孙建毅(1901年-1969年5月),山东新泰人,是一位中国医师。
1926年从齐鲁大学医学院毕业,次年至北京协和医院专修眼科。后相继在山东平阴广仁医院、上海仁济医院、苏州福音医院、苏州博习医院任职。1932年9月赴英国利物浦热带医学院(英语:Liverpool School of Tropical Medicine)专修热带病学,获博士学位。1933年9月回到中国,在苏州博习医院任职。1938年2月后,在昆明国民党政府陆军医院任职。1941年7月后,自设诊所行医。亦曾在瑞丽雷允飞机制造厂职工医院任职。1946年赴印度加尔各答讲学。中华人民共和国成立后在中国人民解放军昆明总医院任职,曾担任副院长。被选为云南省政协第一届委员,第二、三届常务委员会委员,云南省第二、三届人大代表,中华医学会云南分会理事,中国防痨协会云南分会理事。
1969年5月12日,孙建毅在文化大革命中遭迫害而死。1978年12月23日,昆明军区总医院为其举行追悼大会。