960年左右才逐渐平息。此后，在世界范围内，零星的鼠疫感染依然会出现。
