王芝瑞（？—1648年5月9日（永历二年闰三月癸未）），字锺淑，号静川，应天府江宁县人，明朝、南明政治人物。
王芝瑞是万历四十六年（1618年）戊午科举人 ，崇祯四年（1631年）成进士，授行人，历任验封主事、员外郎。有宗室郡王应降授将军，就向他行贿三千以违制袭封王爵，他立刻驳斥；政府为该名宗室说情，但最终并不允许袭封。真人张应京面见崇祯帝建坛求雪，没有效果；惟崇祯帝依然器重张应京，在他请求下，让他住在魏忠贤故宅作为策勋的府邸。事情颁布后，王芝瑞说：“有功的人才能赐与宅邸。张应京只是一名真人，获得高爵厚禄，而且求雪无效，凭什么得策勋？”最后也不能阻止。周延儒再次出任首辅，王芝瑞是他以前取录的进士，吏部有官职出缺，周延儒打算让王芝瑞补任。王芝瑞说：“先生出山，不满足众望，将失败是朝廷之事。我离开也嫌不够快，敢扰乱吗？”坚持辞官归乡。
后来王芝瑞再次获起用为四川督学佥事，帮助王应熊筹措粮饷有功。弘光元年（1645年），他奉朝廷命令守江，寇盗不敢渡河；擢任尚宝少卿，任命的诏令尚未到达，张献忠就在闰六月带兵向南，王芝瑞于江上拒守。樊一蘅轻敌战败被他所救，但迷路遇上敌寇伤及马匹，后军来到得免，退入永宁，不久当地也失陷。最初曾英得王芝瑞提拔，王应熊命他攻打寇盗、恢复永宁，而王芝瑞则守卫遵义。隆武帝继位，征召他担任光禄少卿，擢官兵部右侍郎、佥都御史巡抚四川。他接受任命后到达湖南，途中福京失守，因此依附武冈的刘承胤。刘承胤计划拥立岷王朱禋
，王芝瑞不断阻止，几乎被杀害，逃入广西，黄尚宾在万年城带兵迎接。永历二年闰三月（1648年），永历帝招任他为吏部左侍郎，拜命后很快去世。
