荷属东印度日占时期，是指从1942年3月9日荷兰将殖民地控制权移转给日本军队，直至1945年8月17日印尼独立准备委员会在8月17日正式对外发表“印尼独立宣言”为止，大日本帝国对苏门答腊、爪哇岛、小巽他群岛、加里曼丹、苏拉威西、马鲁古群岛及新几内亚西部的军事占领时期。
1942年，由于荷兰本土被纳粹德军占领，荷兰基本没有能力对日本军队的入侵做出任何防御。在第一次进攻婆罗洲后不到三个月，日本军队便占领了荷属东印度全境。在日军占领印尼后，印尼平民被日本军队任意逮捕和处决，成千上万的印尼人不论男女都被带离印尼，送到日本的各个占领区成为强迫劳动者（日语为“劳务者”），修筑防御工事，及制造军火，参与了泰缅铁路的建设，许多结果死于虐待和饥饿。单单在爪哇的劳务者便有400万至1000万人，约27万的爪哇劳务者被送往其他日本占据的东南亚地区，只有52,000被遣返，这意味着这些劳务者有八成的死亡率。与此同时，在爪哇以及苏门答腊的一小部分，日本人训练并且武装了很多印尼青少年，并且给了这些部队的本土领袖有限度的政治权力，试图建立起类似满洲国那样的傀儡政权。
在日军占领下，印尼民族主义者苏丹·夏赫里尔组织地下学生抗日运动，同时进行抗日运动的有左翼的阿米尔·谢里夫丁，谢里夫丁获得来自荷兰政府的25,000古尔登的资助，以其马克思主义和民族主义为宗旨，创建了地下反抗组织。除了阿米尔·谢里夫丁以外，多是华人、安汶人和美娜多人参与反抗组织。1943年9月于南加里曼丹亚汶泰，在坤甸事件仍未爆发前，曾有一项由印尼民族主义者和荷兰人共同策划对抗日军的起义计划，但被揭发而失败。
1944至1945年同盟军的对日战争，同盟军绕过印度尼西亚，并没有进入人口密集的地区，例如爪哇和苏门答腊。日本的占领间接为印度尼西亚的独立创造了条件，使印度尼西亚革命通过一种原本多半不可能实现的手段提前三年到来。在1945年9月日本投降前，印尼便已宣布独立。然而荷兰政府仍然希望将夺回对东印度的统治，印度尼西亚经历了5年艰苦的内战，政治、军事和社会动乱，才真正独立。
到1942年前，印尼自大航海时代已被荷兰殖民统治了几百年，被称为荷属东印度。1929年，于印尼民族主义觉醒时期，印尼民族领袖苏卡诺和穆罕默德·哈达（后来成为印尼总统与副总统）预见了即将爆发的太平洋战争，而日军向印尼的进军将会为独立条件带来优势。
入侵中国后，日本将注意转向东南亚，以宣扬大东亚共荣圈来增强其在亚洲的号召力。在1920年代和1930年代，日本逐渐加强其在亚洲的影响力，在东印度建立其事业。铃木和三菱这些涉足蔗糖贸易的大型商店与企业。
荷裔士兵被送往拘留营，由于荷兰人认为日军会为了管理殖民地而继续让荷兰官员留任，大部分荷兰人不愿意离开。然而事与愿违，荷兰人全部被送往拘留营，高阶和技术性职位则由日本人或印尼人代替。日军接管了像是港口、邮政机关等公家机构和单位。除了10万欧裔公民（还包括一些华裔公民）以外，还有8万名荷、英、澳、美军士兵被送往拘留营，在那里死亡率高达百分之13到30。
印尼本土统治阶层和政治家为了保有自己的影响力与谋求独立而与日本菁英合作。日本给予地方菁英权力，让他们支持日本的工厂和武装力量。印尼人的合作让日军得以专注在确保东印度群岛的空路和海路的安全，以保护邮便通路不受盟军干扰。
对于日军占领的经验感受随着社会地位的不同，而有所差异。住在重要战略地区的平民经历了日军的折磨，强暴，任意逮捕和处决，以及其他战争罪行。成千上万的印尼人不论男女都被带离印尼到日本的各个占领区成为强迫劳动者（日语为“劳务者”），用来修筑防御工事、军火制造，在日本的军事项目中被奴役，包括泰缅铁路，许多结果死于虐待和饥饿。在爪哇，400万至1000万的“劳务者”被迫参与日本军事工程。约27万的爪哇工人被送往其他日本占据的东南亚地区，只有52,000被遣返的，这意味着有80％的死亡率。
