葡占长崎，是指日本战国时代末期长崎市被葡萄牙人管治时期，从1580年至1587年，由代表葡萄牙王室的耶稣会实行管治。
1543年，一群前往中国的葡萄牙商人漂流到种子岛，这是西方人首次登陆日本。
此后，葡萄牙人开始利用马六甲进行中国和日本之间的贸易，因为当时中国对日本实施海禁，故以该地充当两国之间的中间港埠。1550年，葡萄牙国王约翰三世宣布对日本贸易为“官方垄断”，从此以后，只有被果阿授权的船只才能通行。1557年，明朝广州当局将澳门租借给葡萄牙人以支持这种贸易，并换取白银。
日本的内战状况对葡萄牙人非常有利，因为几位相互竞争的大名试图吸引葡萄牙的“黑船”进入其领土与其贸易。葡萄牙人最初与肥前国平户城领主松浦隆信来往，其后，肥前国三城城领主大村纯忠改信基督教，采用“唐”（萄萄牙语：Dom）的称号，改名“巴托洛梅奥”（萄萄牙语：Bartolomeo，片假名：バルトロメオ），并迁至横濑浦。1564年，横濑浦遭到佛教僧侣煽动叛乱，被夷为平地。
1571年，唐·巴托洛梅奥（大村纯忠）将长崎小渔村的部分土地划给了耶稣会士（分为六个街区），以接待来自其他领土的流亡基督徒和葡萄牙商人。耶稣会士像果阿和马六甲一样，以圣保罗的名义建造了一座小教堂和一所大学。到1579年，长崎拥有400座房屋，也有已婚葡萄牙男人居住。
由于担心长崎可能落入其对手松浦隆信，唐·巴托洛梅奥于1580年决定将这座城市直接授予耶稣会士（名义上仍旧是大村纯忠的领土）。
长崎与许多受中国模式启发而建造的网格式亚洲城市不同，它是围绕着城中最重要的建筑所在地——教堂、慈善机构和市政厅建造的，尽管它没有任何防御工事。
在1603年至1613年之间，长崎还有一所绘画学校，由意大利人乔瓦尼·尼科洛指导。
长崎有一套不同于日本法律的“民法典”和“刑法典”，这是适应罗马法的；减少了体罚。这座城市被描述为“有异常数量的孩子”，因为其基督徒居民避免杀婴，该行为在当时日本社会中很普遍。房屋多以葡萄牙风格涂成白色。到1590年，该市有5,000人，到1600年，已拥有15,000人。
每年八月至九月之间，一艘黑船从果阿出发，通常在11月或来年的2月或3月抵达，因此一次完整的贸易可能需要长达2年或更长时间才能完成。每当船只驶入港口时，在与城市有关的任何事情上，其船长都是最高权威。
1586年，大村氏的土地被岛津义久的军队攻陷，极大地威胁了这座城市。在丰后地区大友宗麟的要求下，丰臣秀吉进行了干预，因此岛津义久于次年被击败。然而，秀吉趁机宣布了第一份反基督教法令，并命令长崎重归大村氏控制，从而结束了外国对该市的控制。然而，在随后的几十年中，它仍然是葡萄牙船只的主要停靠港。
