岛屿町村制是日本过去针对岛屿地区实施町村行政区的制度。实施的范围包括伊豆群岛、小笠原群岛、隐岐群岛、对马岛、琉球群岛（吐噶喇群岛、奄美群岛、冲绳群岛、宫古群岛、八重山群岛）。
明治维新之后、日本政府为了建立中央集权的国家，开始着手变更地方行政制度，在1871年先制定了大区小区制，并在隔年开始实施，但此制度并未考量各地状况，未能顺利推行。
1878年日本政府制定“地方三新法”，确定了地方行政制度的架构，包括“府县”、“郡区”、“町村”的三级架构，之后陆续1888年实施市制和町村制。
在1888年实施市制和町村制时，岛屿地区被排除在外，不视为本土，另设置“岛厅”由各地府县直接管辖；直到各地陆续实施“岛屿町村制”，或是取消岛屿指定状况，视为本土并施行“町村制”之后，各岛屿地区才开始设置町村。
由于人口较少，且小笠原群岛上有来自欧美的居民，因此最初由东京府直接管辖。
隐岐群岛上最初曾设置海士郡、知夫郡、周吉郡、稳地郡四郡，并设置郡役所负责行政之管理；直到1889年废除四郡，设置隠岐岛厅，隶属岛根县管辖。
在设置鹿儿岛县后，奄美群岛就属于县府直接统治，而岛厅之下的地方行政单位则是延续过去琉球王国施行的间切，替代町村的设置。
明治时代最初冲绳县仍延续琉球王国时期的行政，施行间切制。