成千上万的印尼人饿死，作为奴工工作，或者被迫离开家园。后来的联合国报告指出，400万人死于日本占领期间的饥荒和强迫劳动，其中包括30,000欧洲的平民被拘禁死亡。
在战争后期日军对印尼的强制劳动更为严苛，在1944年3月1日将早年1943年4月16日创立的动员总部改为爪哇奉公会（ジャワ奉公会），招募到的印尼人被迫成为劳务者（ろうむしゃ），这些响应日本号召的印尼人再也无法回到家乡。
在日军占领下，印尼民族主义者苏丹·夏赫里尔组织地下学生反抗运动，同时进行反对运动的是左翼的阿米尔·谢里夫丁，谢里夫丁获得来自荷兰政府的25,000古尔登的资助，以其马克思主义和民族主义为宗旨，创建了地下反抗组织。阿米尔于1943年遭到日军逮捕，后来在苏卡诺的介入下免于死刑，从此事开始日军才认知到苏卡诺在印尼的声望与重要程度。除了阿米尔·谢里夫丁以外，多是华人、安汶人和美娜多人参与反抗组织。
1943年9月于南加里曼丹亚汶泰（Amuntai），在坤甸事件仍未爆发前，曾有一项由印尼民族主义者和荷兰人共同策划对抗日军的起义计划被揭发。计划涉及建立一个伊斯兰国家，并驱逐日军，然而计划失败了。
日军占领期间，日军鼓励并支持从属于日本的印尼民族主义，创设新的印尼语学校，并重用如苏卡诺的民族主义者。越来越激烈的民族主义，加上日军所造成的荷兰殖民政府体系崩坏，为战后的印尼独立战争提供良好的基础。
然而在日军占领的最初两个月，日军依然禁止在政治上使用印尼作为国家的名字，以及日后成为印尼国旗、象征民族主义的红白旗，也在除了最初期与最末期以外的其他期间，被禁止使用。日本一方面协助缅甸与菲律宾独立，一方面出于资源的考量而将印尼置于日本帝国军政体系下。
日本当局将爪哇岛视为政治上最重要，但是经济上最不重要的地方。爪哇居民是日军主要的劳力来源。和荷兰政府的禁止政策不同，日本人鼓励爪哇岛上印尼民族主义的发展，增加爪哇人民的政治练达度（在苏门答腊方面也在后来执行类似的策略，但当时日本的败迹已相当明显）。在日本海军的控制下的其他岛屿，则被认为政治上不重要，但是经济上占重要地位的地方，这些地方采行高压统治。爪哇岛与其他岛屿受日本占领经验上的不同，为日后的印尼独立战争造成很大的影响。
日军也提供印尼青年武器，给予军事训练，其中还组成了志愿性质的乡土防卫义勇军（印尼语：PETA）。最初乡土防卫义勇军的成立目的，在于动员当地人以支援日军，但最后成为了印尼共和国在1945年到1949年的印度尼西亚独立革命中的核心势力，许多义勇军成员加入了1945年创立的印度尼西亚国民军。
1945年4月29日，日军创设了独立准备调查会（印尼语：BPUPKI），讨论印尼独立的准备和各种相关问题。由第16军司令官原田熊吉于爪哇创立。对于印尼独立后的政体问题和方向进行了许多讨论。
根据1941年11月26日制定的《关于占领地军政实施的陆海军中央协定》（占领地军政実施ニ関スル陆海军中央协定），荷属东印度被划为三个单独的占领区：爪哇和马都拉划归今村均的陆军第16军管辖；苏门答腊划归山下奉文的陆军第25军管辖，25军的司令部设在新加坡，同时在1943年4月前一直控制着马来亚，失去马来亚后，其控制范围限缩到仅有苏门答腊，并将司令部移至武吉丁宜，而第16军司令部设在雅加达；荷属婆罗洲、西里伯斯、马鹿加及小巽他群岛则由海军第二南遣舰队管辖。每一占领区设立军政监部，负责地方行政，军政监部首脑由驻军司令兼任，下设总务、内政、司法、警察、市政工程、经济事务、审计和宣传八个部。
爪哇被分为2个省、17个州和1个特别市（雅加达），苏门答腊设10个州，分别是亚齐州、苏门答腊东海岸州、达巴努里州、廖内州、苏门答腊西海岸州、占碑州、明古连州、巨港州、楠榜州、邦加-勿里洞州。
