湄洲天后宫，通称湄洲妈祖祖庙，原名通贤灵女祠，位于中国福建省莆田市秀屿区的湄洲岛，主祀天上圣母。始建于北宋987年，1966年文化大革命期间几乎全毁，仅灵女祠和圣父母祠幸免于难，整体于1989年重建完成。
宋太祖建隆元年（960年）农历三月廿三，妈祖林默生于福建莆田湄洲岛。妈祖是福建望族林氏后裔。
传说中湄洲岛是妈祖的家乡，也是祂羽化升天之地。兴化府莆田湄洲岛湄洲妈祖庙始建于北宋雍熙四年（987年），原始小庙（灵女祠）位于祖庙神昭殿后方，是世界上最早的妈祖庙。天圣年间（1023年）开始扩建，此时的祖庙已初具规模。
元朝时，妈祖祖庙得到进一步的扩建。洪希文在《题圣墩妃宫》诗中，描写了“粉墙丹住辉掩映，华表茸突过飞峦”的景象，反映出妈祖庙的建筑情况。
在明朝时，妈祖祖庙又得到进—步扩展。洪武七年（1374年）泉州卫指挥周坐主持重建寝殿、香亭、鼓楼、山门。永乐初年（1403年），郑和下西洋时，因妈祖庇佑有功，奉旨遣官修整祠庙。宣德六年（1431年）郑和最后一次下西洋之前，亲自与地方官员备办木石，再次修整祖庙。
清朝康熙二十年（1681年）迁界令撤销后重修。康熙二十二年（1683年）福建总督姚启圣重建钟鼓楼和山门，又把朝天阁改为“新正殿”，民众不认同姚启圣的作法，仍称“旧正殿”（后来称“神昭殿”）为“正殿”，“新正殿”因姚启圣获封为太子太保，所以人称“太子太保姚公殿”（简称“太子太保殿”或“太子公殿”），后迳称为“太子殿”。
康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅增建朝天阁、梳妆楼、佛殿、僧房，按石祖庙又建中殿、观音亭、土地庙等，当时有五组建筑群，殿堂楼阁十六座，客房、禅房、斋堂等建筑九十九间，规模宏大。
湄洲祖庙惜已于文化大革命期间全毁，所幸许多台湾庙宇都存有昔日的湄洲妈祖分灵金身，如鹿港天后宫、新竹长和宫、北港朝天宫、楠梓天后宫、盐水护庇宫、旗津天后宫等。1980年代以来，海内外信徒捐资对湄洲祖庙进行重建，台湾信徒捐献为最多，现有建筑基本都是文革后所重建的庙貌。
湄洲祖庙为长323米、宽99米的五进仿宋建筑群，由大牌坊、宫门、钟鼓楼、顺济殿、天后广场、正殿、灵慈殿、妈祖文化园组成，妈祖庙后的岩石上刻有“升天古迹”、“观澜”等石刻，在祖庙山顶有14米高的巨型妈祖石雕塑像。
“太子殿”原名“朝天阁”，因清康熙时，太子太保姚启圣以罗盘估算，认为风水不当，故构工将此阁改为正殿。但信徒并不领情，依然以寝殿为“正殿”，故称此殿为“太子太保姚公殿”，后迳称“太子殿”。
因清雍正帝御笔匾额“神昭海表”（神灵显扬于海境边疆），故称“神昭殿”。原为“正殿”，昔年姚启圣把此殿改为“寝殿”。但善信不理会，皆称此殿为“正殿”，又因雍正帝的匾额而称神昭殿。雍正共制有三面“神昭海表”匾额，另二面钦赐予台湾台南大天后宫（后火灾焚毁，今日之匾为复制品。台湾各知名妈祖庙多有复制。）、厦门天后宫；门殿石柱上还有明代莆田才子戴大宾所写的“齐齐齐齐齐齐齐齐齐齐戒，朝朝朝朝朝朝朝朝朝朝音”对联，颇为趣味，其中的 第二、第四、第七、第十字的“齐”与“朝”字，分别读为“斋”和“潮”，即“斋戒”、“潮音”之意。
紧临升天古迹旁，寝殿后方有间小庙，即是祖庙发源地，世界上最早的妈祖庙，名为“通贤灵女祠”。在妈祖羽化升天后，湄洲岛民就在妈祖升天处旁建立一间小庙祭祀妈祖，在文革期间灵女祠险遭破坏，在岛民的极力保护下幸免于难。
太子太保姚启圣将“朝天阁”改为“太子殿”后，“朝天阁”不复在。靖海侯施琅又新建了朝天阁。本阁至今还保存台湾鹿港天后宫乾隆丁未年（1787年）湄洲进香文物。
相传此处是妈祖升天之处。明代住持僧“照乘”在崖上刻“升天古迹”四字，以纪念妈祖。
奉祀妈祖飞升之相，以纪念妈祖得道。但升天处是“升天古迹”。
相传妈祖是观音大士化身，大凡妈祖庙必祀观音，以念其德。
相传妈祖在世时笃信佛法，日日礼佛诵经，故靖海侯施琅捐建了佛祖殿，奉祀释迦三尊，即释迦如来、文殊菩萨、普贤菩萨。此殿毁于“文化大革命”，1989年重建。
五福殿，又称五帝庙，祀五福大帝。五福大帝又称五福王爷、五瘟大王，是瘟神，故本殿不设正门，以希冀五帝不出门。
圣父母祠供奉妈祖之父母神像，代表妈祖得道升天，依然秉持孝心，永不忘本。是清代所建。
中军殿奉祀“中军爷”，即统帅妈祖部下神兵之将领，据说为明代泉州卫指挥“周坐”所建，民众认为本殿中军爷即是“周坐”。
此楼靖海侯施琅所建，为妈祖之起居、梳妆处所。楼内奉便服造像妈祖。此楼亦毁于“文化大革命”，1989年重建。
此殿建于元朝，纪念妈祖拯救船难之德。民间相传，妈祖救难，多着便服，而非凤冠霞帔的正装，“以免迟刻（迟到）”。水手呼救也只喊叫“妈祖”，不敢称“天后”，盖因相信称“天后”，妈祖就会梳妆打扮才来救人。故此殿亦奉便服造像妈祖，象征妈祖拯救海难之德。
祀奉四海龙王，殿内有一尊黄金打造的妈祖巨像。
“贤良港天后祖祠”位于湄洲湾北岸莆禧半岛南端，与湄洲岛遥遥相对，前往湄洲岛朝圣的途中一定会路过，是妈祖的诞生地－“贤良港天后祖祠”，里头还保留乾隆帝所敕封的“敕封天后志”以彰显其官方正统地位，祠内供奉著宋雕软身妈祖金身与圣父母（妈祖的双亲）；妈祖回娘家谒祖进香时，必先恭请妈祖銮驾在贤良港祖祠举行谒祖仪式后，才从贤良港码头渡海到湄洲祖庙去“刈火”，这也是学习妈祖躬行孝道的传统美德。
