吉尔吉斯共和国位于中亚东部,北和东北接哈萨克斯坦,南邻塔吉克斯坦,西南毗连乌兹别克斯坦,东南和东面与中国接壤。东西长925公里,南北宽453.9公里。
吉尔吉斯斯坦是一个山地国家,有“中亚山国”之称。全国平均高度为海拔2750米,90%以上的领土在海拔1500米以上,地势由东向西缓慢下降。天山山脉和帕米尔-阿赖山脉绵亘于东部中吉边境,其中的托木尔峰,海拔7439米,为全国最高点。
吉尔吉斯斯坦属大陆性气候,气候垂直变化显著。年降水量中部为200毫米,北部和西部山坡为800毫米。位于东北部的伊塞克湖面积6320多平方公里,在世界高山湖泊中水深数第一、集水量第二。湖水清澈澄碧,终年不冻,有“中亚明珠”之称。